該劇聚焦在灰色地帶下掙紮求存的警隊臥底生活。因警隊高層的離奇死亡，與死者聯系的五名臥底全部失蹤，他們掌握著警隊的高度機密，誰是臥底？誰是黑警？是敵是友，難以分辨？
《使徒行者2》大結局中，覃歡喜聯手卓凱反殺魏德信，最終覃歡喜成為了香港最大的黑幫勢力。
許sir的結局應該也是死在樂少手上，所以《使徒行者2》最後應該是魏德信、覃歡喜、卓凱及其臥底之間的對決，魏德信肯定掛了(看第壹季覃歡喜最後當了黑幫老大就知道了)，覃歡喜犯罪證據還不足，所以卓凱也抓不了他，這壹季將以魏德信和黑警許sir的死收場。
而在《使徒行者2》24、25集劇情中，樂少逐漸開始不正常，先是狠心拒絕阿梅，說沒喜歡過阿梅，然後又稱病不參加臥底聚會，原來他是去殺黑警，最後還連續殺了好多個黑警，其中不小心被攝像頭拍到背景，阿梅通過錄像帶看到殺黑警的兇手有個摸項鏈的習慣動作，由此懷疑是樂少，於是設局引樂少出來，正式揭開樂少的真實身份。