電腦發展出了人工智能,產生了自主思維.人類企圖毀滅電腦,但被電腦逼至絕路.最後幸存的人類在地下建立了城市-錫安.電腦沒有毀滅錫安並不是因為做不到,而是因為他仍然需要人類.
電腦主機為了獲得能源,開始培育人類,采集人類身上的生物電作為可再生能源.但是這種人類活不長,電腦設計了虛擬世界-矩陣.矩陣完全模擬真實人類世界,通過接入神經和大腦思維,使人類"生活"在其中,但他們並不知曉.
另外電腦需要不停升級矩陣以應對產生的不安定程序(如斯密斯,雙子病毒等),這個工作不能交給程序來做(會被影響而變異).電腦主機想讓這代矩陣接近穩定,創造了3個關鍵人物,人類思維占主,程序思維占輔的尼奧.程序思維占主,人類思維占輔的斯密斯以及中庸為雙方考慮的先知.結果就是斯密斯被憎惡的感情所引導而變異,尼奧對人類的愛引導成為人類拯救者,先知為雙方爭取到了和平.