002 董事長千金誘拐事件
003 偶像密室殺人事件
004 大都會暗號地圖藏寶事件
005 新幹線大爆炸事件
006 情人節殺人事件
007 每月壹份禮物威脅事件
008 美術館殺人事件
009 天下第壹夜祭殺人事件
010 足球選手恐嚇事件
*011 鋼琴奏鳴曲「月光」殺人事件
012 步美被綁事件
013 奇怪的尋人事件
014 謎樣的訊息狙擊事件
015 消失的屍體殺人事件
016 古董品收藏家殺人事件
017 百貨公司挾持事件
018 六月新娘殺人事件
019 電梯殺人事件
020 鬼屋殺人事件
021 電視臺外景隊殺人事件
022 豪華客輪連續殺人事件（上集）
023 豪華客輪連續殺人事件（下集）
024 喪失記憶的美少女事件
025 真假人質綁票事件
026 愛犬約翰殺人事件
027 小五郎同學會殺人事件（上集）
028 小五郎同學會殺人事件（下集）
029 計算機殺人事件
030 不在場證明殺人事件
031 電視臺殺人事件
032 咖啡廳殺人事件
033 偵探團生還事件
034 山莊繃帶怪人殺人事件（上集）
035 山莊繃帶怪人殺人事件（下集）
036 星期壹晚上七時三十分殺人事件
037 仙人掌花殺人事件
038 紅鬼村火祭殺人事件
039 企業家千金殺人事件（上集）
040 企業家千金殺人事件（下集）
041 優勝錦旗被割事件
042 卡拉OK歌廳殺人事件
043 江戶川柯南被綁事件
044 堀田三兄弟殺人事件
045 敷面膜殺人事件
046 雪山山莊殺人事件
047 健身俱樂部殺人事件
048 外交官殺人事件（上集）
049 外交官殺人事件（下集）
050 圖書館殺人事件
051 高爾夫練習場殺人事件
*052 霧天狗傳說殺人事件
053 神秘兇器殺人事件
054 電玩公司殺人事件
055 列車手法殺人事件
056 清潔車殺人事件
057 福爾摩斯˙詭異的殺人事件（上集）
058 福爾摩斯˙詭異的殺人事件（下集）
059 第壹次購物殺人事件
060 插畫畫家殺人事件
061 幽靈船殺人事件（上集）
062 幽靈船殺人事件（下集）
063 大怪獸哥斯拉殺人事件
064 第三個指紋殺人事件
065 螃蟹和鯨魚綁架事件
066 夜路殺人事件
067 舞臺女演員殺人事件
068 黑夜的怪男爵殺人事件（事件篇）
069 黑夜的怪男爵殺人事件（疑惑篇）
070 黑夜的怪男爵殺人事件（解決篇）
071 米花之狼殺人事件
072 三胞胎別墅殺人事件
073 少年偵探團遇難事件
074 死神陣內殺人事件
075 金融公司社長殺人事件
*076 柯南 vs 怪盜KID
077 富豪家族連續慘死事件（上集）
078 富豪家族連續慘死事件（下集）
079 銀行搶匪殺人事件
080 流浪畫家殺人事件
081 當紅歌星綁架事件（上集）
082 當紅歌星綁架事件（下集）
083 綜合病院殺人事件
084 滑雪別墅殺人事件（上集）
085 滑雪別墅殺人事件（下集
086 誘拐現場特定事件
087 白鶴報恩殺人事件
088 德休拉別墅殺人事件（上集）
089 德休拉別墅殺人事件（下集）
090 花香殺人事件
091 強盜犯人住院事件
092 恐怖的登山殺人事件（上集）
093 恐怖的登山殺人事件（下集）
094 雪女傳說殺人事件
095 小五郎約會殺人事件
*096 走頭無路的名偵探！連續兩大殺人事件
097 離別美酒殺人事件
098 名陶藝家殺人事件（上集）
099 名陶藝家殺人事件（下集）
100 初戀情人回憶事件（上集）
101 初戀情人回憶事件（下集）
102 古裝演員殺人事件（上集）
103 古裝演員殺人事件（下集）
104 竊盜集團別墅事件（上集）
