1、層級不同
Motif是位於二級和三級結構之間的層次，Motif的層次接近二級結構。
Domain是位於二級和三級結構之間的層次，Domain的層次接近三級結構。
2、獨立性不同：
domain是獨立穩定的。
motif不是獨立穩定的。
3、蛋白質結構不同：
Motif在生物學中是基於數據的數學統計模型，是特定的group的序列預測。對蛋白質來說，motifs可以被定義為蛋白質（蛋白質序列）屬於壹個給定的蛋白質家族。
domains是壹種結構實體，通常代表蛋白質結構中獨立折疊和行駛功能的壹部分。因此蛋白質經常是這些結構域的不同的組合構建起來的。
4、組合形式不同：
motif通常是螺旋-環-螺旋，貝塔折疊的組合、阿而法螺旋組合等。
domain通常是球狀壓縮區或纖維狀壓縮區。