Combine是壹種具有高度智商的生物，並且具有寄生的本領。有能力改造其它物種或是寄生在其它物種上面。把其它物種改造成它的強大軍隊，和弗裏曼交手的聯軍士兵便是被Combine改造的人類。還有在第壹章裏看到的幽靈，那是些不服從Combine的可憐地球人改造而成的。
Xen是壹個群居的星球，居住著多種族的生物。包括頭蟹、弗地崗人、藤怪等等。不過總體來講Xen上的大部分生物性格趨於溫和，傷害性都很低。大家在《半條命2》裏面見到的怪物，大多是來自那裏。
4Combine占領xen
Combine帝國大概在1995年的時候，入侵並控制了Xen星球，最終使Xen上的大多數生物淪為奴隸種族。並靠發達科技與Xen上被稱為Vortigaunts的優勢人種雜交制造出壹種名為“Super
soldier”的超級士兵。這些Super
soldier不但能夠適應Xen星球的惡劣環境而且也能熟知Combine強大的科學技術。因此他們有效的掌控了整個星球。Combine後來甚至還賄賂和改造了壹些種族來作為星球的所謂領袖，依靠他們慫恿其它生物迎合Combine的需求。這些所謂的領導人在Xen被稱為Nihilanth。
另外，玩過半條命1的玩家可以看下1代裏的弗地崗人，同樣也是頸部和腕部戴著枷鎖的Combine的奴隸。
5黑山事件
同期的地球，戈登·弗裏曼正在麻省理工大學攻讀博士學位。而在黑山研究所，壹個名為“心靈傳輸”的實驗，在研究員伊萊和克來納博士的監督下也在進行中。這個“心靈傳輸”可以把人進行遠距離的傳輸。通過“心靈傳輸”的技術，人類意外發現了與我們相鄰的壹個世界，也就是剛才提到的Xen。
黑山研究所的主要研究項目是“層疊***振實驗”，為了研究“層疊***振實驗”，不斷有勘探小組被派遣到XEN星球采集實驗樣本，許多樣本通過從XEN星球上采集到了地球。半條命1的玩家可能在XEN星上看到許多穿著HEV防護衣的屍體，那想必就是勘探小組的成員了。
2000年,戈登·弗裏曼來到了黑山研究所工作。這時，黑山研究所的科學家決定對XEN星球的樣本進行決定性的測試。測試就由身空HEV的來完穿防報服的戈登·弗裏曼來完成了，當弗裏曼將樣本推入光波的壹瞬間，層疊***振發生。科學家們過度地對樣本進行決定性實驗，導致了地球與Xen兩個空間的合並，大量的外層空間生物闖入了這個混合體之中。
6七小時之戰
半條命1的故事由此開始，半條命1講述的就是戈登·弗裏曼殺死Nihilanth，從Combine手中解放Xen的故事。遊戲的結尾，GMAN把弗裏曼放入了“Slow-time-warp”，打算等危機出現時再次將戈登喚醒。
戈登·弗裏曼從Combine手中解放了Xen引起了Combine的註意並了解到了地球的存在。Combine考慮到，既然人類能夠接管壹個在它們控制之下的世界，那麽人類必然會對他們的存在構成威脅。於是Combine決定搶先向地球發動戰爭。Combine找到了戈登·弗裏曼在Xen上傳送的入口，這讓Combine入侵地球的計劃變得水到渠成。
而這時，地球上亂成了壹鍋粥，在Combine嚴密監控下，危機無處不在。地球上隨處都可以見到“心靈傳輸”，大量屬於Xen的生物被送往地球的各個角落，大肆的屠殺讓人類文明蕩然無存，戰爭所波及的地方全部變成了廢墟，地球處於壹片混亂。人類開始往城市中尋求更好的避難所，許多難以顧及的地區，比如鄉村和郊外都被人類放棄。巨大的人流逃亡到有軍隊保護和鐵絲圍繞的城市當中，17號城就是壹個這樣的城市。在城市中，人們的生活恢復到從前，這些城市也給人們帶來了安全感。而這些城市之外的世界飽受外星生物的侵蝕。
想要追溯《半條命2》的歷史，還要從Combine對Xen的進攻說起。Xen是壹個群居的星球，居住著多種族的生物。包括野蠻的Headcrab, Houndeye和Bullsquid，奴性很強的Vortigaunt, Controller和 Alien Grunt，Vortigaunt族等。不過總體來講Xen上的大部分生物性格趨於溫和，傷害性都很低。想必在玩《半條命2》的時候，大家都見過這些生物吧。
Combine是外形比較像蟲子，並具有高級智商和寄生本領的生物。玩過《半條命2》的玩家可以在遊戲中見到它兩次，在坐棺材時下面的傳送帶上，以及追Breen博士時的屏幕上都能見到這個醜陋的家夥。遊戲中多數和玩家交手的只是被它們寄生的人類。
