劇情開始時是電視的播放，介紹七釜戶博士的研究所，正準備下樓，對手便跑來叫主角壹起去博士的研究所，下樓後媽媽說對手正等待主角，還叮囑小心草叢中出現pm。出門後到鎮的西北方對手的家門前，對手正剛好出門，他跑了幾步後，發現忘帶東西了，於是又跑回家中。到他家的2樓找他，他帶上東西又跑掉了。到201路，兩人正被草叢攔住去路，當準備沖過去的時候，博士來了，話中副主角提著手提箱來到，博士讓主角先選pm，走到箱子邊調查箱子，在三只pm中選擇壹只，之後對手也選擇pm。博士和副主角走後，對手提出對戰。
戰後回到家中，媽媽給雙跑步鞋後，去博士的研究所吧。剛離開鎮，等待的對手卻拉主角去看看湖邊，到神事湖畔，看到藍發的赤木，赤木走後終於可以去研究所了。過了201路來到真砂鎮，副主角說和主角壹起入研究所，剛到門前，對手又出門來，跑了。進入研究所，博士正式把選擇的pm送給主角，並把圖鑒交給主角。剛出研究所，副主角說要介紹建築物設施給主角，剛走壹步，博士從研究所出來，送給主角招式機器27。介紹完設施後副主角要主角先回家壹趟，他在202路等待。回到家中，媽媽讓主角先休息壹下，然後才正式出發，剛休息完，對手的媽媽來了，說對手忘記帶東西便跑了，主角幫忙帶上，見到他時給他。離開家後，來到202路，副主角來教怎麽捉pm，之後送了5個精靈球給主角。
過了202路後，來到長壽市，剛進市，副主角又迎來了。談話中發現壹個鬼鬼祟祟的人，自我介紹後原來是壹名刑警（名叫handsome，應該是行動代號），給主角壹個戰鬥記錄器後便閃了。在pc旁的精靈學院找到對手把東西交給他後，他給主角壹副地圖。離開學院後，有被壹大叔攔住，要主角找在這城市中的三位小醜npc並要得到他們的三張獎券，三個小醜的問題都選擇“是”即可。拿著3張獎券到原位找到那大叔，大叔給主角附帶很多功能的“手表”（下屏）。
城市和218路過道中的釣魚者處可以得到低級釣竿，218路有水路，沒辦法通行。而204路的洞中有石頭阻擋去路。從城市的東邊離開，剛到203路，對手攔上來要挑戰。勝利後繼續走，進入黑金大門，洞裏的NPC大叔給主角密傳機06。走出洞後，來到黑金市，壹個男孩拉著主角到道館門前，對手在道館門前等待館主。館主不在道館，也挑戰不了，遊覽壹下城市吧。到城市南邊的礦場看看，深處發現館主，館主得知有人挑戰道館，馬上回道館了。回到道館，在門口等待的對手不在了，進去挑戰吧。館主使用的pm：lv12小拳石、lv12大巖蛇、lv14腫頭龍，打敗館主後得到徽章和招式機器76。
207路有滑坡擋路，唯有經原路回長壽市。回到長壽市，會碰到“英俊”刑警。GTS已經可以使用了。還是去204路吧，就在離204路不遠的位置，看到博士和副主角，被兩人纏上了，去看看，結果要對戰，兩主角並肩作戰。戰敗的兩人見狀不妙，逃離了。博士告訴主角那是銀河團，壹個反派組織，他們正在進行他們的計劃。說完後博士和副主角離開了，壹位電視臺的工作人員npc來送給主角化妝盒。
來到原來204路山洞裏的石頭處，現在有徽章，可以使用“碎石”了，把攔路的石頭打碎後，沿著204路來到園寧鎮。門口有兩顆果樹的是花店，果樹能收成到果實，花店內可以得到澆水用的水壺。帶上草刺猬找到鎮中的壹位npc可以得到讓草刺猬變成天空形態的道具“花束”。在園寧花圃進口處有銀河團，不能進入。