105 竊盜集團別墅事件（下集）
106 新聞照片殺人事件
107 鷃鼠星人之謎事件（上集）
108 鷃鼠星人之謎事件（下集）
109 偵探團大追擊事件
110 烹飪教室殺人事件（上集）
111 烹飪教室殺人事件（下集）
112 帝丹小學七大離奇事件
113 白色海灘殺人事件 特別篇
114 有氧潛水殺人事件（上集）
115 有氧潛水殺人事件（下集）
116 推理小說家失蹤事件（上集）
117 推理小說家失蹤事件（上集）
*118 浪花連續殺人事件
119 假面超人殺人事件
120 蜜蜂雞尾酒殺人事件
121 浴室密室事件（上集）
122 浴室密室事件（下集）
123 天氣預報小姐誘拐事件
124 神秘的狙擊者殺人事件（上集）
125 神秘的狙擊者殺人事件（下集）
126 旅行戲團殺人事件（上集）
127 旅行戲團殺人事件（下集）
128 黑暗組織10億搶劫事件
129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件
130 競技場無差別脅迫事件（上集）
131 競技場無差別脅迫事件（下集）
132 魔術愛好者殺人事件（事件篇）
133 魔術愛好者殺人事件（疑惑篇）
134 魔術愛好者殺人事件（解決篇）
135 消失的兇器搜索事件
136 藍色古堡搜索事件（上集）
137 藍色古堡搜索事件（下集）
138 最終播映殺人事件（上集）
139 最終播映殺人事件（下集）
140 SOS！步美傳達的訊息
141 結婚前夕密室事件（上集）
142 結婚前夕密室事件（下集）
143 疑惑的天體觀測
144 上野出發的北鬥星3號（上集）
145 上野出發的北鬥星3號（下集）
146 本廳刑事的戀愛物語（上集）
147 本廳刑事的戀愛物語（上集）
148 地上電車緊急煞車事件
149 遊樂園高空彈跳事件
150 汽車爆炸事件的真相（上集）
151 汽車爆炸事件的真相（下集）
152 神秘老人失蹤事件
153 園子的夏日海灘冒險物語（上集）
154 園子的夏日海灘冒險物語（下集）
155 水中的鑰匙密室事件
156 本廳刑事的戀愛物語2（上集）
157 本廳刑事的戀愛物語2（下集）
158 沈默的環狀線
159 詭異的五重塔傳說（上集）
160 詭異的五重塔傳說（下集）
161 流過流水亭的殺機
*162 飛機空中密室！工藤新壹的首次的辦案
163 月亮、星星與太陽的秘密（上集）
164 月亮、星星與太陽的秘密（下集）
165 少年偵探隊消失事件
166 鳥取縣蜘蛛公館的怪事（事件篇）
167 鳥取縣蜘蛛公館的怪事（疑惑篇）
168 鳥取縣蜘蛛公館的怪事（解決篇）
169 維納斯之吻
170 黑暗之中的死角（上集）
171 黑暗之中的死角（下集）
172 復活的死亡訊息（上集）
173 復活的死亡訊息（下集）
174 二十年後的殺機 聖佛尼號連續殺人事件
175 被殺了四次的男人
176 與黑暗組織的再會（灰原篇）
177 與黑暗組織的再會（柯南篇）
178 與黑暗組織的再會（解決篇）
179 咖啡廳卡車突然撞入事件
180 紅色的殺機夜想曲（上集
181 紅色的殺機夜想曲（下集）
182 第九個門大搜查
183 危險的處方箋
*184 詛咒面具的冷笑
185 被狙擊的名偵探（上集）
186 被狙擊的名偵探（下集）
187 在黑暗中傳出的神秘槍聲
188 危命的復活 洞窟內的偵探團
189 危命的復活 負傷之下的名偵探
190 危命的復活 第三個選擇
191 危命的復活 黑衣騎士
192 危命的復活 新壹回來了
193 危命的復活 約定的場所
194 別有玄機的八音盒（上集）
195 別有玄機的八音盒（下集）
196 看不見的兇器．小蘭的初次推理
