水上遊擊隊取材自白洋澱雁翎隊的事跡，講述了抗日戰爭打響後，白洋澱軍民采用遊擊戰抗擊日寇的故事。劇中既有老百姓從起先的誤會到漸漸認識八路軍的過程。
在八路軍領導下的抗日武裝力量雁翎隊活躍在白洋澱水鄉，機智靈活與日寇進行殊死拼殺，全景式再現了白洋澱人民在山河破碎、民族存亡的危急關頭，拿起魚叉、鳥銃、大擡桿，與日本侵略者進行艱苦卓絕、浴血奮戰的光輝壹頁，展現出白洋澱人民不畏強暴、敢於犧牲、堅貞不屈、機智勇敢的豪邁情懷和革命英雄主義精神。