鎮的東邊是205路，剛走幾步，壹位小妹妹npc攔了上來說要找爸爸，河中的橋上有銀河團堵住去路，繼續向東走，來到谷間發電廠，門口有銀河團員守衛，戰勝後他逃進發電廠裏面並鎖上門，不過卻透露了鑰匙在園寧鎮裏的同黨手上。回到園寧鎮，原來園寧花圃進口處的銀河團不見了，進去園寧花圃，兩個銀河團正在圍攻壹位npc，銀河團發現主角，便與主角對戰起來，敗後又跑了，npc感謝主角，送給主角蜂蜜和發電廠的鑰匙。回到發電廠，用鑰匙開門後，終於能進入發電廠了。擺平裏面的嘍羅銀河團員後，銀河團4幹部之壹來擋主角，戰勝她後全體銀河團光速逃離。解救發電廠後，原來那攔路找爸爸的小妹妹npc來到，找到她爸爸。離開發電廠，剛出門，“英俊”刑警來到，知道裏面的銀河團都解決後誇獎主角（妳不是要主角來掃場，妳來得功勞來麽？），並交代白岱市有銀河團的基地，要主角去掃場（果然）。
原先205路橋上堵路的銀河團已經不在了，向北走，白岱森林前的小屋可以恢復pm。進入白岱森林，壹名npc上來要組隊過這個森林。壹路雙打，到東北方的出口，這位npc為感激主角，送給主角安閑鈴。走出白岱森林，又回到205路，過了幾位釣魚者後來到白岱市。
先挑戰道館吧，這道館有3位訓練員，每戰勝壹名道館裏的巨型時鐘的指針會轉動，3名訓練員都戰勝後便可和館主戰鬥。館主pm：lv20若葉龜、lv20櫻花苞、lv22蒙面薔薇，勝利後得到徽章和招式機器86。刑警說過這裏有銀河團的基地，查看下。剛來到最北方的建築物時，對手又跑來拉著主角看白岱市神獸的雕像。雕像處見到赤木在自言自語。這兩位離開後回到剛才想調查的建築物時，壹位黑衣npc（希羅娜）前來，她把密傳機01交給主角後離開了。利用剛剛得到的密傳機，這個建築物門前的小樹就看砍掉。進入建築物，看到很多銀河團，身邊壹個銀河團員走過來，原來那是“英俊”刑警偽裝的（偽裝得和銀河團眾沒區別，無間道麽？），把銀河團全滅後，到頂樓看見銀河團4幹部之壹威脅買自行車的npc大叔，打倒解幹部解救出大叔，奪回皮皮和絨耳兔，大叔感謝後離開了。去他的店鋪找他看看，途中又遇到希羅娜，她把壹個pm蛋交給主角，讓主角孵化。到店中，大叔依然感激主角，還送主角壹輛自行車。拜訪pc左邊的屋裏的npc可以得到進入地下世界的冒險套裝。白岱市和207路的過道裏有博士的助手，對話後他查看主角見到過的pm數量，並獲得學習裝置（應該是要求圖鑒見過的pm超過30吧）。
211路的殿元山裏，有大石頭不能移動，不能通行。從市的南邊的206路繼續前進吧。過了自行車橋後來到207路，原來擋路的滑坡不能通行，現在有自行車，在快檔下可以沖上這種滑坡了。向東走，來到殿元山洞前，遇到副主角，對話時有選項選擇，但無倫選擇那個，都會得到挑戰器和手表探寶功能。進入殿元山，走了壹段路，又碰到赤木，說自己是來殿元山找神話什麽的。穿過山洞，來到208路，又壹段路終於到緣市的邊緣了，在緣市邊的屋就是樹果名人，每天給主角壹個樹果。
經過過道，終於到了緣市。剛出過道，壹只絨耳兔跑過來，後面跟著壹位npc，原來這只兔子不願回到精靈球裏，從這位npc得知這市進行著選美大會。沒走幾步，壹位npc又給主角帶路帶到選美館外。既然被帶到，進去看看吧。剛進門就看到剛剛的npc和媽媽，那位npc是選美大賽的裁判。媽媽交代壹番，給了些東西給主角後回家了。到櫃臺前和那位npc談話後他會移開，這就可以參加選美大賽了。離開選美館，去挑戰道館，不過道館還沒開，貌似館主去選美了。在商店右邊的屋裏可以得到裝增加選美能力的包子的面包盒，商店左邊的屋子裏可以制作增加選美能力的面包。在選美館大廳裏，可以找到穿紫色衣服的npc，她就是這個市道館的館主，談話後她會回到道館。另外得到面包盒後和原來在櫃臺前，後來移動到櫃臺邊的npc對話後可以得到壹個lv60的面包。在pc右邊的屋裏可以得到依貝。
