使團驚魂 1-13
武周年間，十幾年對突厥的戰爭結束了，天下太平舉朝歡賀。突厥使團終於到來，為了表示誠意，還獻上了壹枚價值連城的多寶珠。武則天則將長樂親王李永之女，翌陽郡主李青霞嫁給吉利可汗，以示永久和親之意。
在使團逗留期間，長安接連突發了幾件舉國震驚的大案。先是關押朝廷要犯的土窯離奇失火，被秘密關押的犯人劉金失蹤。而劉金手中掌握著壹份關系到江山安全的重要名單，這份名單壹旦落到逆黨手中，天下將會大亂。接著，是隨使團和親的郡主和隨嫁的美女、侍從及護衛突然遇刺，議和使團趁亂出城後已不知去向。再就是甘南道六百裏加急文書送到，言稱前來議和的突厥使團剛壹入境，就全部被殺死在戈壁之中，只有迎護使團的護衛隊隊長李元芳壹人下落不明。
壹支龐大的匪徒隊伍，竟然在朝野眾目睽睽之下，假冒使團混進長安，而且到了朝上議事，氣焰如此囂張，朝廷無安全可恃。壹百四十六人組建的突厥使團，壹百二十人的衛隊，竟然全部被害於道，郡主遇刺身亡，壹旦吉利可汗得知，剛剛熄滅的兩國戰火必將重燃。嚴峻的內憂外患令武則天憂思如焚，心身憔悴。她壹面緊急布置邊防戰備，在全國範圍內通緝劉金、李元芳，壹面急調被貶為彭澤縣令的狄仁傑進京火速破案。
藍衫記 14-23
湖州郊外，狄仁傑與護衛李元芳正在鄉間暗查民情，二人來到縣衙，看到縣令曾泰正在審案，案子是壹天之內附近接連發現兩具屍體，兩個被害人有壹個***同的特點，他們都是長安人，死前都自稱姓吳，都是在湖州被害，卻都沒有身份文牒，罪犯現場也沒留下壹絲可供分析的線索，那麽這起真正的無頭案是怎麽破的呢？這其中，牽扯到了多年前的越王李貞…
註：原版《武朝迷案》中《藍衫記》***有十集，後來在央視版的《神探狄仁傑》中《藍衫記》縮減為九集。愛奇藝版《神探狄仁傑》與原版相同，為10集。
滴血雄鷹 24-30
武周時期，劍南、隴右、河東等四道十州同時發生了惡性案件，死了七十八條人命，各地官府在勘查現場時，沒有發現任何有力的線索，只在案發現場發現壹幅用鮮血圖畫的滴血雄鷹。經過在官道以及江家莊的壹番探查，狄公終於查出了兇手，同時也揭穿了“無頭將軍”的秘密。然而，幕後元兇另有其人......
註：原版《武朝迷案》中，此案***七集。在央視重制的《神探狄仁傑》中，此案被縮減為五集，其中的“恩濟莊”、“江”姓也分別被改為“永濟莊”、“簡”姓。愛奇藝版《神探狄仁傑》將此案為七集，與《武朝迷案》版相同。 關河疑影 1-13
武周聖歷二年，契丹犯境，烽煙叠起。右威衛大將軍王孝傑、營州都督趙文翙奉命出征禦敵，武則天設宴以待，誌在必得。不料趙文翙部兩萬人在繞道敵後的軍事行動中，遭逢不幸神秘失蹤，導致王孝傑部十萬主力全軍覆沒。噩耗傳來，舉國震悚。武則天當即任命狄仁傑為河北道行軍大總管，主持邊事察查戰敗原因。對手奸詐詭譎，案情迷離百變，各色人等像走馬燈壹樣神出鬼沒，邊情戰事壹觸即發，關鍵時刻，狄公挺身出馬.....
