A. 功能方面： 在導入中文文獻數據的準確性上， Endnote， Zotero和Mendeley都出現不同程度的問題，對中文期刊參考文獻格式不能很好的支持並且對國標也不能正確理解。這三款是國外軟件，主要針對英文作者，因此沒有重點解決中文期刊作者的問題也是可以理解的。人家沒把咱列為主要目標客戶嘛，呵呵。但是值得壹提的是Mendeley內置的PDF瀏覽器，可以直接收錄英文的PDF文件，這壹個功能很強大， 我很喜歡。 Zotero只支持Firefox瀏覽器，對於我們經常用IE的人不適合。
國內的軟件NoteExpress和NoteFirst做的都不錯，可以很好的支持中文文獻，但NE在對國標的細節處理上依舊存在問題， 比如無法自動區別英文文獻中的作者是中文作者的漢語拼音， 也不支持中英文雙語的參考文獻自動形成。 而NoteFirst 推出的相對比較晚，所提供的期刊樣式還有待完善， 但它全面支持國標並且支持雙語參考文獻自動形成比較適用中文科技期刊的作者，這對我這個經常需要投被EI收錄期刊的人來說是非常實用的。
B. 設計結構方面： Endnote（Web）,Zotero，Mendeley 和NoteFirst是網絡版的設計，而reference manager, NoteExpress 以及國內的另壹款軟件醫學文獻王都只有單機版。 網絡版軟件的好處就是能夠使用戶在不同地點、不同電腦上均可以同步自己最新的個人數據庫。我相信隨著互聯網的飛速發展，網絡版壹定會成為主流產品。 而上面提到的這幾款網絡版軟件中前兩種都沒有設計客戶端， 在中國目前網絡發展尚不完善的情況下純粹網絡版的產品可能會有問題，而只有Mendeley和NoteFirst具有網絡版和單機使用的***同設計。
C. 價格方面：Endnote和Noteexpress均是收費的軟件， Endnote還價格不菲， 只有機構用戶才會使用。而Mendeley， Zotero和NoteFirst都提供免費版本。 功能上對於我這樣的科技期刊作者來說已經足夠用了。 當然，要寫大論文的博士生們，還是用掏點錢使用軟件的高級功能吧。
基於以上原因， 我最終選擇了Mendeley和Notefirst ***同使用， NoteFirst 進行文獻收集管理和論文寫作， Mendeley進行PDF文件的管理。這是我的個人使用經驗之談，謹供大家參考。