197 超級汽車陷阱（上集）
198 超級汽車陷阱（下集）
199 嫌疑犯˙毛利小五郎（上集）
200 嫌疑犯˙毛利小五郎（下集）
201 第10個乘客（上集）
202 第10個乘客（下集）
203 伊卡爾斯的黑色之翼（上集）
204 伊卡爾斯的黑色之翼（下集）
205 本廳刑事的戀愛物語3（上集）
206 本廳刑事的戀愛物語3（下集）
207 完美的名推理
*208 朝向迷宮的入口．巨神像之怒
209 龍神山墜落事件
210 五彩傳說的水底龍宮（上集）
211 五彩傳說的水底龍宮（下集）
212 松茸、熊與偵探隊（上集）
213 松茸、熊與偵探隊（下集）
214 演講廳神秘事件
215 Bay of the Revenge（上集）
216 Bay of the Revenge（下集）
217 目暮塵封的秘密（上集）
218 目暮塵封的秘密（下集）
219 名偵探的會集！新壹vs怪盜KID
220 壹直說謊的委托人（上集）
221 壹直說謊的委托人（下集）
222 人魚又再度哭泣（事件篇）
223 人魚又再度哭泣（推理篇）
224 人魚又再度哭泣（解決篇）
225 買賣繁盛的秘密
226 格鬥遊戲的陷阱（上集）
227 格鬥遊戲的陷阱（下集）
228 潛藏殺機的陶藝教室（上集）
229 潛藏殺機的陶藝教室（下集）
230 詭密的乘客（上集）
231 詭密的乘客（下集）
232 公寓墜落事件
233 無法消滅的證據（上集)
234 無法消滅的證據（下集）
235 寢室的酒窖
236 南紀白濱的神秘之旅（上集）
237 南紀白濱的神秘之旅（下集）
238 大阪3K事件（上集）
239 大阪3K事件（下集）
240 新幹線護送事件（上集）
241 新幹線護送事件（上集）
242 元太少年的災難
243 毛利小五郎的冒充者（上集）
244 毛利小五郎的冒充者（下集）
245 向日葵館的槍聲
246 纏在網子中的謎團（上集）
247 纏在網子中的謎團（下集）
248 治愈之森的不在場稱證明
249 偶像們的秘密（上集）
250 偶像們的秘密（下集）
251 OK牧場的悲劇
252 在圖畫裏面的綁架犯
253 本廳刑事的戀愛物語4（上集）
254 本廳刑事的戀愛物語4（下集）
255 松江玉造連句十四回合定勝負（上集）
256 松江玉造連句十四回合定勝負（下集）
257 非常奇怪的天譴 動畫原創
258 來自芝加哥的男子（上集）
259 來自芝加哥的男子（下集）
260 搖動的餐館
261 降雪之夜的恐怖傳說（上集）
262 降雪之夜的恐怖傳說（下集）
263 大阪雙謎 浪花劍士與太閣之城
264 法庭上的對決 妃VS小五郎 (上集)
265 法庭上的對決 妃VS小五郎 (下集)
266 情人節的真實（事件篇）
267 情人節的真實（推理篇）
268 情人節的真實（解決篇）
269 犯罪的遺物 （上集）
270 犯罪的遺物 （下集）
271 急忙掩飾的忽略（上集）
272 急忙掩飾的忽略（下集）
273 提問婆婆失蹤事件
274 幽靈屋的真相（上集）
275 幽靈屋的真相（下集）
276 警察手冊丟失事件
277 英語教師VS西部名偵探（上集）
278 英語教師VS西部名偵探（下集）
279 迷宮的陰暗（上集）
280 迷宮的陰暗（下集）
281 小小的目擊者
282 水流石庭的玄機（上集）
283 水流石庭的玄機（下集）
284 中華街 雨中的似曾相識（上集）
285 中華街 雨中的似曾相識（下集）
286 工藤新壹紐約事件（事件篇）
287 工藤新壹紐約事件（推理篇）
288 工藤新壹紐約事件（解決篇）
289 迷惘森林中的光彥（上集）
290 迷惘森林中的光彥（下集）