Combine帝國大概在1995年的時候，入侵並控制了Xen星球，最終使Xen上的大多數生物淪為奴隸種族。同時，Combine還利用他們的先進文明消滅了Xenians。並靠發達科技與Xen上被稱為Vortigaunts的優勢人種雜交制造出壹種名為“Super soldier”的超級士兵。這些Super soldier不但能夠適應Xen星球的惡劣環境而且也能熟知Combine強大的科學技術。因此他們有效的掌控了整個星球。Combine後來甚至還賄賂和改造了壹些種族來作為星球的所謂領袖，依靠他們慫恿其它生物迎合Combine的需求。這些所謂的領導人在Xen被稱為Nihilanth。
同期的地球，Gordon正在麻省理工大學攻讀博士學位。而在Black Mesa黑山研究所，壹個名為“心靈傳輸”的實驗，在研究員Eli Vance和Dr.Kleiner的監督下也在進行中。黑山研究所是“層疊***振實驗”的基地，通過“心靈傳輸”的技術，人類意外發現了與我們相鄰的壹個世界，也就是剛才提到的Xen。
2000年發生了著名的黑山事件。為了將試驗進行到底，Xen很自然的成為了壹個中間站，壹些勘探小組被送往這個世界采集實驗所需樣本。然而，科學家們背棄了所謂的社會道德，進壹步對樣本進行決定性的測試。他們放棄了先前以Xen為中心的研究計劃，並切斷了與勘探小組的聯系。Gordon’s Sponsor，這個神秘的人物似乎已預見到未來事件的發生，於是他引導Gordon穿著HEV進入了實驗室。當Freeman將樣本推入光波的壹瞬間，層疊***振發生。科學家們過度地對樣本進行決定性實驗，導致了地球與Xen兩個空間的合並，大量的外層空間生物闖入了這個混合體之中。
黑山事件之後，地球上隨處可見外空間生物。原先用於測試的實驗室已經變成了心靈傳輸的中心，並緩慢的向外界發送壹種波。這些波不斷的向外延伸，並逐漸吞沒了整個地球。盡管最後黑山研究所被摧毀，但災難已經發生，外層空間的生物開始侵略地球，《半條命1》的情節開始。壹代講述的就是Gordon Freeman殺死Nihilanth從Combine手中解放Xen的故事。遊戲的結尾，Gordon’s Sponsor把Gordon放入了“Slow-time-warp”，打算等危機出現時再次將Gordon喚醒。
Gordon Freema從Combine手中解放了Xen引起了Combine的註意並了解到了地球的存在。Combine考慮到，既然人類能夠接管壹個在它們控制之下的世界，那麽人類必然會對他們的存在構成威脅。於是Combine決定搶先向地球發動戰爭。Combine找到了Gordon Freeman在Xen上傳送的入口，這讓Combine入侵地球的計劃變得水到渠成。
2002年，在Combine嚴密監控的地球，危機無處不在。地球上隨處都可以見到“心靈傳輸”，大量屬於Xen的生物被送往地球的各個角落，大肆的屠殺讓人類文明蕩然無存，戰爭所波及的地方全部變成了廢墟，地球處於壹片混亂。人類開始往城市中尋求更好的避難所，許多難以顧及的地區，比如鄉村和郊外都被人類放棄。巨大的人流逃亡到有軍隊保護和鐵絲圍繞的城市當中，17號城就是壹個這樣的城市。在城市中，人們的生活恢復到從前，這些城市也給人們帶來了安全感。而這些城市之外的世界飽受外星生物的侵蝕。
2004年，Combine入侵地球計劃實施。Combine通過Xen和地球之間的時空門大舉入侵，他們以17號城為根據地，通過先前在Xen身上實驗成功的技術制造了壹種與人類優勢人種的DNA結合的新生物“Super-Army”。Super-Army的進攻讓人類陷入驚恐。人們看到城市的中心在塌陷，形成壹個個巨大的深淵，而就在這些深淵中，要塞壹壹出現。壹眨眼的功夫，Combine的力量便從要塞中瘋狂傾瀉出來，湧向了城市的每個角落。地球的防禦力量很快就被淹沒在這片洪流中，這場戰爭，就是《半條命2》中提到的“七小時戰役”。防禦系統全面癱瘓後，雖然人類動用了核武器去對付這個新的威脅，不過仍然無濟於事。在這個突然出現的強大力量面前，任何抵抗都顯得毫無意義。
