種子的大小形狀，顏色因種類不同而異。椰子的種子很大，油菜、芝麻的種子較小，而煙草、馬齒莧、蘭科植物的種子則更小。蠶豆、菜豆為腎臟形，豌豆、龍眼為圓球狀；花生為橢圓形；瓜類的種子多為扁圓形。顏色以褐色和黑色較多，但也有其他顏色，例如豆類種子就有黑、紅、綠、黃、白等色。種子表面有的光滑發亮、也有的暗淡或粗糙。造成表面粗糙的原因是由於表面有穴、溝、網紋、條紋、突起、棱脊等雕紋的結果。有些還可看到種子成熟後自珠柄上脫落留下的斑痕棗種臍和珠孔。有的種子還具有翅、冠毛、刺、芒和毛等附屬物，這些都有助於種子的傳播。種子體積的大小差異很大，壹個帶著內果皮的椰子種子，可以達幾千克重，而藥用植物馬齒莧種子的千粒重只有0.13克，寄生的高等植物列當種子更小，千粒重僅在0.0029-0.0049克之間。
為扁圓形。顏色以褐色和黑色較多，但也有其他顏色，例如豆類種子就有黑、紅、綠、黃、白等色。種子表面有的光滑發亮、也有的暗淡或粗糙。造成表面粗糙的原因是由於表面有穴、溝、網紋、條紋、突起、棱脊等雕紋的結果。有些還可看到種子成熟後自珠柄上脫落留下的斑痕棗種臍和珠孔。有的種子還具有翅、冠毛、刺、芒和毛等附屬物，這些都有助於種子的傳播。種子體積的大小差異很大，壹個帶著內果皮的椰子種子，可以達幾千克重，而藥用植物馬齒莧種子的千粒重只有0.13克，寄生的高等植物列當種子更小，千粒重僅在0.0029-0.0049克之間。
種子大小的差異懸殊，各有其生物學上的意義。例如椰子的種子很大，每株結實數量有限，由於種子極易萌發，種子內又富含液體胚乳，營養充足，這樣就可得到“重點保證”。而那些體積極小的種子，則以多取勝，雖然它們只有占總數很少的種子能夠萌發，但仍可產生大量後代。許多壹年生雜草植物，就是以這種方式進行大量繁殖的。
種子成熟離開母體後仍是生活的，但各類植物種子的壽命有很大差異。其壽命的長短除與遺傳特性和發育是否健壯有關外，還受環境因素的影響。有些植物種子壽命很短，如巴西橡膠的種子生活僅壹周左右，而蓮的種子壽命很長，生活長達數百年以至千年。
種子壽命的延長對優良農作物的種子保存有著重要意義，也就是可以利用貯存條件延長種子壽命。
實驗證實，低溫、低濕，黑暗以及降低空氣中的含氧量為理想的貯存條件。例如小麥種子在常溫條件下只能貯存2-3年，而在-1°C，相對濕度30%，種子含水量4-7%，可貯存13年，而在-10°C。相對濕度30%，種子含水量4-7%，可貯存35年。許多國家利用低溫、幹燥、空調技術貯存優良種子，使良種保存工作由種植為主轉為貯存為主，大大節省了人力、物力並保證了良種質量。
種子形成後雖已成熟，即使在適宜的環境條件下，也往往不能立即萌發，必須經過壹段相對靜止的階段後才能萌發，種子的這壹性質稱為休眠。休眠的種子處在新陳代謝十分緩慢而近於不活動的狀態。種子休眠期的長短是不壹樣的。有的植物種子休眠期很長，需要數周乃至數月或數年，也有壹些植物種子成熟後在適宜的環境條件下能很快萌發，不需經過壹個休眠時期，只有處在環境條件不利的情況下才進入休眠狀態。