三聯書店版小說第壹版發表於1961年，最初小說名叫《天劍龍刀》，是由金庸構思和口述，司馬嵐執筆。後來,金庸曾大幅修改過，並把小說名改成《倚天屠龍記》，現在流傳最廣的是第二版，最新的還有第三版。第壹版倚天原著中，趙敏叫“趙明”、陽頂天叫“陽破天”，最明顯的差異是張無忌得到九陽真經的那個絕谷中的血蛙，這是第壹版才有的情節，第二版就刪掉了，第壹版張三豐帶無忌上少林求九陽神功時，有圓真傳少林九陽功秘訣給無忌的情節，圓真當然不願傳給無忌，只是快速的念了壹遍口訣，不料無忌就壹字不漏的記住了，圓真還故意把無忌的經脈打通，使得他的寒毒侵入陰脈，這個情節第二版也刪了。而周芷若最後出家為尼，是第壹版的結局，也是臺視版《倚天》所用結局。其它的各個電視版的結局也都是張無忌最終選擇了趙敏，但2009張紀中版的電視劇，尊重小說第二版結局，張無忌最後是愛趙敏，還是周芷若，連他自己也分不清。 小說第壹版結局並沒有懸念，第二版的結局給讀者留了個懸念，讓人遐想。而第三版增加了好些人物間感情互動描寫，金庸在這版最後給讀者留了更大的懸念：張無忌雖然最愛趙敏，但是心中仍念念不忘其她3個女子的好，他同娶四美的願望或許會實現。這版的男主人翁張無忌儼然變成了韋小寶第二。在許多讀者心中，第二版的結局才是最好的。
第二版的結尾未明確說明他選了哪個
與先前的版本相比，科學上的破綻改正了，兵法秘籍的藏匿處變更為島上，而非藏在倚天劍、屠龍刀當中；在結局的地方男主角張無忌的感情世界也擁有更多、更豐富的選擇，作家明講壹男四女皆有可能。
該套叢書的副主編說，金庸認為這個結局更貼近男主角張無忌的個性，也就是只記得人家對他的好處，而且越想越好，自然而然原諒了別人的過失。
因此金庸在書尾添加了近千字，重新勾勒張無忌、周芷若、趙敏、殷離、小昭總***五人之間的未來發展可能性。簡單地說，書中表示「這四個姑娘，每個人都是很好很好的
說，較早的版本結局是張無忌對周芷若有個承諾。新版則是周芷若明確要求張無忌不得與趙敏拜堂成親。因為昔時在濠州，趙敏曾以搶婚阻止了周芷若、張無忌的結合，所以周芷若在書末回敬以同樣條件。
嘴硬的張無忌說自己會和趙敏在蒙古天天形影不離，生娃娃作夫妻，只差沒有拜堂成親。但周芷若對自己很有信心，也對張無忌的「變」很能掌握，她告訴張無忌：「過得十年八年，妳心裏就只會想著我，就只不舍得我。」
若再加上小昭自波斯去信張無忌說自己願意重新當張無忌的小丫頭，以及張無忌認為可從西域找回殷離等新的變更，新版《倚天屠龍記》的結局是張無忌有更多選擇，四位美女都是合格候選人。
不過，金庸在書中的後記指出，周芷若對張無忌說的「過得十年八年妳心裏就只會想著我」等語，是年輕的小弟弟、小妹妹所不能參透之感情，因此金庸反對十三、四歲的小妹妹們寫小說。
新版的「倚天屠龍記」中，張無忌最終還是與趙敏遠走蒙古廝守終身，卻在周芷若的要求下「不得與趙敏正式拜堂成親」；周芷若提出的這個「不違俠義之道」的心願，也為她報了當年被趙敏在婚禮上搶走老公的壹箭之仇。周芷若飄然遠去之前，還預言「天性只記得別人對他的好處」的張無忌，過了十年、八年，「心裏只會想著我，就只舍不得我」，壹針見血點出張無忌的「博愛」。
