1、“緊急接近！有壹艘裝載爆炸物可能性很高的船只……”。
2、在晨霧彌漫的京都舞鶴灣發現的壹艘可疑船只。那艘船上殘存的數據和零件，確認是日本所沒有的東西。那個消息讓日本全國都緊張起來。
3、同日，參加宙斯盾艦的體驗航海的柯南、小蘭、小五郎以及少年偵探團壹行人參觀了海上自衛隊員充滿能量的的對空戰鬥訓練。可是突然，受到了神秘敵人的襲擊，訓練變成了瘋狂的現實！小蘭和少年偵探團因不安而害怕。通過隊員們的冷靜應對事態得以平定，不過，並不清楚敵方的目標。就在這時，在艦內發現了自衛隊員的左臂！手腕上有個停在上午5:30的手表……面對這種異常事態，乘直升機緊急趕來的京都府警、大阪府警也團結壹致開始調查。在那裏，出現了原本沒有乘上宙斯盾艦的神秘女性自衛官——藤井七海的身影。
4、柯南利用犯人追蹤眼鏡和新偵探道具——衛星電話手表，同灰原和阿笠博士，以及在大阪的平次與和葉等人開始合作調查。隨後終於知道某國的間諜X乘上了艦！間諜X究竟是誰？和自衛隊員的左臂、神秘女性自衛官的關系是？在這艘宙斯盾艦上發生的案件，不過是席卷日本全境的恐怖陰謀的開始。