1802年，奧地利在威尼斯建立皇家海軍學院。後來該學院1848年遷往的裏雅斯特（今屬意大利），再後來又遷往阜姆（意大利語：Fiume，今為克羅地亞的裏耶卡，克羅地亞語：Rijeka），直到1918年奧匈帝國解體。
1837年奧地利海軍迎來了第壹位有影響力的支持者-弗裏德裏希大公。他著手對海軍進行改革和現代化，並使之奧地利化，而不再僅僅是掛著奧地利旗幟的威尼斯海軍。
1840年，東方危機爆發。昔日地跨歐亞非三洲的封建神權大帝國——奧斯曼帝國治下的埃及的實際統治者穆罕穆德·阿裏帕夏尋求建立壹個由他自己統治的獨立的埃及，英國、奧地利、普魯士站在奧斯曼帝國壹方進行幹涉。由弗裏德裏希大公指揮的奧地利帝國艦隊與英國皇家海軍協同封鎖了亞歷山大港，炮轟了西頓、貝魯特，並在阿克（Acre，或譯做阿卡，今屬以色列）組織了登陸，攻陷了阿裏帕夏的部隊的城防。這是奧地利海軍建軍以來首次實戰。大公本人也因此獲得瑪麗婭·特蕾莎（已故的奧地利歷史上唯壹的女性君主，1740-1780在位）勛章。1844年弗裏德裏希大公被提拔為海軍中將和海軍總司令，但1847年就不幸去世了，年僅26歲。
大公的死並沒有使奧地利海軍的奧地利化和現代化停止。海軍中德語逐漸取代了意大利語，到1850年代初，奧地利海軍的規模發展到4艘護衛艦，6艘巡防艦（Corvette，中國海軍無此稱呼，可視為介於護衛艦與驅逐艦之間的艦種），7艘雙桅橫帆船以及壹些小型艦艇。
1854年，時任奧皇弗蘭茨·約瑟夫壹世（即著名的茜茜公主的丈夫）的弟弟，時年22歲的斐迪南·馬克西米連大公成為海軍總司令（此人1864年壹度成為法國拿破侖三世在墨西哥扶植的墨西哥帝國的皇帝馬西米連諾壹世，但1867年就被墨西哥的***和主義者推翻並處死）。他狂熱的撲到奧地利海軍的工作上，進壹步促進現代化工作，在任期間創建了的裏雅斯特海軍基地和壹支強大的作戰艦隊，這支艦隊在1866年普奧戰爭中在司令威廉·馮·特格特霍夫指揮下擊敗了作為普魯士的盟國參戰的意大利的艦隊。 諾瓦拉號是奧地利海軍壹艘護衛艦，於1850年建成下水，以1849年拉德茨基伯爵指揮的奧地利軍隊在意大利米蘭以西的諾瓦拉擊潰試圖統壹意大利的撒丁王國的數量占優的軍隊的決定性勝利命名。1857年，該艦攜其345名官兵和7名隨艦科學家，由Bernhard von Wüllerstorf-Urbair準將指揮，開始了奧地利海軍史上首次環球考察航行。這次航行由維也納帝國科學院策劃與準備，沿途考察天文、植物、動物、地理、海洋學和水文學。
諾瓦拉號1857年4月30日從的裏雅斯特啟航，經過直布羅陀、馬德拉群島、裏約熱內盧、開普敦、聖保羅島（南印度洋上的法屬島嶼）、錫蘭（今斯裏蘭卡）、馬德拉斯、尼科巴群島（今屬印度）、新加坡、巴達維亞（爪哇）、馬尼拉、香港、上海、波納佩島（西太平洋加羅林群島的壹個島），於1858年11月5日抵達悉尼，又經奧克蘭、塔希提、瓦爾帕萊索（智利）、大西洋，於1859年8月30日返回的裏雅斯特港。這次環球探險，大大豐富了奧地利乃至人類的知識庫存：首次從古柯葉中提取到了純的可卡因，奠定了聖保羅島、尼科巴群島和新西蘭的地理學研究的基礎；海洋學的觀測帶來了該學科的若幹革命；考察中做了全程的地磁場測量和記錄，給該領域的研究提供了大量素材。
