從直接方面來講，並不會改變人的基因，因為基因是有遺傳效應的DNA片段，而DNA經過消化系統的分解，已失去了表達的功能；
而從間接方面來說，則存在改變人基因的可能，因為轉基因也就代表著新基因，而新基因則可能產生新毒素和新過敏原（也就是基因表達產生新的物質），我們知道壹些毒素和過敏原會改變人的基因（如致癌）。
所以，吃轉基因食品存有改變人基因的可能。