叔梁紇居於魯昌平鄉陬邑（今山東曲阜縣東南），72歲時娶18歲的顏徵在，生孔丘仲尼。《史記· 孔子世家》中說“（叔梁）紇與顏氏女野合而生孔子”。傳說中在孔子出世前顏徵在曾見到麒麟。孔子3歲時，叔梁紇去世，葬於防山。顏氏移居曲阜闕裏，將孔子撫養成人，在他17歲時去世。孔子打聽到父親葬處，將父母合葬於防。
孔丘19歲時娶宋人亓官氏為妻。第二年亓官氏生子，魯昭公派人送鯉魚表示祝賀，該子便名為孔鯉，字伯魚。孔鯉先孔子而死，有遺腹子孔伋，字子思。
孔子生而首上圩頂，長成後身長九尺六寸（周時尺寸，大約1.76米，壹說1.83米），被稱為“長人”。孔子早年生活極為艱辛，他說：“吾少也賤，故多能鄙事。”年輕時，他受過季氏家臣陽虎的欺侮，不過也做過季氏的委吏和乘田，管理倉儲和畜牧。
在艱難困苦中，孔子發憤好學，他遍訪名師，虛心求教，先後師事老子、郯子、萇弘、師襄等人。大約三十歲左右，最初的壹些弟子來到孔子身邊。此後，孔子壹直從事教育事業，他廣收門徒，相傳弟子三千，賢人七十二。他首倡有教無類及因材施教，成為當時學術下移、私人講學的先驅和代表，故後人尊為“萬世師表”及“至聖先師”。
35歲時魯昭公被魯國掌權的叔孫、季孫、孟孫三桓大夫趕走，孔子便離開魯國到齊國，由於齊相國晏嬰的反對，孔子幾年沒有得到齊景公的重用，又回到魯國，聚徒講學。
魯定公九年至魯定公十四年，孔子仕魯，初為中都宰（中都為今山東汶上縣），又做司空，後以大司寇行攝相事，這是他政治生涯的巔峰。魯定公十年，魯定公與齊景公會於夾谷，孔子取得外交上的勝利，使齊歸還侵占魯的汶陽等地。魯定公十三年，為重新確立魯公室的權威，孔子策劃實施了“墮三都”的政治軍事行動，希望能夠削減三桓大夫的實力，於是先墮叔孫氏之郈，再墮氏之費，然而圍攻成的攻勢最終功敗垂成。
孔子治下魯國頗有起色，引起齊人警懼，齊大夫黎鉏設計，向魯贈送女樂文馬，造成魯定公不問朝政。這使得孔子與魯公、季子等在道德與政見上的分歧難以彌合，孔子最終去魯適衛。其後，孔子率眾弟子周遊列國，輾轉於衛、曹、宋、鄭、陳、蔡、葉、楚等地，然而均未獲重用。其間，在匡、宋、蒲等地，孔子壹行多次被困遇險；最嚴重的壹次是在陳、蔡之間絕糧，但孔子仍講誦弦歌不衰。
顛沛流離凡十四年，前484年，年近七十歲的孔子被季康子派人迎回魯國，但未受魯哀公的任用。這段期間孔子專註於教育和古籍整理。孔鯉、顏回、子路皆先他而去。5年後，孔子離開了這個世界和他的弟子，被葬於曲阜城北的泗水岸邊。眾弟子為其服喪3年，子貢為孔子守墳6年。
回首壹生，孔子說：“吾十有五而誌於學，三十而立，四十而不惑，五十而知天命，六十而耳順，七十而從心所欲，不逾矩。”