（壹）斥破妄心以開奢摩他路
壹切眾生，莫不有心，而常住之真心難悟；壹切修行，莫不有定，而自性之妙定難明。阿難欲請如來開示成佛妙定，如來即從阿難因地之發心問始。阿難答佛，因睹如來三十二相好，心生愛樂，因此發心出家，願意舍離生死。阿難不知此愛樂之心，即是妄想分別、生死之根本。佛即感嘆地告訴阿難：“壹切眾生，從無始來，生死相續，皆由不知常住真心，性凈明體，用諸妄想；此想不真，故有輪轉。”
1. 破妄識無處
如來於是征問阿難：當初發心出家，既是緣於見到如來三十二相好，而產生渴仰愛慕的心情，那妳阿難是以什麽來見？見了之後，產生愛樂之情的又是誰？阿難回答說：是因“眼”見如來勝相，而“心”生愛樂。佛告阿難：從始以來，使妳不斷流轉生死的，即是心和眼睛的過咎；如果不知心眼之所在，即無法降伏擾亂本性的塵勞煩惱。我現在問妳，妳可知道心和眼睛在什麽地方？阿難於是婉轉答出七處：初執心在身內，次執心在身外，三執心潛眼根，四執心分明暗，五執隨合隨有，六執心在中間，七執壹切無著。壹壹皆為如來所破斥，欲求識心之處所，而了不可得。
2. 斥妄識非心
阿難進而求佛開示真心的所在，如來先為阿難開示真妄二種根本：
諸修行人，不能得成無上菩提，乃至別成聲聞、緣覺，及成外道，諸天魔王，及魔眷屬，皆由不知二種根本，錯亂修習。猶如煮沙，欲成嘉饌，縱經塵劫，終不能得。雲何二種？壹者無始生死根本，則汝今者，與諸眾生，用攀緣心，為自性者；二者無始菩提涅槃、元清凈體，則汝今者，識精元明，能生諸緣，緣所遺者。
隨後舉拳，再次征問阿難：到底以什麽為心，而能知道如來拳相？阿難回答說：這個能推究尋逐的，即是我阿難之心。佛於是呵斥阿難說：這不是妳的心！這是當前的塵境，在妳的心中所投射的虛妄相，而引起之種種分別心想。就是這個妄想心，迷惑了妳阿難的真正本性。由於妳從無始以來，壹直到今生，都認賊為子，以致遺失元常不變的真性，枉受生死輪回之苦。
3. 推妄識無體
阿難於是爭辯說：若此能推理思維分別、能修善造惡的不是心，我阿難豈不成了沒有心之人，同於土塑木雕的偶像了嗎？佛於是開示阿難：壹切諸法所生，皆是由真心隨染凈諸緣所起之幻相，相妄性真，若推究它們的根源，其實皆以真心為其體性。假若此推理思維分別之心，離開六塵境界，別有能分別的自性存在，就是真心了；若此分別性離塵無體，這就是緣塵分別影事，若執此以為真心，則當塵境變滅時，法身同於斷滅，還有誰去修證無生法忍呢？
阿難至此，方知壹向所執皆非，但又不知真心之所在，與諸大眾皆默然自失。
（二）顯示真性令見如來藏體
阿難舍妄求真，進求如來開示寂常妙明之心性。如來首從胸前卍字放光，以表顯真之相，然後以種種善巧方便，為阿難開示常住真心，性凈明體。
1. 帶妄顯真
若就眾生之份上，實在無法指出個純真無妄之真心來，而如來有善巧方便，明知見性帶妄而不說破，乃克就六根門頭，十番直指見性為真心，令阿難親驗不動之本真。
壹顯見是心：借盲人雖無眼，而仍能見暗，顯能見的見性是心非眼。
二顯見不動：借主人常住而客不住，虛空常寂而塵動搖，顯見性常住不動。
三顯見不滅：借色身雖有老少之別，而觀河之見無別，顯見性壹向不生不滅。
四顯見不失：借手臂首尾互換為正倒，而臂無增減，顯見性雖顛倒而不失。
五顯見無還：借明暗、通塞、同異、清濁八種塵相之可還，顯見性無往無還。
六顯見不雜：借物象雖有千差萬別，而見性則朗然壹照，顯見性不與物雜。
