納卡沖突，實質是基督教和伊斯蘭教的沖突。納卡在國際上被認為是阿塞拜疆的壹部分，阿塞拜疆在最近幾十年來並沒有實際控制這裏，而且納卡地區90%以上是亞美尼亞人。
▲國際上普遍承認納卡是阿塞拜疆領土
造成這個問題的根源比較復雜，因為在歷史上，納卡地區的民族成分變化多次，亞美尼亞民族和阿塞拜疆民族是鄰居，亞美尼亞人主要居住在山區，納卡地區也是屬於山區部分，而阿塞拜疆人原本主要生活在裏海沿岸的平原地區。也就是說，包括納卡地區在內的高加索山脈南麓山區是亞美尼亞人的底盤，他們信仰基督教。但不同的是，亞美尼亞周邊均是伊斯蘭教的範圍，阿塞拜疆也包括在內。
▲納卡地區主要是山地，原本也是亞美尼亞人的居住地
這種情況逐漸發生了改變，亞美尼亞被波斯和奧斯曼兩大伊斯蘭帝國“壹分為二”，波斯則鼓勵信仰伊斯蘭教的阿塞拜疆人移居到亞美尼亞人居住的山地地區，也就是納卡地區，納卡的民族成分第壹次出現轉變，阿塞拜疆人成為納卡地區的主體民族。
然而隨著俄國的崛起，俄國獲得被波斯吞並的亞美尼亞領土。因為俄國信仰的是基督教，和亞美尼亞的宗教信仰相同，因此俄國為了打壓伊斯蘭教勢力和阿塞拜疆人，又扶持同樣信仰基督教的亞美尼亞人遷回納卡地區，導致納卡的民族成分又壹次轉變，納卡地區的主體民族逐漸從阿塞拜疆人變成亞美尼亞人。
不過盡管如此，阿塞拜疆人依舊視納卡為自己的領土，這也為後面的爭端埋下伏筆。
隨著亞阿成為蘇聯的加盟國，根據“民族自決”原則，納卡理應劃入亞美尼亞，但蘇聯意識到其國土西南方是伊斯蘭世界，這樣做不僅導致阿塞拜疆的反對，還將會激怒伊斯蘭勢力。因而蘇聯決定在納卡成立自治州，劃歸阿塞拜疆管轄。雖然亞美尼亞人對此頗有意見，但在蘇聯時期有老大哥罩著，兩國的矛盾暫時被掩蓋，倒也還相安無事。
▲阿塞拜疆納卡州（紅色）和納卡***和國（藍色）的範圍
但蘇聯解體，亞阿兩國分別獨立後，蘇聯勢力的撤出留下了權力真空，導致納卡矛盾再次壹觸即發。因為亞美尼亞希望成立壹個以亞美尼亞人為主的民族國家，因此必須要將納卡地區納入亞美尼亞的領土，納卡地區的當地人也希望加入亞美尼亞。但可以預見的是阿塞拜疆強烈反對這個行動。
而蘇聯解體後，俄羅斯國內矛盾頻頻，對兩國的爭端也鞭長莫及，所以納卡既沒有加入亞美尼亞，也沒有服從阿塞拜疆的管理，而在1991年12月10日宣布成立“納卡***和國”，獨立背後的支持勢力是亞美尼亞，亞美尼亞軍隊在納卡駐紮，納卡使用亞美尼亞貨幣。
兩國因為納卡問題進行了長達多年的戰爭，後來在俄羅斯和國際社會的調解下，暫時保持“納卡實際上獨立，但國際上不承認”的現狀。
▲緊張的納卡局勢