[1]、山東省生物信息工程技術研究中心
山東省生物信息工程技術研究中心，2001年2月由山東省科技廳批準成立，是山東省唯壹專門從事生物信息學和計算生物學研究的科研機構。研究中心主任為著名數學家、中國有限幾何研究的創始人、中國最早從事編碼學和密碼學研究的數學家之壹、中國科學院院士萬哲先教授擔任；學術委員會主任為著名理論生物學家、中國科學院院士張春霆教授。 本中心實驗室總面積500余平方米，擁有計算生物學實驗室，生物信息學實驗室，蛋白功能分析實驗室，天然產物活性及藥理實驗室，細胞培養室等實驗室。本中心擁有壹支年富力強，搭配合理，專業研究背景有機交叉的研究隊伍。
目前本中心主要研究方向包括：計算生物學、生物信息學、計算機輔助藥物設計、蛋白結構-功能分析、天然產物活性及藥理等。中心長期致力於國際前沿和熱點課題如神經退行性疾病的致病機理與藥物研發、生物活性分子的結構–功能關系、藥理與耐藥機理等領域的研究，取得了壹系列標誌性成果，並逐漸形成了“綜合理論研究與實驗研究有機結合的優勢探索生物學領域前沿課題”的研究特色。
本中心近年來累計發表SCI檢索收錄150余篇，其中壹系列論文發表在N. Engl. J. Med (IF: 51.7), Trends Biochem. Sci. (IF: 13.0), Genome Biol. (IF: 10.3),Trends Mol. Med. (IF: 9.6), EMBO Rep. (IF: 7.2),BioEssays(IF: 5.5), Free Radical Biol. Med. (IF: 5.3), J. Alzheimers Dis. (IF: 4.2), Bone (IF: 4.1), J. Phys. Chem. B (IF: 3.6)等相關領域國際權威學術期刊。所發表論文被國內外同行廣泛引用，單篇論文引用最高超過100次。相關成果獲教育部自然科學獎二等獎1項，山東省高等學校優秀科研成果獎壹等獎2項、二等獎1項等科研獎項。近年來先後主持承擔了國家863計劃項目，國家自然科學基金和山東省自然科學基金等各類課題10余項。學術交流與合作方面，近年來中心先後與美國俄亥俄州立大學，意大利米蘭大學等國內外多家科研院所建立了密切的合作關系。
本中心目前是山東理工大學及山東省重點建設的科研機構之壹。我們將堅持發揮優勢、突出特色、勇於創新、重視轉化的方針，努力把自己建設成開放、流動、有國際影響的學術團體。
[2] 進化與發育生物學研究室
發育與進化生物學實驗室為學校批準的研究機構，是生物化學與分子生物學碩士點的研究方向之壹。現已建成了集發育生物學、分子生物學、免疫學、進化生物學、生物信息學為壹體的具有較高技術水平實驗室。實驗室現擁有美國ABI Realtime PCR儀、瑞典TECAN酶標儀、德國Zeiss高級顯微鏡、Beckman超速及高速離心機、Amersham Biosciences AKTA FPLC蛋白分離純化系統、HITACHI F-4500熒光分光光度計、Biometra Tgradient 96梯度PCR儀、日本Eyela冷凍蛋白幹燥系統、Amashanm的紫外分光光度計、核酸雜交系統、超聲波破碎儀以及高溫高壓滅菌器和高溫幹燥器等儀器設備，為從事高水平發育與進化生物學研究奠定了基礎。
發育與進化生物學而實驗室主要以模式動物文昌魚、渦蟲和體外培養細胞作為研究對象，利用現代生物學技術研究與發育、再生、天然免疫相關的基因表達及功能，並結合生物信息學方法分析動物的起源與演化規律。具體內容與特色：
（1）基礎研究：利用綜合實驗與理論研究手段相結合的方法，通過進壹步研究低等真核生物（渦蟲等）、原索動物（文昌魚等）的亞細胞、基因水平的分化、演化機理，在核酸、蛋白質以及由它們組成的復雜網絡等各個層次上展開對動物胚胎發育、神經再生、天然免疫起源與進化過程的深入研究，探索功能基因與蛋白質的功能及調控機制，為多細胞動物和脊椎動物起源與進化提供理論參考；內容涉及發育和進化、基因的表達調控、蛋白質功能等當今生物學熱點領域。
（2）應用基礎研究：利用外源物質（如汙染物、藥物等）處理研究對渦蟲、培養細胞行為、基因表達的影響，重點研究汙染物、藥物對渦蟲在分子和生化水平的生態毒理和藥理效應。為低濃度長期暴露的快速生態毒理診斷及風險評價提供方法論和科學依據，為藥物篩選提供理論參考。
發育與進化生物學實驗室經過幾年的發展已經形成了較為穩定的研究內容和研究梯隊，形成了自身的研究特色，在文昌魚功能基因、天然免疫因子等方面已經具有了較好的研究積累，已經取得了壹定的科研成果；其次在渦蟲神經再生基因調控、體軸形成等方面開展了基礎性的研究，為今後工作的開展奠定了基礎。