蛇靈 14-29
崇州案告破後，以肖清芳為首的蛇靈逆黨銷聲匿跡隱遁江湖。但狄仁傑認為這種平靜並不意味著天下太平，恰恰相反，他們興風作浪再起波瀾的時刻好像就要來了。果然，就在武則天準備駕臨寒光寺進香之際，蛇靈的刺殺計劃露出了端倪，壹場刺殺與保衛的激烈較量由此拉開戰幕……雖然，狄公得勝刺客落網，但是這壹切不過僅僅是案件的開始，更大的陰謀和較量還在後頭…
血色江州 30-40
和蛇靈的鬥爭終於告壹段落，狄仁傑奉命致仕江州，垂釣潯陽江上。這天，有江州平南侯府惡奴逃逸女子錦娘來到江邊，錦娘奮身跳江被狄仁傑救起，不料此舉竟得罪了侯府，麻煩立至。狄仁傑將計就計除暴安良，與新任縣令林永忠聯手處死惡奴杜二，滅了侯府薛青麟的威風，並由此發現了薛青麟府上的種種異常。接著，江州血案不斷發生，狄仁傑最終還是放棄了休息，投入到緊張激烈的斷案之中。他從錦娘的舉動中發現了種種異常，於是順藤摸瓜，挖出了真正的惡魔，破獲了壹個發生在二十年前的彌天大案！ 黑衣社 1-18
武周年間，邊事頻仍，連年征戰，大周朝國帑虛竭，守邊將士軍心不寧，軍中缺餉，無力維持。此時的狄仁傑，正帶領著李元芳和四大軍頭蜿蜒在去往涼州的山道中。狄仁傑自連破幽州、崇州、蛇靈、江州等壹系列大案後，幾經懇請，終於得武皇允準回老家並州修養。他想於回家的路上，繞道去看望涼州刺史曾泰並向他辭別。
涼州刺史曾泰是狄仁傑的門生，他接到了朝廷急報，說是西北馬上要發生大地震，要他註意防震。曾泰立即組織防災抗震事宜，及時疏散了城中的百姓。但當地震來臨之時，仍然是房倒屋塌，損失慘重。大漠之中押運餉銀的三千鐵甲軍，所有的官兵都中了邪，圍做幾圈不停地歡歌狂舞，不論是誰只要停下來便立即身死。最終所有軍士均力竭而死。而他們押運的500萬兩餉銀卻不翼而飛。案情發生，曾泰采取緊急措施，壹方面封鎖州境，盤查各商旅遊眾，沒有簽批不得擅離，發現可疑立即拘押。壹方面馳報朝廷聽侯處置。這時，城中、軍中、衙中都傳言此案。
案件查實為黑衣天王所為，曾泰鑒於百姓對黑衣天王的迷信，要求眾官註意輿論，控制事態，以防激起民變。狄仁傑及時趕到，批評曾泰對黑衣社的漠然不知，並立即對案情作了準確的推斷。小桃、薇兒等人漸漸浮出水面，壹場驚險絕倫的偵察與反偵察，破獲“死亡之神”和“地獄行動”的精彩戰鬥打響並層層翻滾推向高潮。
漕渠魅影 19-48
大運河長江通往淮水的邗溝，狂風暴雨之中，江淮鹽鐵轉運使的官船不幸在邗溝覆沒。像這樣的覆船事件在這壹特殊的水段壹年之內已經連續發生十五次，數百萬石食鹽損折，船毀人亡。而朝廷派去揚州查察此事的工部官員壹批又壹批均是無功而返，可邗溝覆船的異事卻是壹次緊似壹次。此外，此番出漕調查的水部郎中李翰竟然在任上自縊身死，並留下絕命書。由於鹽運受阻，西北各地軍民所用食鹽已呈緊張之勢。武則天急召自涼州回京復命的狄仁傑進宮，改任他為江南道黜置大使，兼江淮都轉運使，奉旨欽差，整飭吏制，察查邗溝覆船大案。狄仁傑帶領李元芳、曾泰趕赴揚州，經過艱苦卓絕的調查和推斷，終於使全部案情真相大白。