1、宗教信仰：三寶殿通常與佛教相關，是供奉佛、法、僧三寶的場所。它是佛教寺廟中最重要的建築之壹，用於舉行佛教儀式、誦經、禮佛、禪修等活動。神殿則通常與其他宗教，如道教、儒教、民間信仰等有關。不同宗教信仰會有不同的神殿，用於供奉各自的神靈、神明和祖先等。
2、建築風格：三寶殿壹般采用佛教傳統的建築風格，如中國的寶塔、寺廟等，日本的寺院等。它們通常具有獨特的屋頂形狀和建築結構。神殿的建築風格則因所屬宗教不同而有所變化，如中國的廟宇、宮殿等，日本的神社等，每種風格都有其獨特的特點。
3、祭祀對象：三寶殿主要供奉佛陀、佛教經典或高僧等佛教聖物。佛教中的三寶指的是佛陀、佛法（佛經）和僧伽（僧人），而三寶殿就是為了供奉和尊敬這三寶而建立的。神殿則供奉各種神靈或神明，比如道教的神仙、民間信仰中的土地神，以及儒教中的學宮、孔子廟等。