291 孤島的公主與龍宮城（事件篇）
292 孤島的公主與龍宮城（追求篇）
293 孤島的公主與龍宮城（解決篇）
294 愛與決心的必殺球（上集）
295 愛與決心的必殺球（下集）
296 屋形船 震驚的釣魚
297 法庭的對決II 妃VS九條（上集）
298 法庭的對決II 妃VS九條（下集）
299 友情與殺意的關門海峽（上集）
300 友情與殺意的關門海峽（下集）
301 惡意與勝者的行進（上集）
302 惡意與勝者的行進（下集）
303 能回來的受害者
304 震動的警視廳！1200萬人質
305 看不見的嫌疑犯（前篇）
306 看不見的嫌疑犯（後篇）
307 無聲的證據（前篇）
308 無聲的證據（後篇）
309 與黑暗組織的再會（交涉篇）
310 與黑暗組織的再會（追蹤篇）
311 與黑暗組織的再會（決死篇）
312 夕陽染紅的女兒節人偶（前篇）
313 夕陽染紅的女兒節人偶（後篇）
314 欄桿損壞的了望臺
315 陽光普照的地方
316 玷汙的假面英雄（前篇）
317 玷汙的假面英雄（後篇）
318 幸運的雪茄盒（前篇）
319 幸運的雪茄盒（後篇）
320 不在場證明的隱身術
321 消失的綁架逃逸車（前篇）
322 消失的綁架逃逸車（後篇）
323 服部平次壹籌莫展（前篇）
324 服部平次壹籌莫展（後篇）
325 火焰中的紅馬（事件篇）
326 火焰中的紅馬（搜索篇）
327 火焰中的紅馬（解決篇）
328 生日葡萄酒之謎
329 被挑撥的友情（前篇）
330 被挑撥的友情（後篇）
331 疑惑的咖喱飯（前篇）
332 疑惑的咖喱飯（後篇）
333 像公主的人（前篇）
334 像公主的人（後篇）
335 東京現影所的秘密（前篇）
336 東京現影所的秘密（前篇）
337 墜落事件的隱情
338 四輛保時捷（前篇）
339 四輛保時捷（後篇）
340 廁所裏隱藏的秘密（前篇）
341 廁所裏隱藏的秘密（後篇）
*342 豪斯登堡的新娘
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（後篇）
345 直面黑色組織的對決!滿月之夜的二元神秘事件
346 尋找P股上的印記（前篇）
347 尋找P股上的印記（後篇）
348 愛、幽靈和地球遺產（前篇）
349 愛、幽靈和地球遺產（後篇）
350 被遺忘的手機（前篇）
351 被遺忘的手機（後篇）
352 釣魚大會的悲劇（前篇）
353 釣魚大會的悲劇（後篇）
354 小小的委托者（前篇）
355 小小的委托者（後篇）
*356 怪盜基德的驚異的空中步行
357 戀人是春天的幻覺
358 本廳刑事戀愛故事5（前篇）
359 本廳刑事戀愛故事5（後篇）
360 不可思議的春天甲殼蟲
361 帝丹高中的學校怪談（前篇）
362 帝丹高中的學校怪談（後篇）
363 都市的烏鴉
364 ***時性事件（前篇）
365 ***時性事件（後篇）
366 可遇見的碼頭慘劇（前篇）
367 可遇見的碼頭慘劇（後篇）
368 魔女棲息的糖果之家
369 好運男子的歷險
370 四處輾轉的遊戲軟件
371 沈沒的航線（前篇）
372 沈沒的航線（後篇）
373 巨毒蜘蛛的陷阱
374 星星和香煙的暗號（前篇）
375 星星和香煙的暗號（後篇）
376 限時15時
377 桃太郎解密之旅（前篇）
378 桃太郎解密之旅（後篇）
379 深山溫泉、雪中之夜和年輕女子事件(前篇)
380 深山溫泉、雪中之夜和年輕女子事件(後篇)
381 誰的推理秀(前篇)
382 誰的推理秀(後篇)
*383 甲子園的奇跡 絕不能輸給看不見的惡魔
384 目標毛利小五郎
