Allen是美國第75遊騎兵團的壹名二等兵，由於作戰勇敢、戰績驕人被美軍選送141 Task Force。在測試合格之後，Allen受命打入Makarov的恐怖組織作為141 Task Force和CIA的臥底。當時Makarov的組織正在策劃壹場在莫斯科Zakhaev國際機場的恐怖屠殺，代號“No Russian”。Allen成功獲得Makarov的信任之後也參加了這場屠殺，但實際上並不是他獲得了Makarov的信任，而是美軍中有人將他暴露給了Makarov。當屠殺完恐怖分子離開現場的時候，Allen被Makarov殺死，他的屍體作為誤導俄羅斯政府的信息被留在了現場。
俄羅斯政府調查恐怖屠殺事件的時候發現Allen的CIA身份，認為這是CIA策劃的壹場針對俄羅斯人的恐怖屠殺。於是，主政的激進派決定傾全國之兵進攻美國。恰好美軍墜毀衛星上的ACS（敵我識別系統）落在了俄羅斯政府的手中，俄羅斯軍方破譯了ACS系統，使得美軍的衛星偵測、聲納監視系統和傳感器矩陣全部失效。當俄軍精銳傘兵經阿留申群島上空突襲美國本土時，只有美軍北方總部隱約發現飛機集群的蹤跡，但為時已晚，俄軍傘兵集群已成功飛越美國本土，於華盛頓空降，並成功占領華盛頓的各重要目標。
Ramiraz同樣是美國第75遊騎兵團的壹名二等兵，在俄軍空降華盛頓之後隨同自己的部隊在附近進行抵抗。由於準備倉促，美軍的作戰形式十分不利，有了敗退的跡象，軍方和政府高層已經撤出了交戰區域。Ramiraz和戰友也在獨立紀念碑附近的壹次戰鬥中被圍攻，所乘坐的直升機被擊落，很快就將被擁有重型裝備的俄軍碾碎。然而這時，從俄軍的壹艘核潛艇上發射的16Magaton彈道導彈在華盛頓上方的太空中爆炸，產生的電磁脈沖損壞了俄軍在該地區的所有重型裝備以及電子設施，Ramiraz和戰友戲劇性的得救，同時和戰友壹起乘俄軍重裝備損失殆盡、傘兵勢單力薄之際，奪回了白宮，附近的戰友也同時奪回其他壹些重要建築。避免了美軍為阻截俄軍而即將對華盛頓發起的毀滅性轟炸。
俄軍的洲際導彈看似是能毀滅華盛頓，但實際上幫了倒忙。這並不是操作失誤，導彈不是俄軍發射的，而是Soap和Price帶領141 Task Force搶奪了壹艘俄軍核潛艇後幹得好事。
當Allen在莫斯科國際機場被殺死的時候，Soap正帶領141 Task Force新人Rocah等人在俄羅斯尋找美軍丟失的ACS，潛入俄軍基地經過壹番激戰之後成功拿到了ACS，但此時俄軍已經成功破解並復制了ACS，使得這次行動實際上還是失敗了。
俄羅斯政府對莫斯科機場的屠殺有壹個判定，但141 Tsak Force認為這件事是Makarov恐怖集團幹的。通過對恐怖分子武器的分析，141 Tsak Force找到了身在裏約熱內盧的軍火商Rojas和Faust。通過這兩人，他們得知關於makarov的情況似乎可以從俄羅斯庫頁島上古拉得監獄中627號囚犯處獲得。Soap隨帶領Rocah等人在協同海豹部隊解決完油井平臺的危機後前往庫頁島，打遍整個監獄後，發現原來627號囚犯就是Soap當年的師傅Price，兩人歷經磨難相見之後並不廢話，只是Soap將保存了五年的槍還給了Price，然後就並肩投入戰鬥。
這是Soap等人並未發覺141 Task Force中似乎存在內鬼，仍然決定執行Shepherd將軍的命令——找出Makarov。但Price認為需要首先用壹種激進方式去解決美俄戰爭，並說服了眾人。於是，Soap、Price、Rocah、Ghost等人便潛入了俄軍太平樣艦隊壹處核潛艇基地，搶奪到潛艇並發射了那枚拯救了華盛頓的16Magaton彈道導彈。
此時Shepherd將軍依然沒有暴露，141 Task Force繼續執行命令尋找Makarov的蛛絲馬跡。終於Ghost和Rocah等人在西伯利亞某處找到了Makarov的別墅，並找到了Makarov和美軍有暗地溝通的證據，然而還沒來得及細查，就被Shepherd將軍在接應之時滅了口。
Shepherd將軍終於露出了真正的面目:5年前的那場核爆炸中，自己手下5萬兄弟喪命，美軍在海外戰場處處失利，現實讓他決定用激進手段喚起美國人民和政府的意識，遂暗地聯系Makarov的組織策劃了之前的壹系列事件，然而這種行為卻給無辜的人民帶來了深重的災難。Soap和Price明白了壹切，遂決定為141 Task Force的戰友報仇。Shepherd將軍還利用職權之便組建了壹支聽命於自己的影子部隊，Soap和Price潛入影子部隊的基地，拿到了證據，並抓住了Shepherd將軍的尾巴。在壹場驚心動魄的水上追逐之後，三人終於面對面站在了壹起。Shepherd將軍不虧是戰場老兵，壹刀刺傷了Soap，又將Price揍得全無還手之力，危急時刻，Soap拔除刺傷自己的匕首，擲中Shepherd將軍的頭部，戰友們的仇終於得報。而Price和Soap也由於謀害長官被全球通緝，但他們沒有任何後悔，在Nikolai（MW1中潛入恐怖分子內部的俄羅斯特工）幫助下，架著直升機，向壹個安全並能繼續完成他們未完成的任務的地方駛去......