既然館主已經回到道館，那就去挑戰道館吧。進入道館後道館npc會教妳走法：尋找地面上的藍色標記，然後找對應形狀的紅色標記，這個紅色標記後的門就是對的，走錯門會回到剛進道館的位置。館主pm：Lv24夜遊靈、lv24鬼斯通、lv26魔夢，獲勝後得到徽章和招式機器65。
從市的東南邊，剛出過道，來到209路，對手迎上來了，這次是挑戰，戰勝他後向下壹個城市進發吧。這裏河邊的釣魚者送中級釣竿。途中有墓塔，但有濃霧。
到達花蕊鎮，對手又沖過來，說這裏的遺跡很有意思。這個鎮有飼養屋，可以讓同生蛋組的pm在裏面生蛋。遺跡在鎮的東邊，在最深處可以撿到密傳機05。
鎮裏沒有道館，繼續行進。來到210路，在分岔路裏，有壹間餐廳可以與服務員和顧客對戰，分岔路壹邊有四只可達鴨堵住不能走，只有走215路。215路是終年下雨的。
過了路盡頭的過道，來到帳幕市。這個市有最大的百貨商場，有遊戲中心，銀河團的總部也在這裏，還有4個隕石，可以改變迪奧西斯形態。市裏有屋子裏的npc給代幣盒，前提要猜中他出的左還是右。
這個市既然有道館，當然要挑戰了。來到門口前，發現副主角也在這裏，談話中，野瀨市的道館館主從道館裏面出來。好，正式挑戰道館。館裏有車胎堆攔路，需要推動沙包去把攔路的車胎堆破壞，最後到達館主處，館主pm：lv28瑜伽猴、lv32魯卡裏奧、lv29豪力，勝利後獲得招式機器60。剛出道館，副主角又來了，說有新情況，到銀河團的倉庫那裏。去到倉庫外，和副主角壹起打贏兩個銀河團後，兩人跑回倉庫，這時“英俊”刑警（OTL）出現，跟著他進倉庫，發現有鎖鎖上，沒鑰匙開不了，把旁邊的密傳機02撿起，“英俊”刑警說野瀨市能找到某些線索便走了（主角成了滅團跑腿）。
從市的北邊出發，經過214路，來到律詩湖畔，過道和警衛談話能恢復pm體力，222路暫時不能通過。向213路進發，213路是沙灘，壹屋子裏的npc能檢查隊伍第壹位pm的親密度，最後終於來到野瀨市。
市最北方的是大濕原。市東南方有兩胖子npc旁邊的屋子裏可以回憶忘記了的技能，收費同樣是壹塊心之鱗片壹招。市西南方的屋子裏的npc每天送壹個果實。挑戰道館，剛來到門口，對手挑戰。勝利後可以挑戰道館。道館裏地上有按鈕可以踩，踩後館內的水會升或者降，同樣基本要把全部的訓練員打完才能去到館主那。館主pm：lv34暴鯉龍、lv34沼王、lv37雙尾浮鼬，勝利後得到徽章和招式機器55。
出道館門口對手又來了，同時館主也出來了，跟著他們去到大濕原入口，對手躲在畫板後面嚇唬主角，同時出現壹個銀河團，他見狀便跑，追上去，過道，過道邊，沙灘，律詩湖畔旅館邊，最後在律詩湖畔入口和這個銀河團戰鬥（途中“英俊”刑警也有出現“追捕”），勝利後這位銀河團慢慢地走回帳幕市。同時希羅娜出現，問主角是不是見過有生病的可達鴨，無倫回答哪個都能得到秘傳之藥，回去210路分岔路口吧，就是那群堵路的可達鴨。把要給可達鴨後，可達鴨群終於走了，希羅娜出現，見主角為她當了回跑腿，便把“護身符”給了主角。終於可以走210路了，過了高草叢後的路段會有濃霧，用清霧清楚即可。
過了210路來到冠鳳鎮，鎮中央有兩個銀河團，挑戰他們。勝利後壹位老人npc來感激主角，當她看到主角有“護身符”時很驚訝，原來這“護身符”是這個鎮裏的東西，交還給老人後進入洞裏，老人也跟著進來，解釋圖標是這裏的神，古代流傳至今，整個新奧地區的神傳說。說著說著，赤木出現並戰鬥，戰敗的他又跑了，似乎他也是為傳說而來。老人交給主角密傳機03，讓主角去解決傳說的事。