1864年，斐迪南·馬克西米連大公赴墨西哥就任法國扶植的墨西哥皇帝時，正是乘坐的諾瓦拉號護衛艦。1867年他被處決後，也仍是諾瓦拉號把他的遺體運回奧地利安葬的。 1864年，普魯士與奧地利聯合進攻丹麥以奪取石勒蘇益格-荷爾斯泰因（當時在丹麥統治下，今為德國的壹個州）。威廉·馮·特格特霍夫上校 率領壹支分艦隊從地中海趕赴北海，5月9日於黑爾戈蘭島與丹麥海軍交戰。普魯士海軍的壹艘明輪蒸汽艦和兩艘炮艇與奧地利海軍的兩艘螺旋槳護衛艦組成的聯合艦隊與丹麥海軍兩艘螺旋槳護衛艦和壹艘螺旋槳巡防艦交火。丹麥海軍取得戰術性的勝利，重創了普奧聯軍的旗艦，迫使後者退出戰鬥。
戰事結束後，雙方各自聲稱自己獲勝，丹麥艦隊返航後得到了英雄的禮遇，而特格特霍夫上校回國後也得以晉升為少將。這次海戰也成為歐洲海戰舞臺上木質艦船的謝幕戰，自1853-1855的克裏米亞戰爭開始，至丹麥戰爭，歐洲各主要國家的海軍基本上完成從木質帆力艦隊到裝甲蒸汽艦隊的過渡。同時這也是世界海戰史上丹麥的謝幕戰，從此之後丹麥沒有再參加過任何海戰。 1866年，普魯士為謀求實現德意誌的統壹，發動了普奧戰爭。意大利為得到威內托（威尼斯所在的大區，意大利語：Veneto），與普魯士締結盟約而對奧地利宣戰。
雖然這場戰爭中，奧地利在北線被普魯士軍隊擊敗，但在南線戰場，奧地利陸軍取得了輝煌的勝利，庫斯托紮戰役中，7.5萬奧軍擊潰了12萬意大利軍隊。意大利於是尋求依靠其在當時世界上比較先進的海軍取得壹些勝利以獲取談判的砝碼。1866年7月20日，試圖奪取奧地利在亞得裏亞海的海軍基地利薩島的意大利海軍，與特格特霍夫少將指揮的奧地利艦隊爆發了利薩海戰。奧地利海軍成功的擊敗了優勢數量的敵軍取得勝利。普奧戰爭以普魯士的勝利告終，普魯士吞並了漢諾威、石勒蘇益格-荷爾施泰因、黑森-卡塞爾、法蘭克福、拿騷和黑森-達姆施塔特的壹部分，原以奧地利為首的德意誌邦聯解散，另成立以普魯士為首的北德意誌邦聯。意大利雖然戰場上沒有撈到好處，但還是如願以償的得到了威內托大區。奧地利海軍的主要基地於是從威尼斯移到普拉（今屬克羅地亞）。 普奧戰爭結束後，奧地利迎來壹個長達48年的和平時期。1867年，奧地利帝國改組為奧匈二元帝國，匈牙利不再作為奧地利的壹部分，而成為匈牙利王國，但與奧地利***尊同壹個君主即奧皇弗蘭茨·約瑟夫壹世。奧地利海軍也隨之改稱奧匈帝國海軍。
1869年，弗蘭茨·約瑟夫壹世乘螺旋槳動力巡防艦聯合力量號（SMS Viribus Unitis，註：不同於後來的同名無畏艦）赴埃及參加蘇伊士運河開通儀式。
1872年，奧匈海軍特格特霍夫號（紀念1871年逝世的奧地利海軍原司令特格特霍夫）踏上北極探險的征程。該艦抵達、發現並命名了新地島以北的法蘭士約瑟夫地群島（以奧皇弗蘭茨·約瑟夫壹世命名）。因洋面被冰封，探險隊棄艦改用雪橇和小艇返回，1874年9月終於到達俄羅斯大陸。探險隊返回維也納時受到了熱烈歡迎。
1880年，奧匈海軍舉行了盛大的閱兵儀式。