385 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音(間奏曲)
387 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音(尾奏曲)
388 醉在薩摩的小五郎（前篇）
389 醉在薩摩的小五郎（後篇）
390 本廳的刑事戀物語6(前篇)
391 本廳的刑事戀物語6(後篇)
392 謎樣的身長相差20厘米
393 似乎是綁架的事件
394 怪屋大冒險(封印篇)
395 怪屋大冒險(操縱篇)
396 怪屋大冒險(解決篇)
397 辛辣苦口卻又甘甜的湯
398 奇妙壹家的委托(前篇)
399 奇妙壹家的委托(後篇)
400 持有疑惑的小蘭
401 寶石搶匪現行犯(前篇)
402 寶石搶匪現行犯(後篇)
403 不可思議的天使之館(前篇)
404 不可思議的天使之館(後篇)
405 呼叫救護車的男子
406 柯南和平次的推理魔術(裝置篇)
407 柯南和平次的推理魔術(公館篇)
408 柯南和平次的推理魔術(解決篇)
409 同時進行的舞臺和綁架(前篇)
410 同時進行的舞臺和綁架(後篇)
411 神社鳥居之驚悚暗號(前篇)
412 神社鳥居之驚悚暗號(後篇)
413 完全壹半犯罪之謎
414 追逐蘭色小鳥的少年偵探團
415 佛滅前出現的惡靈（事件篇）
416 佛滅前出現的惡靈（推理篇）
417 佛滅前出現的惡靈（解決篇）
418 米花町閣樓之家
419 八頭蛇的劍(前篇)
420 八頭蛇的劍(後篇)
421 銀杏色的初戀(前篇)
422 銀杏色的初戀(後篇)
423 偵探團和青蟲四兄弟
424 來自小醜的圖片郵件
425 被組織的魔掌觸碰的瞬間
426 給小蘭的情書
427 超神秘的上學路(前篇)
428 超神秘的上學路(後篇)
429 無法回到從前的兩人(前篇)
430 無法回到從前的兩人(後篇)
431 本廳的刑事戀物語7(前篇)
432 本廳的刑事戀物語7(後篇)
433 柯南 奇怪的孩子
434 名犬Cool的功勞
435 註目於偵探團的采訪(前篇)
436 註目於偵探團的采訪(後篇)
437 新壹與上戶彩,四年前的約定
438 追蹤魚的短信
439-然後誰都不在就好了
440 極限賽車表演
441 臨終的啊……
442 被鋼筋阻擊的男人
443 嘆氣趕海（前篇）
444 嘆氣趕海（後篇）
445 俄羅斯藍貓的秘密
446 封印的歐式窗（前篇）
447 封印的歐式窗（後篇）
特輯
1：仿徨的紅蝴蝶
2：飛上天空的十顆行星
3：少年偵探團7分鐘特輯
4：追尋迷壹樣的水星怪獸
5：青山剛昌短篇集
OVA
1：柯南 vs Kid vs Yaiba 寶刀爭奪大作戰!
2：16個嫌疑犯
3：柯南、平次與消失的少年
4：基德與水晶之母
5：目標是小五郎!!少年偵探團的秘密調查。
6：追蹤消失的寶石!柯南&平次VS基德
1《摩天大樓爆炸案》
柯南的第壹部劇場版《摩天大樓爆炸案》九七年七月十九日在日本公映
這無疑是上映的三部中最出色的壹部，講述的是壹個絕對對稱完美主義的建築師利用頻頻發生的爆炸案對柯南發起的極限挑戰的故事。這是壹部制作得極其精良的作品，從故事情節上來說，並不是壹個簡單的殺人事件，而更像是美版的"虎膽龍威"以及"007"系列的綜合版。在頻頻發生的爆炸案要求柯南必須在瞬間做出果斷的抉擇，同時還要時刻警惕罪犯向下壹個目標發起攻擊，此外柯南還必須發揮他的超級推理能力，將隱身於幕後的黑手繩之以法。全劇的推理性並不強，兇手幾乎是顯而易見的，它的勝利在於驚心動魄高潮叠蕩的故事情節和氣勢宏大又充滿真實感的火爆場景，當然新壹和小蘭之間的真情流露也是另壹個不容忽視的賣點。劇中制作人員非常註重場景的真實性的表現的。高聳入雲的米花大廈，氣勢恢宏的鐵路大橋以及復古風格的兒童公園都顯得是那樣的美麗真實，給人壹種身臨其境之感。而頻頻出現的逼真爆破場面，更是錦上添花。而結尾處，那根連系著新壹和小蘭的拯救世人命運的紅線觸動了多少人的心啊！