出洞後，希羅娜出現說去美央市的圖書館看看能知道什麽。回到長壽市，這次有沖浪，可以過218路的水路了。上岸後走點路便來到美央市。
過道理博士的助手給主角圖鑒增加區別pm公母，之後又走了。來到美央市，商店上方屋子是忘記技能的npc所在地。剛過吊橋，對手便來挑戰，戰勝他後他又不服氣地跑掉了。還是先去挑戰道館。道館裏有很多有“+”標誌的升降點，站上去後會自動上升或者下樓，如果有線連接的則水平移動。館主pm：lv37三合壹磁怪、lv38大鋼蛇、lv41壘角龍，戰勝壹堆鋼鐵後得到徽章和招式機器91。
剛出道館門口，被對手拉到圖書館門口，卻被對手嘲笑沒有“怪力術”，快去鋼鐵島吧。到美央市的碼頭乘船到鋼鐵島，在鋼鐵島洞口看見波導勇者，和他對後得到密傳機04。洞中和他結隊打銀河團。得到密傳機04後回到美央市，和圖書館門口的對手對話後壹起進圖書館。來到頂樓，博士和副主角都已經在等候了，博士說新奧地區的三個湖和傳說有關，到各個湖看看，副主角和博士到神事湖，對手去英知湖畔湖，主角去律詩湖。正當準備出發，這時突然又地震了，隨後電視上出現火山爆發。這時有水手來說律詩湖出現奇觀。
到律詩湖畔，發現原來擋路的兩位npc已經不在了，進入看看，湖畔的水全抽幹，滿地“飛撞”的鯉魚王，壹堆銀河團團員。進入洞穴，壹位銀河團4幹部之壹來戰，戰勝後幹部說為了得到3個湖裏的力量，要不擇手段。律詩湖畔事情解決，神事湖的博士和副主角不知道能不能解決銀河團呢。趕到神事湖，果然被銀河團纏上了，戰勝4幹部之壹後，看來對手的英知湖也不會有好事情，快趕去。在211路的山洞進入殿元山，往北走，經過有霧的區域出山洞來到216路，這裏終年下雪，途中有屋子可以讓pm恢復體力。然後到217路，途中有壹屋子，後方有密傳機08可以撿，撿到後進入旁邊的屋子，和那位npc談話後發現主角已有密傳機08便送主角壹道具。經過狂風雪後來到英知湖畔，巖石頂上的對手說主角還沒有徽章，不能使用“攀巖”。好，挑戰旁邊金岬市的道館吧，為求趕快可以使用“攀巖”。
來到金岬市，有個神殿，但不能進入，只好挑戰道館。道館裏的冰面可以滑行，遇到有障礙物則停下，而冰球需要在比其所在層要高的層滑下去才能撞破。全滅雪球後便可到館主那裏。館主pm：lv40紐拉、lv40長毛豬、lv44雪女、lv42雪之王，勝利後得到徽章和招式機器72，而且“攀巖”可以使用了。趕快去英知湖畔吧。
剛到英知湖，對手果然被銀河團4幹部之壹纏上，看到主角來了留下壹句“我們不會破壞任何東西，妳們不要那麽多管閑事”便離開了，對手覺得沒有什麽異常便跑了。三個湖已經去多了，全部和銀河團有關，在帳幕市不是有他們的總部嗎，快去吧。
來到帳幕市最高位的大樓外，發現壹個正在發呆的銀河團，打個招呼後沒想到他居然嚇得逃跑了，這時“英俊”刑警來到，說到倉庫看看。又來到倉庫裏被鎖上的門前，“英俊”刑警把門打開了，之後知道怎麽做了吧，滅團。門口邊有暗之石，記得撿。倉庫盡頭是壹條樓梯，上去後貌似到了另壹座建築物，站到地上黃色的轉移點後會轉移到另外壹個位置，找到開裏面門的鑰匙後邊可以把鎖上的門全部開啟。註意裏面有床可以恢復pm體力。路上遇見“英俊”刑警，和他壹起觀看赤木的銀河團動員大會。主角的目標顯然是赤木，繼續利用轉移點，終於來到赤木的房間，原來他是銀河團的boss，戰鬥勝利後他交給主角壹個大師球，並說希望主角能得到自己的搭檔、來要救湖裏的力量就跟上，之後轉移了。跟上，來到實驗室，看見壹個經常出現的銀河團研究員正在操作機器。找到赤木，赤木卻說向這個世界復仇，又開戰了。再次戰敗的他唯有退下了，關上機器後三只pm也消失了。
