發病原因尚未完全清楚，下列各因素與發病有關。
1、解剖因素
骶尾部提升兒童，直腸是垂直的，腹內壓，直腸脫垂是缺乏支持。直腸前陷凹腹膜反折低，腹腔內的壓力和直腸前壁腸袢壓迫到直腸脫垂壺腹引起。老年人肌肉放松，分娩或分娩會陰部撕裂也可引起直腸脫垂的發生。
2、腹內壓增高
長期便秘、腹瀉、慢性咳嗽和排尿困難等引起腹內壓增高，可導致直腸脫垂。近年來國外研究發現，直腸脫垂常伴有精神或神經系統疾患，兩者間的關系目前尚不清楚，有人認為神經系統病變時，控制及調節排便的功能發生障礙，直腸慢性擴張，對糞便刺激的敏感性減弱，從而產生便秘和控制排便能力下降。排便時異常用力，使肛提肌及盆底組織功能減弱，也是直腸脫垂的常見原因。
3、全身因素
營養不良小兒，坐骨直腸窩內脂肪消失，使直腸失去周圍支持固定作用，括約肌群收縮力也減弱，直腸容易自肛門口脫出。
4、局部組織解剖因素
①骶骨彎曲未形成，嬰幼兒骶骨彎曲未形成骨盆向前傾斜不夠，在壹個垂直的位置在壹條直線的直腸，肛管，腹腔內的壓力增加，直腸沒有骶骨的支持，壓力直接對肛管，容易滑下來。
②周圍肌肉支持力弱，肛提肌和骨盆底部肌肉的支持力較弱。
③黏膜松弛，直腸黏膜附著在肌層上較松弛，黏膜易自肌層滑脫。
5、促成因素
任何情況使腹內壓長期增高或突然增高，均可促成直腸脫垂。如經常便秘、腹瀉、百日咳、包莖及膀胱結石、長期慢性咳嗽等疾患，常是脫肛的誘因。有些疾病如腰骶部脊髓脊膜膨出或損傷包括意外和手術損傷造成括約肌及直腸周圍肌肉功能或神經功能障礙者，直腸失去支持，腹壓增高即可發生直腸脫垂。
6、其他
手術創傷，引起腰骶神經麻痹，引起肛門括約肌松弛，引起直腸黏膜脫垂