主要內容
某天，柯南在整理信件時，發現了壹封寄給自己的信，原來是有名的建築師－－森谷帝二邀請新壹去參加他舉辦的茶會。沒辦法以新壹身分去參加的柯南，打電話要小蘭等人代替他去，但小蘭開出另壹個條件，要新壹和她在5月3日晚上十點壹起去看電影。原來5月4日那天是自己的生日啊！柯南都把這件事給忘了。在茶會上小蘭和森谷帝二談起要和新壹約會的事。
到了5月3日當天下午，小蘭便出門了。柯南在無可奈何之際，看見新聞說火藥庫的火藥被竊，而且最近發生了許多縱火事件，似乎都出自同壹人之手；而後這個犯人打電話給新壹，聲稱手裏有炸彈，要新壹馬上到堤向津川綠地公園，不然就會有人死。柯南用劃板迅速趕往公園，發現偵探團的孩子正在玩壹架來由不明的轟炸機。雖然柯南擊毀了飛機，但還是發生了爆炸。
這時罪犯又來電話，說3點在米花車站廣場會有炸彈爆炸，提示是在樹下。柯南來到車站，發現原來炸彈是放在壹個裝貓的寵物籃內，因為日語樹根和貓同音，但籃子被人拿走了。柯南好不容易才追到籃子，可只剩20秒了，這時記時器突然停了，但柯南剛把炸彈帶走壹會兒就又開始跳動。柯南將炸彈帶離人群，但炸彈還是爆炸，他也受了傷，進了醫院。
在醫院裏大家懷疑是新壹的仇家幹的，新壹曾破的最有影響的案子是西多摩市的岡本市長開車撞人案，那個市長因為此案而下臺，西多摩市的市政建設計劃也因此而取消了……不久犯人又來電話，聲稱在東京都環狀線上裝了5顆炸彈，在下午4點後，行駛的列車速度不滿60公裏，或太陽下山了，那麽就會爆炸，提示是炸彈在“XX之X”，而偵探團的孩子也在車上。柯南從太陽能想到，炸彈是在“鐵軌之上”，但事後發現用去的炸藥只是被偷的1/4。
白鳥警官發現幾處被破壞的建築都是森谷帝二30歲前設計的，大家來到森谷帝二家調查，柯南在他家的作品展覽室發現了西多摩市的市鎮建設計劃模型……沒多久柯南就使犯人露出了原形。看似結束的事件卻尚未結束，犯人說他已把最大的炸彈放置在米花市政廳中了，而且……那不是小蘭正處在的地方嗎！此時離爆炸時間已所剩不多了……柯南盡全力來到大樓內，用電話聯系小蘭教她如何拆炸彈。最後，只剩下兩條電線，到底應該剪哪條呢？是剪有小蘭和新壹的幸運色的那條？……此時是5月4日零點！
2《十四番目の標的》
柯南的劇場版第二部《十四番目の標的》放映於九八年四月十七日
。。它講述了壹個因交通意外而失去味覺的調酒師所展開的瘋狂報復的故事，此劇秉承了《柯南》系列壹貫的作風：變態的犯罪策劃者，驚險的爆破場面，以及接連發生的兇殺案。唯壹的例外是加入了小蘭的父親毛利小五郎和前妻妃英裏的感情糾葛戲。華麗的布景可以說是它最大的賣點，特別是故事的高潮發生地——宏偉而神秘的海上飯店，在制作場景時，制作人員將東京以臺場為中心的沿海街區真實的再現於動畫中，加之以此真實地點為原型的而構造的海中摩天大廈，效果可以說是異常的浪漫動人。再加上那首由日本著名樂隊ZARD演唱並被公認為《柯南》所有劇場版裏最動聽的主題曲——《仿佛回到少女時代》，以及結尾處小蘭和柯南的“意外之吻”，使得此劇在日本上映時，票房超過了10億元！
主要內容
正在慢跑的目暮警官遭人用十字弓射傷而住院了，就在第二天，小蘭的母親—妃英理吃了被人下毒的巧克力，昏倒在事務所裏，緊接著阿笠博士也被歹徒用十字弓射傷，每壹個兇案現場都分別留下了有關黑桃撲克牌上K、Q、J上的物 品，三人的名字內都有13、12、11的數字，且被害者都與小五郎有關系。到底這張撲克牌代表著什麼？難道是死亡……