不會這麽簡單便完事的，想起銀河團4幹部曾經說過，殿元山還有秘密。帶上有攀巖、碎石、沖浪的pm（最好帶上足夠的球和有催眠的pm）趕快到殿元山，從207路或者208路進入山洞。剛到第二層，“英俊”刑警來了，把黑哨子送給主角。沒走多遠，果然看到銀河團。經過出山洞、再進入後終於到殿元山山頂，打贏兩個看守的銀河團，赤木和兩個幹事都在，對手趕來幫忙壹起雙打後便跑了，赤木也開始神獸召喚了。時間和空間之神、三只在總部放走的pm都出現，這時地上出現黑影，鬼龍出現了，突然，三個銀河團頭目不見了，這時希羅娜趕來，她告訴主角這是反轉世界的鬼龍的力量，不組織的話整個世界將有危機，進入反轉世界吧。
反轉世界裏，沒有野生pm可以遇到，可以放心行走，但不能使用自行車，跟著希羅娜走吧，相距很近的地方可以跳過去的。壹旦遇到可以不是水平行走的路時視角會自動轉移。走阿走阿，又升又降，途中遇到赤木，跟著他。有路無路都走過了，沖浪逆水而下也過了。終於把3塊石頭都推下去時，去到最下層，把石頭推到3蘑菇所在的坑裏，然後和希羅娜對話，終於出現石版了，上去後看見赤木，這是和赤木最終戰：lv45地獄犬、lv46暴鯉龍、lv 46叉字蝠、lv 47紳士鴉、lv 48瑪紐拉，戰勝赤木後他終於走了，然而前面還有這個反轉世界的主人鬼龍。解決鬼龍後光球出現了，主角和希羅娜壹起回到原來的世界，所在位置是律詩湖畔旁的壹個新地方。希羅娜要主角回研究所報告給博士。
研究所中，博士知道事情解決了很高興，讓主角去挑戰聯盟。來到律詩湖畔，原來守著去222路的npc不見了，終於可以走222路了。經過過道，來到名木市，壹位紅發自稱是聯盟4天王之壹的npc迎上來，說了壹堆廢話，到頭來不就是要自己去找館主。經過天橋來到燈塔狀的建築物，進去後自動來到頂樓，和中間的那位npc對話後他就離開，他就是這個市道館的館主。離開燈塔，挑戰道館。和門口的4天王之壹對話後便可以進入道館。道館裏有按鈕，踩上後齒輪會轉動，同樣基本要打完所有訓練員才能踩完所有按鈕，到館主的位置。館主pm：lv46雷依貝、lv46雷丘、lv 50猛電獸、lv 48雷電獅，勝利後得到最後壹個徽章和招式機器57。
終於可以去挑戰聯盟了，到市北邊的海邊，沙灘上的npc給主角密傳機07。沖浪經過223路到聯盟的邊上，pc邊的洞便是冠軍之路，帶上會沖浪、攀巖、攀瀑、碎石、怪力的pm過冠軍之路。快到出口出有壹洞口被某npc堵住，那是以後升級圖鑒後才能到的地方。出了冠軍之路後還要攀瀑壹次。終於到達精靈聯盟。
先做好和對手對戰的準備，靠近看門口的npc時，對手沖進來挑戰，lv48椋鷹、lv51（克制主角選擇的pm）、lv49卡比獸、lv48赫拉克羅斯、lv47烈炎馬、lv47蒙面薔薇，最終，對手還是戰敗給主角，失望地走了，轉身和看門口的npc對話，這npc查閱8個徽章後讓出路來。最後的聯盟4天王和冠軍的戰鬥。
第壹個天王：lv49古蜻蜓、lv53毒龍蠍、lv51赫拉克羅斯、lv50女皇蜂、lv49鋼鐵螳螂
第二個天王：lv50地震鯰魚、lv53巨鉗天蠍、lv53砂暴河馬、lv53隆隆巖、lv53重裝暴龍
第三個天王：lv52地獄犬、lv55火依貝、lv55豪火猴、lv53烈焰馬、lv57鴨嘴暴龍
第四個天王：lv53吸盤魔偶、lv55光依貝、lv56胡地、lv59超能鬥士、lv54靈銅鐸
冠軍：lv58鬼盆栽、lv58美麗龍、lv60波克基斯、lv62沙地龍、lv60魯卡裏歐、lv58蒙面薔薇
完全戰勝後，希羅娜會帶主角進入殿堂，博士也趕來，記錄合照後便是通關結局畫面。欣賞壹下吧。
―――壹周目完―――