七顯見無礙：借器有方圓大小內外，而空無形量，顯見性轉物則自在無礙。
八顯見不分：阿難疑身、見各體，如來明萬法壹體，顯見性壹真絕是非之分。
九顯見超情：就見精非因緣自然，離四句絕百非，顯見性超情不墮外道權宗。
十顯見離見：見精雖離緣，而尚未離其自相，顯真見猶離自體中壹分見妄。
關於見性與三番所破妄識之區別，如下文識大中所示：
汝今遍觀，此會聖眾，用目循歷，其目周視，但如鏡中，無別分析；汝識於中，次第標指，此是文殊，此富樓那，此目犍連，此須菩提，此舍利弗。
根塵相對，壹念未生之際，但如明鏡當臺，胡來胡現，漢來漢現，無別分析，即六根中不動之性；壹落入分別，標名指姓，即屬識心。
2. 剖妄出真
接著，如來進壹步指出，前來所指之見性，乃帶別業、同分二種顛倒分別見妄，二種見妄若除，則能斷除分段、變異生死之因，圓滿菩提不生滅性。又進為開示，本覺妙明真心，性非和合及不和合，密示萬法壹體之旨。
交光大師說：上文之帶妄顯真，如指璞說玉，雖珍貴非虛，而粗石未剖，美玉未瑩。剖妄出真，則如剖璞出玉，精瑩煥發。前文之破識，破至無體，是為真破；此處之剖妄，實體反露，所謂不畢竟破，似破而實顯。
3. 會通四科
接著，如來更進壹步指出，所指真心不但近具根中，實則遠賅萬法。故剖析五陰、六入、十二處、十八界，壹壹諸法，相妄性真，當處出生，隨處滅盡，幻妄稱相，其性即本如來藏妙真如性。由本如來藏，常住不動，體恒無變，故非因緣；由本如來藏，妙明周圓，用恒隨緣，故非自然。
4. 圓彰七大
地、水、火、風、空、見、識，是為七大。七大即前四科之總相，四科為七大之別相，法本無殊，所闡明的義理則有淺深之別。前四科是約藏中已發現者而說，屬於事造之七大，壹壹會歸藏性，故稱其“本如來藏”，以明即事即理。七大是約藏中未發現者說，屬理具之七大，壹壹含具藏中，故稱其為“如來藏中”，以明全性全相。
四科方談壹壹諸法，相妄性真，全事即理，悟此能入理事無礙法界 [1] 。
七大則進壹步指出，壹壹諸法皆周法界，圓滿十虛，塵剎普融，故總名為大，如每壹星之火，皆有洞燒之極量，悟此能入事事無礙法界 [2] 。
（三）阿難明心生信
阿難大眾，聞佛開示至此，各各自知，真心自性涵容周遍十方世界，返觀父母所生之身，如十方虛空中，吹壹微塵，若存若亡，了然自知，悟獲本有妙心，原自常住不動。於是阿難說偈，贊大定之稀有，發願早登無上覺道，廣度眾生。
二、說不空如來藏
富樓那疑問：如來藏妙真如性，清凈本然，為何會忽然產生山河大地，諸有為相？次第遷流，終而復始？（此疑眾生因性有始）
佛答：無明不覺生三細，境界為緣長六粗。從細至粗，故有世間諸相；惑業苦三，相續不斷，故有世界、眾生、業果，遷流不息。
富樓那問佛：眾生心與如來究竟覺心，平等無二，眾生既能迷真起妄，則諸佛如來，證得妙空明覺後，何時復起無明，而生出世界、眾生、業果等有為法？（此疑如來果德有終）
佛舉四個譬喻，回答富樓那所問：（1）迷方喻，說明方向若悟，即不重為迷，且此迷本無因，喻指無明本空。（2）空花喻，說明空本無花，但由翳目妄見，喻指萬法現無。（3）金礦喻，說明礦煉成金即不重為礦，喻指諸佛如來，既轉煩惱，得成菩提智德，究竟不變，更不再有煩惱。（4）木灰喻，說明木燒成灰即不再為木，喻指諸佛如來，既轉生死，得成涅槃斷德，究竟無生，更不再受生死。
三、說空不空如來藏