同時，成為波斯教教主的小昭也遣使送信，盼望終有壹天能重回張無忌身邊。在書末，張無忌不僅原諒了為「愛」使壞的周芷若，期待小昭放棄「聖處女教主」，甚至幻想蛛兒「說不定有壹天又來找我這個大張無忌」。
「倚天屠龍記」先後改版三次。從第壹版周芷若做了尼姑，張無忌註定身邊只有趙敏；第二版「暗示」張無忌有可能享「齊人之福」；到第三版張無忌期待「五人行」。
在金庸「專情不符合現實」的改版原則下，張無忌成為韋小寶之後，花心程度第二高的劈腿男。
金庸曾在舊版「倚天屠龍記」序中坦言自己最愛小昭，新版中他果然獨厚小昭，增加不少她與張無忌調情的戲分。光明頂上張無忌被周芷若壹劍刺傷，小昭情不自禁摟抱張無忌，張無忌感激之下認她做小妹子。小昭沙漠中夜隨張無忌，張無忌忍不住親吻了她。波斯船上，兩人分別在即，張無忌親口承諾想娶小昭，甚至願隨她跳入大海，永不分離。
張無忌如何放棄明教教主的過程也做了變動。新版增添數千字篇幅，描寫朱元璋乘少林寺屠獅大會之前，率領自己的兵馬，向教主張無忌「逼宮」，要他在蒙古郡主趙敏與明教義軍之間抉擇，並迫得趙敏親自立下重誓，從此隱居蒙古，不得再踏足中原。
小昭遣使歸還六枚聖火令，張無忌朗讀令上所刻「聖火八令」，有「不得為官為君」的命令，重申不願做皇帝的決心。
多年來金迷提出的諸多疑點，新版也做了修正。舊版周芷若以倚天劍和屠龍刀對砍，獲得其中藏著「武穆遺書」和「九陰真經」的絹片，被金迷質疑絹片何以不會損毀。新版改為內中各藏壹片「玄鐵鐵片」，壹片上刻著「普渡山東桃花島」，壹片刻著桃花島的地圖，指引後人尋找兵法秘笈。
周芷若盜取刀劍、殺害殷離的荒島疑案，舊版出現諸多漏洞，金庸也不厭其煩的壹壹訂正。他刪除謝遜在少林寺地牢中畫出真相的段落，周芷若的陰謀改為黃衫女子所揭破；增加趙敏向張無忌說出被丟入海中的過程；周芷若也自我回憶在荒島上取刀嫁禍的經過。
九陽真經的「身世」，以及與九陰真經的「血緣關系」也有更多的描繪。新版敘述九陽真經的作者某日在嵩山鬥酒勝過王重陽，因而得觀九陰真經，為矯正九陰真經以陰勝陽的偏頗而創九陽真經。
倚天屠龍記改結局 張無忌4個女人他都要
金庸新修版的「倚天屠龍記」結局有了重大改變，似乎也反應了金庸的最新愛情觀－活在當下、事在人為。新版中張無忌不但與周芷若、趙敏、殷離都開口表達了愛意，連舊版中情同兄妹的小昭，也願與她投海永不分離。
金庸曾表示「倚天屠龍記」中自己最愛的是小昭，在新版中他大大提升小昭的分量，張無忌在沙漠中忍不住吻了她不說，在波斯船上張更開口說：「我會永永遠遠都記得妳，前晚作夢娶了我可愛的小妹子為妻，以後這個夢還會不斷作下去。」小昭也響應：「我真想妳此刻抱住我，咱倆人壹起跳下海去，永遠不起來。」
結局的改寫也頗堪玩味，張無忌決意和趙敏歸隱蒙古，周芷若卻來要求他履行承諾：「我不許妳們拜堂成親，妳們盡管做夫妻、生娃娃，過得10年8年，妳心裏就只會想著我，就只不舍得我，這就夠了。」
遠流編輯李佳穎認為，這樣的心思有點神似張愛玲筆下紅玫瑰與白玫瑰的味道。金庸在後記中也強調，張無忌沒選定自己的配偶，事在人為而非命定。