奧特戰士們的故鄉——M78·星雲“光之國”遭到神秘敵人的突然襲擊，賽羅奧特曼對自己的力量過於自信，差點失手。在父親賽文奧特曼的幫助下，賽羅奧特曼成功突圍並消滅了敵人。為了彌補自己的草率，賽羅奧特曼只身壹人擔負起壹探敵人真正身份的任務。他戴著父親給予他的萬能物品——奧特手鐲，向著未知的宇宙空間，獨自踏上旅途。
在旅途，賽羅感受到有聲音在召喚他，到達了壹個未知的行星。在拯救遭遇巨型機器人兵團蹂躪的行星上的人們時，他和身負重傷、奄奄壹息的青年“嵐”以及他的弟弟“小治”相遇。賽羅奧特曼被嵐的勇氣所感動，與他合為壹體，以嵐作為人類形態，拯救了嵐的生命。之後，通過與行星艾斯美拉魯達的公主艾美拉娜的會面，賽羅奧特曼知曉了敵人的真正身份……操控謎壹般的敵方軍團的幕後黑手，是“銀河皇帝貝利亞”！曾被奧特戰士們齊心打倒的邪惡奧特戰士貝利亞復活了！他構築起強大的銀河帝國，展開了稱霸宇宙的征程！
與嵐壹心同體的賽羅奧特曼，為了粉碎皇帝貝利亞的野心，和小治、艾美拉娜公主壹同乘坐宇宙飛船——皇家宇宙船，穿梭於浩瀚的宇宙之中！等待著向貝利亞銀河帝國發起挑戰的賽羅奧特曼和他的夥伴們的將會是終極決戰。