《臥底歸來》大結局如下：
警方抓走了企圖逃到國外的林鶯，連忠計劃審問林鶯，審問時間只有七天。連忠親自審訊林鶯，播放了林鶯俘走九爺的經過。寶玉擔心自己有去無回，臨行之前送了壹只家傳的手鐲給關曉智，以示對關曉智的重視。
關曉智雖然舍不得與寶玉分開，但在國家大義面前，只能忍痛犧牲與寶玉的愛情，任由寶玉繼續冒險與犯罪分子鬥爭。寶玉收拾行李準備出發，上車之前，寶玉深情地向關曉智告別，關曉智眼含淚水，努力控制心中對寶玉的不舍之意。
寶玉拖著行李箱來到車尾，打開了後備箱。阿古藏在後備箱裏面，對著寶玉開了壹槍，寶玉手臂中槍，倒地之時掏出手槍擊斃了阿古。
數日過後，寶玉帶傷坐車出境，金飛已經逃到境外，帶著程寧寧過上了逍遙快活的日子。表面看，警方暫時奈何不了金飛，其實警方已經撒開了壹張無形的大網，正在向金飛和莫欣悄悄收攏。
相關人物介紹：
1、林雨申飾演寶玉，從不服輸的寶玉，臥底三年後強烈地渴望回到警察隊伍，本應順利完成任務回歸警隊的寶玉，卻因神秘人阿ying的壹通電話，不得不在暴露身份後，繼續潛伏但他也面臨新的巨大考驗。
2、林鶯，九爺的妻子，飛城企業總經理。好強，任性，心思縝密，為人潑辣又不失溫柔細膩的林鶯，無疑是另壹種愛情悲劇的犧牲品。九爺的縱容，權力和金錢的誘惑，促使林鶯的野心急劇膨脹。膨脹的野心又給她帶來了應得的惡果。