根據線索，目暮警官推斷犯人可能是……十年前，撲克牌賭場的經營人村上丈，被當警察的小五郎逮補。偵訊中，村上丈藉口內急而挾持了來找小五郎的英妃理，企圖逃走。槍法壹流的小五郎第壹槍掠過英妃理的腿部，然後再壹槍擊中村上丈，才結束了這場驚險的事件。之後小五郎引咎辭職了，妃英理也和小五郎分了居。這件事對小蘭的打擊非常大，她從此對父親失去了信心。而村上丈在上個禮拜假釋出獄了……
怪異的連續襲擊事件是按照著撲克牌的順序進行的，這壹次出現的牌面是黑桃十。遭到犯人狙擊的是小五郎打高爾夫的球友十弘樹。柯南等搭乘十弘樹所駕駛的直升機，弘樹駕駛前必要點的維他命被人給掉包了，眼睛遇太陽刺眼得張不開，失去了視力，所幸柯南及時降落，逃過了壹劫而黑桃十出現在迂弘樹家中。兇手的殺機籠罩著所有和小五郎有關的眾人……
為了名字裏有九的旭勝義，大家隨澤木公平來到了著名的海上娛樂中心樂樂廣場。柯南發現了現場的人們名字中都含有「數字」。難道犯人把所有的獵物都壹網打盡嗎？在海底餐廳裏，他們並沒有發現嫌犯--村上丈的蹤影，卻發現了主人旭勝義留下的紙條。在酒室中澤木公平遭襲。當大家回到餐廳時，卻發現了實業家旭勝義的屍體。
被困在大廳裏的眾人紛紛找尋出口，剎那間燈熄了！名模特兒小山內奈奈的手卻發出了閃光，然後慘遭毒手，而在她的屍體旁邊有壹張黑桃七的撲克牌。此時巨大的爆炸聲響起，犯人炸毀的餐廳。大家逃離了海底，正當柯南指正兇手時，兇手捉了小蘭當人質，並要柯南將手槍丟給他，壹切的景象就跟小五郎當年面對村上挾持妃英理做人質壹樣……
3《世紀末的魔術師》
《柯南》的劇場版第三部《世紀末的魔術師》九九年四月17日在日本上映
這部無論是從故事情節上還是從場景設置上都恢復了第壹部所具有那種高水準，主要內容是圍繞著壹顆羅馬諾夫王朝的皇室秘寶「記憶彩蛋」而展開的。柯南最強的對手－－“怪盜KID”再次登場，而小蘭也開始懷疑柯南與新壹的關系，名偵探——江戶川柯南，終於要面對他生平最大的危機，同時，也是史上最難解的謎團！在制作此劇時，工作人員為了貫徹柯南系列所特有的那種寫實場景風格，拍攝了大量的實景照片，取景地點從大阪到橫須賀，範圍大到豪華客輪小到民宿民宅，連步美所住的那棟豪華住宅，就是取景於青山剛昌本人所居住的高級住宅樓（再壹次感嘆，日本的漫畫家真的都非常非常的有money！）。本片中的登場人物非常之多，幾乎柯南系列中的所有人物都出現了，尤其是慣偷KID常常變裝，在眾人的眼皮下以多種形象出現，但因為故事情節的巧妙編排，所以看起來並無雜亂無章之感，反而顯得更加的跌宕起伏，曲折動人。
主要內容
羅馬王朝的皇室秘寶－回憶彩蛋，將在大阪鈴木財團美術館內展出的同時，怪盜KID寄出「犯案預告信」準備奪取這無價的皇家藝術之寶，於是鈴木會長要求小五郎協助警方偵查，以防彩蛋被竊取。柯南壹行人來到大阪，遇到服部平次，便壹同偵查此案。在美術館遇到了蘇聯大使館的書記、珠寶美術商、羅馬王朝研究家、職業攝影師等人。
看完彩蛋，大家便解讀預告信線索，不料將時間、地點都解讀錯誤。而KID竊聽到彩蛋被轉移了。在疏於防備的情況下，KID 成功地找到了回憶彩蛋。雖然柯南已經發現了KID的行動，看還是晚了壹步。KID在逃離途中，卻被神秘的殺手狙擊，墜海失蹤，生死不明。 柯南以新型滑板追蹤，奪回彩蛋。與此同時從國外回來的香阪夏美小姐，從祖母的遺物中發現彩蛋的原稿圖與實物不同。
柯南看了原稿後，認為彩蛋有兩顆，而在彩蛋的玻璃上映照出夏美曾祖父所蓋的城堡，所以大夥兒及對彩蛋虎視耽耽的研究者決議要去此城探索 ，找尋第二顆彩蛋。在返回東京的船上，攝影師寒川被殺，而且和KID相同是被擊中右眼。木暮帶著白鳥趕到，調查後柯南發現兇手可能是職業殺手史考兵。而白鳥卻幾次揭穿柯