本實驗室現有教授2人，副教授3人，講師2人，其中博士7人；承擔國家863計劃項目1項、國家973項目子課題1項、國家自然基金項目1項，山東省自然基金2項，教育部重點研究項目1項；近三年，發表學術論文38篇，其中SCI/EI收錄17篇，獲得山東省自然科學獎壹等獎1項（2007）。發育與進化生物學實驗室，師資力量雄厚，研究團隊朝氣蓬勃，已形成極具明顯優勢和特色的科研方向。誠邀海內外有誌之士、年輕學子加盟我們的團隊。
主任：趙博生
[3] 植物分子生物學研究室
本實驗室主要研究逆境條件下活性氧、激素、鈣等信號分子對植物生長發育、基因表達及次生代謝的調控。其特色有
1.信號傳導與植物器官形態建成的調控。
以模式植物-水稻為材料研究逆境條件下細胞氧還狀態的調控及活性氧、激素、 鈣 、壹氧化氮、糖等信號傳導與植物器官特別是根系發生的關系，探索逆境條件下調控器官形態建成的分子機制；分別以模式植物擬南芥和水稻為材料研究稀土的生理作用與毒性表現，探索其活性與毒性間的關聯，特別是稀土對植物的Hormesis效應（低促高抑）與鈣、活性氧等信號傳導及基因表達的關系。
2.逆境條件下次生代謝調控機理及其與植物抗逆性的關系。以鹽地堿蓬等抗逆性強的植物為材料，探索逆境條件下鈣信號等與甜菜紅素積累、合成相關基因表達及植物抗逆性相關基因表達之間的關系；以雨生紅球藻等為材料研究逆境條件下植物激素與蝦青素合成關鍵酶基因的表達調控及蝦青素積累的關系，將逆境生理與次生物質代謝有機結合。
3.利用基因工程技術將重要基因轉入植物體，對經濟作物進行品質和抗逆改良，為作物的分子育種提供理論依據；通過遺傳改良，調節微藻代謝，提高有經濟價值的代謝物如蝦青素和脂肪的產量，為色素分離和生物柴油的開發奠定基礎。
本實驗室中有關稀土在植物體內的調控、逆境條件下活性氧、激素、鈣等信號傳導與器官發生及色素代謝調控等方面的研究具有較強的創新性，取得了重要進展，類似研究在國內較少。我們有紮實的基礎，積累了豐富的研究經驗，建立了研究平臺和實驗系統，目前，研究水平在國內外同類研究中具有壹定優勢。
本實驗室有穩定的研究內容和合理的研究隊伍，現有教授1人副教授4人，其中博士6人；取得了壹些的研究成果，在研國家自然基金項目1項，山東農業良種工程1項，山東省科技攻關項目1項，淄博市科技計劃項目3項；獲準發明專利1項，2009年獲得國家自然基金項目1項，；2005-2009年，在核心及以上期刊發表學術論文89篇，其中被SCI收錄27篇。
主任：趙鳳雲
[4 ]生物活性分子與功能研究室
本方向主要研究內容為微生物次生代謝活性分子在植物病害生物防治、生物疫苗及免疫學以及環境治理與修復方面的研究。具體研究內容和特色為：
（1）生防微生物拮抗活性及抗病機理的研究：針對蔬菜作物病害發生嚴重、化學農藥殘留造成3R嚴重的局面，利用宏基因組技術篩選高效生物拮抗活性微生物菌株，利用分子生物學技術對菌株進行遺傳改造，構建高效拮抗生物工程菌株，並進壹步從形態、生理生化和分子角度探討拮抗菌株的抗病機理。在番茄灰黴病生防菌株篩選和遺傳改造方面進行了深入探討，得到國內同行的好評。
（2）分子病毒學和病原微生物分子免疫學的研究：主要針對病原微生物的活性抗原篩選、疫苗研制、特異性抗體制備；免疫調節活性分子的制備（佐劑、細胞因子）；生物活性多肽分子的篩選和表達；氨基酸及其衍生物的功能研究。在丙型肝炎病毒蛋白酶在酵母系統中的可溶性表達研究領域，開展了開創性的工作，為深入開展丙型肝炎病毒致病機理和防治技術的研究奠定了堅實的基礎。
（3）微生物環境生物技術研究：主要采用微生物生物技術應用於環境保護中，在水汙染控制、有毒有害物質的降解、清潔可再生能源的開發、廢物資源化、環境監測、汙染環境的修復等環境保護的各個方面進行研究和技術開發。在重金屬對植物毒性機理和修復技術領域研究深入，發表的論文受到國內外同行關註。
該研究領域初步形成穩定的研究團隊，現有教授1人，副教授3人，講師及助教3人。其中有博士學位3人，在讀博士1人，碩士學位2人。近5年來，主持和參加國家自然科學基金、國家納米中心合作項目、山東省自然科學基金和農業良種工程項目等10項，在國內外學術期刊發表58篇高水平論文，其中8篇被SCI或EI收錄，初步開展了此項領域的前期工作，得到了國內外同行的認可。在以後的研究中，本研究團隊會繼續加強該方向的投入，期望在省裏處於領先地位，國內先進地位。
主任：馬匯泉