電影舞臺設定為近未來的日本。背負解決不受人類控制的機器人問題的“ARK計劃”中樞，機器人技術權威光明寺信彥制造出電腦奇俠Kikaider，而光明寺卻在實驗中意外身亡。1年後，“ARK計劃”交給了光明寺的對手神崎和國防部長椿谷的手上，導致計劃的暴走。而光明寺開發的擁有「良心回路」的機器人次郎(電腦奇俠)這壹位英雄出現戰鬥的故事。