具體分集如下
第壹集
康熙微服私訪記3劇照康熙病了，宮中大亂。
宜妃著三德子請太醫到宮內為康熙診治。三德子到禦藥房抓了藥，誰知吃藥後，病反而更重了，蘇麻喇姑大怒，要斬了錢太醫。宜妃為錢太醫說情，錢太醫要求查看藥渣，發現是假藥，宜妃帶人到禦藥房問罪，藥房官左右為難，拍頂自殺。康熙吃了錢太醫抓的藥後病愈，知道假藥之事，決定要追查假藥的來源。
第二集
山西秋水藥行，制假販假泛濫成災，秋水知府李蟠和醫會關系非同尋常。他和藥霸勾結，欺行霸市，收刮民膏。藥霸平四海專做假藥售假藥行當，為了掩人耳目，他采用鞭打強迫工人制假，說假話。康熙率三德子壹行來到藥行了解行情。嶽清兒對師哥平四海制假售假行為十分憎惡，到牙行責問平四海何以排擠嶽三風，並砸了他的牙行。李蟠暗戀嶽清兒已久，求之不得，只好作畫解乏。康熙為了收集制假售假藥的情況，讓三德子等買了壹大堆的藥材。
第三集
平四海擡著被嶽清兒砸爛的行匾，到府衙告狀，沒想到李蟠卻連聲說砸的好。康熙路過嶽家茶藥鋪時，看見嶽清兒往街上倒藥渣，甚覺好奇，上前打探究竟，嶽清兒解釋說倒藥渣是為讓人查看藥的真假，康熙趁機向嶽清兒請教藥材知識，了解制假售假情況，初步獲知地方官員與牙行相勾結售假的情況。為了深入了解官商勾結的內幕，康熙決定在秋水開個藥鋪，並要嶽三風代為看管。藥鋪剛開市，平四海的人就來搗亂，三德子與之打將起來。康熙制止了打鬥，將計就計上門會李蟠，買牙貼。宜妃掌櫃的藥鋪大量收購藥材。康熙為了入行，努力模仿街頭二混的模樣。
第四集
嶽清兒對氣度不凡的康熙暗起愛意，差馮大姐去請康熙。平四海召集牙行開會議事，康熙假意要入行，差三德子入平四海藥鋪做學徒。三德子來到平四海的藥廠，這裏豬皮當驢皮，貓皮當虎皮，全是假藥。康熙學混混學的象模象樣。嶽清兒感到莫名其妙。嶽三風見康熙也售假，十分氣憤。宜妃等人也為康熙混混模樣生氣，康熙說不學混混就訪不到真實內幕。
第五集
李蟠微服到嶽家茶藥鋪喝茶，名為喝茶，實力想和嶽清兒套親熱，誰知坐了個冷板凳。康熙也帶著和尚來到嶽家茶藥鋪，受到嶽清兒的熱情款待，李蟠氣得翻臉，要將嶽清兒綁起。壹老婦抱看病孩來宜妃的藥鋪抓藥，宜妃知自己所賣是假藥，謊稱藥不全，帶老婦到另壹家藥鋪抓藥。誰知這藥鋪也是平四海開的，宜妃急忙把藥撒了。抱著小孩向嶽三風求治。宮內巴總管漏人到秋水采購藥材。李蟠發覺財機會來了，出轎遠迎。嶽清兒被李蟠投進大牢，康熙借送飯之機到牢中探訪嶽清兒。宜妃要放火燒假藥，被康熙攔住，宜妃不明其中奧秘，康熙笑而不答。
第六集
平四海要趁宮裏大采購之機，急於招假藥推銷出去。三德子聞知這些假藥是賣給宮裏的不覺大吃壹驚，急忙找借口溜出來向康熙稟報，康熙決定會會京城來的劉管事。劉管事的到來，使藥行生意十分興隆，各路牙行都急著招自己的假藥傾銷出去。三德子和平家夥計劉二肚子餓了，偷吃平家用來做藥的桂圓，誰知那是假桂圓，是瘋人果。康熙終於明白宮內管事為什麽買假藥，原來都是得了高額回扣。康熙不忍心再看，叫法印去辦交易。自己跑到牢房和嶽清兒下棋，並利用李蟠的好色，用計放放嶽清兒。
第七集
康熙要嶽清兒配合他去劫劉管事的銀子。劉管事丟了銀子，只好來找李蟠。李蟠滿口應承。丟失的銀子由他墊上。嶽清兒將劫來的銀兩交給康熙，康熙欲擁嶽清兒入懷，被清兒拒絕。李蟠請康熙來商議，康熙趁機叫他向眾牙行攤派把銀兩奉上。康熙則叫宜妃大量低價收購藥材。並叫法印去通知於世龍帶兵過來屯積藥材待售，意欲把賣假藥的人弄得傾家蕩產。
第八集
秋水城裏的假藥全部賣光了，劉管事也天天逼著李蟠交銀兩，李蟠無奈，只好請來康熙做說客，康熙話裏有話，故意挑起他的矛盾。馮大姐吃了三德子送上的假桂圓，人半瘋半顛了。康熙月夜約了嶽清兒，欲來花前月下，誰知嶽清兒不滿他賣假做假斂財的好商風氣。李蟠久求嶽清兒不得，竟也失魂落魄，以嶽清兒的畫像解思念之苦。馮大姐以為李蟠看上她，喜形於色。醉熏熏的李蟠也誤把馮大姐當成了嶽清兒，兩人在牢內說了壹夜的話，馮大姐把三德子送的假桂圓讓李蟠吃了。在嶽家，康熙目睹眾多假藥受害者，心中極為憤怒。
第九集
平四海因交不出足夠的銀兩，被李蟠過堂受了傷，來向嶽家討藥治傷，被嶽清兒奚落了壹頓。平四海惱羞成怒，欲動武，被宜妃趕走。劉管事久等銀兩不到，氣勢洶洶找李蟠算帳，誰知李蟠已變得瘋瘋顛顛的不認人了，劉更氣，要抓李蟠，反被李蟠抓了起來，關在馮大姐的隔壁牢房裏，剛巧，碰上了來送飯的三德子，劉管事嚇出壹身冷汗。急呼李蟠，李蟠不聽他的。嶽清兒對康熙壹行起了疑心，用計給康熙喝了牽魂攝魄湯。
第十集
嶽清兒從康熙嘴裏套出了買假藥，盜銀兩的意圖。於世龍向平四海傾銷收購來的假藥，雙方為藥價鬧的十分緊張。眾牙紀得知平四海進了貨，都紛紛找上門來，要分壹杯羹，平四海卻不理會。康熙特地請了嶽三風來驗看平四海收購的藥材，以質論價，讓平四海大大賠了錢，平四海帶著人馬要找康熙算帳。半路遇見從牢裏出來的馮大姐，心生壹計。直奔嶽家，以嶽清兒為人質，要挾康熙退還銀兩。危急關頭，於世龍率官兵趕到，平四海自知罪孽譯重，欲服毒自殺，誰知毒藥也是假的，欲死不能，痛苦異常。康熙令於世龍將造假者、李蟠、劉管事等拿下。嶽三風重新做牙行會長。嶽清兒不願進京，依舊開著藥茶鋪。壹年後，有人假冒康熙微服私訪。被問斬。