1、定義不同
免疫組化，是應用免疫學基本原理——抗原抗體反應，即抗原與抗體特異性結合的原理，通過化學反應使標記抗體的顯色劑（熒光素、酶、金屬離子、同位素）顯色來確定組織細胞內抗原（多肽和蛋白質），對其進行定位、定性及相對定量的研究，稱為免疫組織化學技術或免疫細胞化學技術。
原位雜交是指將特定標記的已知順序核酸為探針與細胞或組織切片中核酸進行雜交，從而對特定核酸順序進行精確定量定位的過程。原位雜交可以在細胞標本或組織標本上進行。
2、作用不同
免疫組化：標本，實驗所用主要為組織標本和細胞標本兩大類，前者包括石蠟切片（病理切片和組織芯片）和冰凍切片，後者包括組織印片、細胞爬片和細胞塗片。
抗體，免疫組化實驗中常用的抗體為單克隆抗體和多克隆抗體，單克隆抗體是壹個B淋巴細胞克隆分泌的抗體，應用細胞融合雜交瘤技術免疫動物制備。多克隆抗體是將純化後的抗原直接免疫動物後，從動物血中所獲得的免疫血清，是多個B淋巴細胞克隆所產生的抗體混合物。
常用染色方法，根據標記物的不同分為免疫熒光法，免疫酶標法，親和組織化學法，後者是以壹種物質對某種組織成分具有高度親合力為基礎的檢測方法。這種方法敏感性更高，有利於微量抗原（抗體）在細胞或亞細胞水平的定位，其中生物素—抗生物素染色法最常用。
原位雜交：細胞特異性mRNA轉錄的定位，可用於基因圖譜，基因表達和基因組進化的研究；
感染組織中病毒DNA/RNA的檢測和定位，如EB病毒mRNA、人類乳頭狀瘤病毒和巨細胞病毒DNA的檢測；
癌基因、抑癌基因及各種功能基因在轉錄水平的表達及其變化的檢測；
基因在染色體上的定位；
檢測染色體的變化，如染色體數量異常和染色體易位等；
分裂間期細胞遺傳學的研究，如遺傳病的產前診斷和某些遺傳病基因攜帶者的確定，某些腫瘤的診斷和生物學劑量測定等。
3、意義不同
免疫組化：近年來，隨著免疫組織化學技術的發展和各種特異性抗體的出現，使許多疑難腫瘤得到了明確診斷。在常規腫瘤病理診斷中，5%-10%的病例單靠H.E.染色難以作出明確的形態學診斷。
尤其是免疫組化在腫瘤診斷和鑒別診斷中的實用價值受到了普遍的認可，其在低分化或未分化腫瘤的鑒別診斷時，準確率可達50%-75%。
原位雜交：原位雜交：在研究DNA分子復制原理的基礎上發展起來的壹種技術。其基本原理是兩條核苷酸單鏈片段，在適宜的條件下，能過氫鍵結合，形成DNA-DNA、DNA-RNA或RNA-RNA雙鍵分子的特點，
應用帶有標記的（有放射性同位素，如3H、35S、32P、熒光素生物素、地高辛等非放射性物質）DNA或RNA片段作為核酸探針，與組織切片或細胞內待測核酸（RNA或DNA）片段進行雜交，然後可用放射自顯影等方法予以顯示，在光鏡或電鏡下觀察目的mRNA或DNA的存在並定位；
用原位雜交技術，可在原位研究細胞合成某種多肽或蛋白質的基因表達。此方法有很高的敏感性和特異性，可進壹步從分子水平來探討細胞的功能表達及其調節機制。已成為當今細胞生物學、分子生物學研究的重要手段。
參考資料：
百度百科-原位雜交參考資料：
百度百科-免疫組化