1、藥用價值不同：百部以塊根入藥，具有潤肺下氣止咳，殺蟲滅虱之功效，百合以鱗莖入藥，具有養陰潤肺，清心安神之功效。
2、形態不同：百部是百部科百部屬植物，塊根肉質，成簇，常長圓狀紡錘形；莖直立，常帶淡紫色，百合是百合科百合屬植物，鱗莖球形，淡白色，先端常開放如蓮座狀，由多數肉質肥厚、卵匙形的鱗片聚合而成。