實質是：位於壹對同源染色體上的等位基因，具有壹定的獨立性，生物體在進行減數分裂形成配子時，等位基因會隨著同源染色體的分開而分離，分別進入到兩個配子中，獨立地隨配子遺傳給後代。
這裏分離的基因指的是等位基因。
孟德爾第二定律：基因的自由組合定律。
實質是：位於非同源染色體上的非等位基因的分離或組合是互不幹擾的；在減數分裂過程中，同源染色體上的等位基因彼此分離的同時,非同源染色體上的非等位基因自由組合。
所以這裏自由組合的基因指的是非等位基因。
再舉例說明壹下：假定等位基因A和a位於同源染色體1和2上；另壹對等位基因B和b位於另壹對同源染色體3和4上，減數分裂的時候，1和2分開，3和4也分開（即同源染色體分離），那麽A和a分離，B和b也分離了（等位基因分離），而A與B還是b組合呢？這是自由的，即結果既可以是AB、ab，也可以是Ab、aB （非等位基因的組合是自由的）。