又，富樓那問佛：地、水、火、風、空等，本為相生相克，為何如來說五大本性圓融，周遍法界，湛然常住，不相陵滅？
佛舉虛空體非群相，而不礙明、暗、動、清、濁、霾、映等諸相發揮。又舉如人水中觀於日影，百千人同觀，各自行走，則各有日隨其人而去，而日影原本虛無，故說壹說異都不正確。說明壹切諸法，循業發現，觀相元妄，觀性元真，性相圓融無礙，以答五大圓融之難。
如來次依“迷悟心”對辨二種緣起，依染緣起執成有礙，依凈緣起而融成無礙。又依“本來心”圓彰空、不空、空不空三如來藏性。顯理至此，可謂徹法流之底，窮性海之源。此壹心三藏即首楞嚴大定，誠為自性天然之本定。必當圓悟此理，依理起行，方成了義之修證。
富樓那又疑：壹切眾生，何因會有無明，自蔽三如來藏之真心？
佛舉城中演若達多，以壹日照鏡之因緣，忽愛鏡中人頭眉目清晰可見，嗔則己頭不見面目，迷頭奔走，然狂起狂歇，頭本自如，以說明“無明無因”的道理，但能放下執著之心，則歇即菩提，勝凈明心，本來周遍法界，不從他人而得。
阿難轉疑：佛前既排因緣、自然，而今回答富樓那，又語帶因緣，疑佛自語相違。
佛則示以知真本有，達妄本空，則因緣自然，皆為戲論。
第四部分，說三摩修法令從耳根壹門深入
壹、因果相同選根直入
阿難請示修門，求佛不舍大悲之心，開示會中的迷昧大眾，畢竟獲證如來無余涅槃的根本發心之路。
（壹）分門以定二義
佛即告訴阿難：發菩提心，於佛如來，妙三摩提，不生疲倦，應當先明，發覺初心，二決定義。（1）修因同果：決定以不生滅性為因地心，旋轉五濁虛妄之滅生，脫粘內伏，還復本元之覺性；得此妙明本覺，無生滅之性，為因地心，然後再圓成果地上的修證。（2）從根解結：六根奔塵趣境，發業潤生，乃煩惱之根本所在；六根返元，脫離塵妄，即是解脫根本。故佛教阿難，不要隨著動靜、合離、恬變、通塞、生滅、明暗等十二種有為塵相，奔逐流逸；但依六根門頭，選擇壹圓通根，壹門深入，脫粘內伏，伏歸元真，則其他五根粘塵之妄，應拔圓脫，自能速成無上正覺。
（二）驗證以釋二疑
阿難聞佛說，六根若離明暗、動靜、通塞、恬變、離合、生滅等十二諸有為相，即心境脫節，就沒有根結的體質存在，卻誤作離開塵境，完全沒有性體（根性）。佛因此令羅睺羅擊鐘，以驗聞性不滅；引夢驗常，以驗聞性不昏。
阿難求佛進壹步開示結元之所在，如來引十方諸佛來證，但指六根即是縛結之元。且六根之中，從細到粗，含有六個縛結（所謂六結，是指五陰生時，從細至粗，識陰先起到色陰為終結。前四陰，每陰壹結，色陰有二結，***成六結，詳見經中所示）。若欲解除六根中的縛結，必須選擇壹圓通根，深入而修，六個結若都解除了，則壹結之名亦亡。
（三）綰巾以示倫次
阿難求佛開示“六解壹亡”的真義，以及解結的倫次。如來於是綰巾六結，以示結之倫次。結既次第綰成，當依結心次第而解。解末三結（6.5.4），先得人空；解次二結（3.2），得證法空；解第壹結，則俱空不生。六結若總解除，則壹結之名亦亡。這就名為菩薩從三摩地得證無生忍。
（四）冥授以選本根
阿難求佛冥授圓通本根，佛敕諸聖各陳得入圓通方便妙門。前二十四聖皆為略說，末後觀音菩薩廣陳耳根圓通，次第解結修證過程，以聞熏聞修金剛三昧無作妙力，成三十二應，獲十四種無畏功德，又能善獲四不思議無作妙德。佛敕文殊菩薩揀擇圓通，文殊菩薩揀二十四聖，而獨選耳根圓通，為淺深同依、三世同修的至妙行門。