以前采用分離機械法進行分離。即將葉肉細胞、愈傷組織和液體懸浮培養細胞置於高滲的糖溶液中，使之發生質壁分離，原生質體收縮成球形，然後用剪刀剪碎組織，就可切開細胞壁獲得少量完整的原生質體。
用機械法分離細胞的明顯優點是細胞不會受到酶的傷害，有利於開展生理生化研究。壹般只有在薄壁組織排列松散、細胞間接觸點很少時，用機械法分離葉肉細胞才能取得成功，如洋蔥球莖鱗片、蘿蔔根、甜菜根組織等。
但用機械法分離遊離細胞其產量低，不易獲得大量活性細胞，所以壹般實驗室不用這種方法，只是在用酶解法酶解細胞壁時有很多副作用時，可采用此法。