《新龍門客棧》主要講述了明朝中葉的天順年間，東廠大太監曹少欽（甄子丹飾）將兵部尚書楊宇軒陷害致死，並以流放其兒女為餌，欲引出楊宇軒的部下周淮安（梁家輝飾），妄圖將其舊部壹網打盡。江湖俠女邱莫言（林青霞飾）受情郎周淮安之托，經過浴血廝殺，救出楊家兒女並相約在大漠邊關的龍門客棧會合。
豈料喬裝後的東廠三大檔頭帶領眾高手尾隨而至。以經營黑店為生的老板娘金鑲玉（張曼玉飾）風騷多情，對周淮安暗生情愫，可惜周淮安早已心屬邱莫言。此時，曹少欽的大隊人馬正向龍門客棧殺來，店內又有東廠高手百般糾纏，加上大漠天氣莫測，周淮安等人苦苦無法脫身，周淮安探知客棧內有壹條出關密道。
為救楊氏遺孤，周淮安不惜以與金鑲玉結婚為條件查出密道所在，並與邱莫言等人相約新婚之夜由密道逃離。豈料，曹少欽的大隊人馬已然殺到。萬裏黃沙之間，生、死、愛、恨交織之時，周淮安、邱莫言、金鑲玉三人眾誌成城，聯手將惡徒誅殺，邱莫言卻也因此犧牲。周淮安決意遠離中原，金鑲玉壹把火將客棧燒毀，追隨周淮安而去。
《新龍門客棧》的相關評價：
《新龍門客棧》由徐克監制，李惠民、程小東聯合執導，匯集了梁家輝、林青霞、張曼玉、甄子丹等明星，是香港新武俠電影的翹楚之作。金鑲玉露著大腿坐在屋頂上高歌、廚師韃子將東廠公公的小腿剔得只剩下白骨等，這些場景令眾多影迷難以忘懷，仿佛“看到華語武俠片最美好的時光”。
《新龍門客棧》將巔峰時期港式武俠片的優點發揮到淋漓：大漠黃沙，高手雲集，狹窄空間，鬥智鬥勇，兒女情長，千秋家國——武俠片的經典符號都被放大到極致。“人說亂世莫訴兒女情，其實亂世兒女情更深。”徐克壹句對江湖自省的對白，已將《新龍門客棧》的兒女情長植入到每個人的心中。
徐克表示江湖無處不在，家裏面也有江湖。龍門客棧作為江湖夢開始的載體，讓邱莫言、周淮安、金鑲玉這段傳奇故事永世流傳。在電影市場越發工業化、流水線作業的年代，情懷不再是電影人追求的終極目標。但《新龍門客棧》卻將情懷流傳，其新派武俠巔峰的地位，繼續讓眾人高山仰止。