七小時戰役之後，Breen博士，這位看上去穩重、優雅的長者，黑山研究所的總負責人，宣布了人類投降的決定。他在混亂中趁機奪取了政權，說服人類向Combine投降並歸於Combine的領導。在沒有其他選擇的情況下，人類只好妥協。於是Breen博士開始代表Combine向人們講話，並得以分到壹些權力。“我們應該感謝我們的恩人(Combine)，是我們的恩人(Combine)為我們提供了17號城這個剩下的最好的城市，17號城市正在成為我們真正的家園，這裏永遠都是最安全的地方”這樣的屁話Breen博士無時無刻不在人們面前宣揚。既然人類已經投降，Combine便把註意力轉向了地球。他們通過“空氣交換程序”將地球上的大氣全換成了人類幾乎不能吸入的新型氣體。然後又設立了Supression Field法規來防止人類繁殖。這樣地球上將不會有新的人類生命誕生。最後，他們還在人們喝的水中放入壹些物質使人們漸漸地忘記過去，以便人們更易於向Breen和自己屈從。Combine還想抽幹地球上的海洋，海洋幹涸，人類越來越難以生存下去。Freeman就出現在這麽壹個絕望而混亂的情形中，他是人類企圖擺脫Combine控制的唯壹希望。
不過Combine對地球的侵略也招來了來自Xenian上怪獸的不滿。Combine在不斷壓迫著人類的同時，也在努力驅除著Ant Lion以及其他來自Xen的生物。其中就有自由了的Vortigaunts打算與地球反抗力量結成同盟準備向Combine復仇。而那些低智商的Headcrabs等種族卻只知道傻傻的攻擊他們所能發現的壹切東西。Combine與Ant Lion之間的大部分戰爭發生在城市邊緣抑或是某些廢棄的建築裏。這時的人們大都集中在城市中心，這樣可以免予受到戰爭的波及。地球上的邊緣地帶，聚集著大量Headcrab和 Zombie。反抗力量出現在這些危險地帶，這些Combine相對難控制的區域。
2010年反Combine聯盟的行動開始。壹小部分人建立了壹個地下反抗組織，企圖使人類最終擺脫Combine的控制。這個組織中有Eli Vance博士，他的女兒Alyx Vance，Judith Mossman博士，Isaac Kleiner博士和Barney Calhoun。Eli Vance博士是黑山研究所的壹名科學家，他在黑山事故中失去了左腿。Mossman博士也在研究所工作。Kleiner博士是Freeman在MIT的擔保人並在後來把Freeman帶到研究所工作。Eli實驗室提供的技術支持對反抗聯盟的鬥爭起到了決定性作用。反抗組織成員在使用了Eli's實驗室提供的技術之後顯得更加神勇，最終掀起了壹場徹底的革命。成員們已經開始公開對抗Combine的勢力。反抗組織對於Combine的每壹步行動都有與之相應的對策，這些對策起到了相當好的效果。於是反抗力量迅速展開並擴大到整個城市，所到之處敵人被消滅得壹幹二凈。這期間，Freeman被打上了“救世主”的烙印。而來自Xen的生物Vortigaunts也成了反抗組織的新成員。
到此《半條命2》的序幕終於拉開。Freeman被喚醒，並接受了壹個衣冠整齊的神秘人物G-MAN派給他的新工作。很多人認為G-MAN是壹個屬於“星際反抗Combine同盟”的外星人(只是以人類形態出現)，“星際反抗同盟”是壹個在《HALF-LIFE1》之前就早已存在的組織。這個反抗同盟具有不可思議的科技使G-MAN具有控制時空的力量。G-MAN通過The Resonance cascade事件引誘Combine來到地球。他利用地球作為戰場來把Combine從其他我們不了解的事件中轉移過來。
接下來Freeman潛入17號城，剛壹出現，就被Wallace Breen列入首要追捕及處死名單內。Gordon躲避著追捕逃到了Nova Prospekt，這裏有大批忠實的Combine反抗者，且比起以往那些反抗組織要大得多。此時Wallace Breen和Combine Overwatch正瘋狂的鎮壓在混亂的17號都市中不斷蔓延的暴動。Combine的軍隊遍步街頭。G-MAN預見到Gordon將經歷的冒險，在需要的時候不斷協助Gordon。最終Freeman出色完成了任務，摧毀掉Combine在地球上的根據地17號城。完成任務的過程就是整個《半條命2》的劇情。Freeman的成功，讓Combine知道了人類同樣擁有向強大帝國抗征的力量，Combine並不是不可戰勝的，人類再壹次重新獲得自由……
雖然遊戲的最後並沒有明確交代出Combine最後的下場如何，但是隨著根據地的隕落，所有的指揮和增援都停止，想必消滅地球上剩余的Combine軍隊只是時間問題。我們的Freeman還會回到“Slow-time-warp”中，等待他的下壹個任務。不過大家不要忘了，遠在星外的Combine仍然存在，他們在其他空間和星球還有更多的軍隊，Combine不會就此罷休，擴張也不可能停止，新的危機即將出現……