1、存儲介質不同。
軟盤：盤片的每面劃分為多少個同心圓式的磁道，以及每個磁道劃分成多少個存儲信息的扇區。扇區是軟盤的基本存儲單位，每次對磁盤的讀寫均以被稱為簇的若幹個扇區為單位進行的。
U盤：用的是FLASH閃存。
2、存儲容量不同。
軟盤：目前常用的就是容量為1.44MB的3.5英寸軟盤。
U盤：壹般的U盤容量有2G、4G、8G、16G、32G、64G（1GB已沒有了，因為容量過小），除此之外還有128G、256G、512G、1T等。
3、材質不同。
軟盤易磨損，比光盤還脆弱，有時候用個幾十次可能就會導致損壞。
U盤數據不存在物理磨損情況。
參考資料：
百度百科-U盤百度百科-軟盤