少年偵探團壹行在米花之森裏捕捉甲蟲，柯南在這裏獲得了博士新開發的背帶，竟然可以吊起元太，（這東西在劇末有大用處）其中發現有壹只雌性甲蟲背上帖了帶有便利店OPEN的交叉紙條封印，這是之後的關鍵情報之壹，之後對“標簽甲蟲”的懸疑再次以博士的冷笑話把這個猜測謎題結束，而那個冷笑話是關於中國傳說牛郎和織女的哦。
案件是壹個以麻將牌為提示的連續殺人事件。
其次是警視廳的間諜，具體的發現是因為那個群馬縣的山村警官（本劇場版裏已經晉升為警部）在開會後唱起了《七子之歌》，被柯南聽到後追蹤，結果發現了某個警察進了那輛黑色的保時捷，佐藤警官向周圍人提起了毛利偵探辦案時候柯南給的許多提示和不可思議的故事，被某間諜聽到。（這個間諜大家絕對想不到多厲害，稍後揭示）
會議中的時候，毛利的冒失推理讓暮目警官贊嘆要是工藤新壹在就好了，橫溝警官說工藤好久不出現了，這時候高木竟然冒失的說出在黑衣騎士的時候工藤出現的故事，被某間諜聽到……
壹個黑影在屋子裏用了電腦，因為他是間諜，所以很容易就入侵了警視廳的電腦，屏幕顯示了許多江戶川柯南的檔案。
本劇場版首次把TV內容和劇場連接起來，其中包括黑暗騎士，灰原與組織重逢，鏡頭轉向柯南和同學在帝丹小學的手工課泥塑，光彥捏的是甲蟲，步美是月兔，而元太是鰻魚 （像蛇），柯南是海豚…… 深夜，壹個黑影分別侵入了帝丹高中以及帝丹小學，這就是那個間諜，因為他了解了柯南的資料和壹些故事後產生懷疑，拿走了海豚泥塑上的鰭和黑衣騎士的戲服，對比了海豚鰭上的柯南的指紋以及黑衣騎士演劇的頭盔上工藤新壹的指紋，結果發現98%壹致！此事鏡頭轉向小蘭打碎了柯南的飯碗，似乎暗示了什麽厄運...... 此後嫌疑人鎖定無關人物，抓捕過程中又是那個群馬警部提早亮出了警官證導致抓捕壹度失敗，嫌疑人的女友緊張下以刀威脅警察要放了他男友，並用刀刺向上原由衣（虎田由衣）刑警（劇場版首次登場，大和敢助警官的青梅竹馬（見TV516-517風林火山）），這時候目暮警官擋下了那壹刀，（也就是預告片了的那段），並非是被黑暗組織的人刺殺，嫌疑犯本人則劫持人質，而那人質是苦艾酒裝扮的，之後柯南偷偷跟到了地下停車場揭露她的身份，理由是追蹤眼鏡看到她左褲筒裏有手槍形狀的痕跡，並且被刀劃傷的左臉沒有流血。至於苦艾酒為什麽故意被劫持，我就留個謎底吧，苦艾酒給了柯南的提示是組織的另外壹個人，Irish，即那個警視廳間諜……Irish是組織新人。
鏡頭轉向關西的京都和大阪，柯南給服部電話，要他調查那個京都賓館火災事件，可是和葉在旁邊嚇了服部壹跳，於是在窗邊接電話的服部險些從3樓掉下去摔死 預告片中雖然黑暗組織的狙擊手瞄準了佐藤和高木的頭，但是打的卻是汽車輪胎，他們還沒那麽傻直接和警視廳對著幹，只是制造事故拖延時間，之後佐藤開始懷疑警視廳內有間諜，因為他們的行動路線被掌握（基安蒂說：“壹個郎才”（高木），科恩說：“壹個女貌”（佐藤））（13劇場版佐藤和高木總是在壹起，連目暮警官分配任務也是，目暮警官是不是故意的呢？） 註明：這裏的真相請看原片 真正的嫌疑人是壹個男人，姓水谷，女友叫奈奈，死於壹起賓館火災事件，至於事件和復仇理由我也留作謎底，本來是7張麻將牌，但是聽到有人說真正的嫌疑人水谷說到8個人不能原諒時候明白了。
毛利小五郎雖然開始推理錯誤，但是後期和笨蛋刑警在群馬山野觀看北鬥七星時得到啟發，成功推理了壹些脈絡。
警視廳壹行向東京塔奔襲。
而博士那邊接連發現身上貼有交叉封印的甲蟲，少年偵探隊的小朋友們認為這是求救，於是到了第壹次目擊甲蟲的地點，（這時候回憶預告片，那時候少年偵探隊3個真正的小學生似乎被襲擊了驚訝的慘叫），但是事實上那是博士不放心他們被灰原勸說來到了樹林的突然出現嚇到了步美等人，在那裏發現壹個小屋，但是亮著燈，裏面閃過拿手槍的人的身影，於是博士給高木和佐藤電話，高木佐藤時改道去了米花之森，森林入口閃過壹輛摩托車，不是別人的，正是苦艾酒的車子，而那個屋子裏閃過的拿槍的影子……
活耀於全世界，全天下寶石的怪盜基德，激起了大富豪----鈴木次郎吉與他對決的執著，因而對基德提出挑戰書:具有“天空的貴婦人”美名之稱的寶石就放在世界最大的飛行船「鈴木號」中，能偷的話就來偷看看，限制時間為東京到大阪6小時飛程。小五郎、小蘭以及少年偵探團也獲邀次郎吉的招待搭乘此次飛行。能偷得到嗎？能抓得到嗎？就在以廣闊的天空為舞臺進行心理戰的同時，神秘的恐怖分子「紅色暹羅貓」襲擊飛行船！到底挾劫的目的為何？基德與柯南間的對決又將會如何！？
活耀於全世界，全天下寶石的怪盜基德，激起了大富豪----鈴木次郎吉與他對決的執著，因而對基德提出挑戰書:具有“天空的貴婦人”美名之稱的寶石就放在世界最大的飛行船「鈴木號」中，能偷的話就來偷看看，限制時間為東京到大阪6小時飛程。小五郎、小蘭以及少年偵探團也獲邀次郎吉的招待搭乘此次飛行。能偷得到嗎？能抓得到嗎？就在以廣闊的天空為舞臺進行心理戰的同時，神秘的恐怖分子「紅色暹羅貓」襲擊飛行船！到底挾劫的目的為何？基德與柯南間的對決又將會如何！？