《境界線上的地平線Ⅱ》劇情緊接第壹季動畫劇情展開，講述的是航空都市艦武藏在救出赫萊森·阿利亞達斯特之後，離開三河啟航前往英國，希望能獲得英國的支援。
但由於無敵艦隊海戰歷史再現開戰在即，三征西班牙害怕英國與武藏聯手，決定先聲奪人攻擊武藏。
面對三征西班牙精銳攻擊，武藏與之相對後順利逃脫，但在英國邊境卻遭受英國“女王的盾符”成員攻擊，不得已只好暫時與赫萊森等人搭乘的運輸艦切割。運輸艦總算是平安登陸在第四階層的海岸，英國卻不準武藏艦登陸。
武藏與英國經過談判，決定舉辦聯合校慶，但後續發展依舊困難重重。
而此時，點藏·庫羅斯優奈特在海岸邊遇到壹個渾身傷痕的神秘人，解開了英國方面壹段不為人知的隱情。
故事由此展開。