整個宇宙分為七大平行宇宙，每十萬年這七大平行宇宙有七天的重合時間，整個故事就是發生在這七天。 每個平行宇宙的最強者為超獸戰士，可以進入超獸武裝狀態。超獸戰隊為了阻止接近“神”的人物“冥王”的復活而踏上征途，但最終失敗，冥王復活。可是峰回路轉，超獸戰隊慢慢發現宣揚愛的“神”的人物“雪皇”實際上也有片面之處，因為她的愛對於像狼族、蝙蝠族、獅族、鯨鯊族之類的族群來說就是毀滅。
而這壹發現導致超獸戰隊成員全部喪失戰鬥的信念，但經過不斷的探索，他們發現他們真正的使命就是——保持宇宙的平衡，為了宇宙的和平而戰。 非生命體的飛船升級所需的經驗被稱為核能量。“核能量”是壹個全新概念的元素。它在遊戲中有著重要作用，在各個核心系統系統中都發揮著作用。普通核能量中包含飛船經驗，飛船本體及外部指定區域碰到核能量即可獲得該經驗。在每張地圖上配置壹個核能量數，當玩家在本張地圖上獲得了這些數目核能量後，將觸發隱藏BOSS的出現。