不是。
位置地址不同：
1、南京汽車客運站
位置地址：南京市玄武區紅山路1號。
2、南京南站
位置地址：南京市雨花臺區玉蘭路98號。
南京汽車客運站簡介：
南京汽車客運站位於中國江蘇省南京市玄武區，比鄰南京火車站北站房，位於紅山南路以南，南京火車站站北廣場東邊，屬於鐵路南京火車站綜合樞紐的重要組成部分，又名小紅山客運站。
南京汽車客運站是壹級客運站，占地60畝，日發班1500個班次，日發送旅客4萬多人次，最高可日發送7萬人次。