首先說人:
真名:集的姐姐，黑須的女兒，天啟病毒的第壹個感染者，類似於生化裏的病毒母體的存在。擁有操控天啟病毒使人類晶體化的能力。因為被弟弟拒絕交合，傷心下力量失控而暴走，引發“第壹次失落聖誕”，後陷入沈睡。
集:主角，持有王的右手，黑須的兒子。小時候勇敢而果斷，因為姐姐引發“失落聖誕”而過度害怕選擇逃避，失去所有幼時記憶，成為壹個膽小畏縮而自私的人。
涯:集和真名的青梅竹馬，其實是莖道撿回來做人體實驗的素材，逃出後被二人所救並成為朋友。真名第壹次沈睡後發誓要變強，所以長大後成立了葬儀社。
黑須:天才科學家，集和真名的生父，第壹個發現，同時也是第壹個解讀天啟病毒的人。
莖道:黑須的競爭對手，同樣也是厲害的科學家，曾和黑須壹起研究，後因誌向不同分道揚鑣，殺死黑須的兇手。
春夏:莖道的妹妹，黑須的妻子，集和真名的繼母，黑須死後繼續從事黑須的研究，並和莖道發現了強化基因，也就是“王的能力”
楪祈:真名的克隆體，為了復活真名，而制作出來的復制品，意外地被涯所救並加入葬儀社，私下裏是壹名網絡偶像歌手，和真名相反，楪祈擁有解除人類晶體化的能力。
名詞解釋:
初始之石:壹塊隕石，掉落地球後被真名發現，蘊含神奇的力量，即“基因***鳴”。
天啟病毒:初始之石能夠通過基因***鳴使得同壹種基因的生物全部晶體化，這種能力在真名發現石頭的時候因為被石頭劃破手指而轉嫁到真名身上，後因為真名的暴走導致大範圍基因***鳴，使全日本的人被晶體化感染，這種癥狀被稱為“天啟病毒”。
失落聖誕:被轉嫁了天啟病毒的真名心緒發生變化，可能是因為她已經是壹個不同於人類的更高的種族，出於繁衍的需要，作為“夏娃”的真名希望集能當她的“亞當”，聖誕節那天進行表白時，被深愛著的集無情地拒絕了，情緒失控導致暴走，基因***鳴引發的晶體化摧毀了整個日本的社會體系，該事件被稱為“失落聖誕”。
虛空:人的內心的實體化，體現為各種工具、武器等。
王的能力:由莖道和春夏根據黑須的研究所開發的基因強化藥劑，能夠強化人類的基因，總有操控虛空的能力，通過使用別人的虛空，從而衍生出各種超自然的戰鬥方式。
黑須之死:與莖道***同發現和研究初始之石以及天啟病毒，但是由於誌向不同，黑須致力於解開天啟病毒之謎以解救被感染的真名，而莖道則接受神秘組織“達特”的邀請，致力於使人類得到進化而進行研究。最終黑須的研究結果遠遠超乎所有人的想象，最終得知此事的莖道在嫉妒不甘的情緒下殺死黑須並盜走了研究結果。
達特:守墓者達特是壹個神秘組織，其實只有壹個人而已，他自稱代表自然界優勝劣汰的進化法則，主張真名尋找“亞當”，並在毀滅現有所有人類後，繁衍擁有天啟之力的新人類，以實現新人類的進化。
第四次默示錄:將失落聖誕的範圍擴大到全世界並重新上演，就可以將天啟病毒擴大至全球範圍，最終所有人類將死亡，新人類將作為進化物種取代人類。該陰謀最終被集終結。
劇情:敘事角度，不以動漫演繹順序
年輕時的莖道，因為超人壹等的能力而時常感到所謂強者的孤獨，這種感覺因為黑須的介入而有所改變，彼時的黑須神經大條卻擁有不輸於莖道的實力，因此二人頗為親近。後黑須與校花孕有壹女並結婚，此為真名，多年後，黑須的妻子再度懷孕，此時初始之石墜落日本六本木附近，被真名發現，並且不慎劃破手指感染天啟病毒，同時，莖道和黑須開始了對初始之石和天啟病毒的研究。已逐漸變為非人的真名出於物種繁衍的本能開始散播病毒感染人類並尋找另壹半，她的目標是尚在母親腹中的弟弟:集。集出生時，母親因感染天啟病毒死亡。
時間飛逝，黑須為了拯救女兒夜以繼日地研究，不懼寂寞地日夜操勞，孤單的身影引起了春夏的註意，這壹年，春夏跟哥哥提起:我要嫁給黑須博士。這壹年聖誕節，春夏打算帶著兒女以及被收養的涯去找黑須壹家團圓地過節。黑須遲遲沒有到場，去尋找黑須的過程中，春夏目睹了莖道謀殺黑須全過程。
與此同時，三個孩子在教堂等待父母歸來，深知真名的“另壹面”的涯試圖警告集:妳的姐姐不太對勁……結果被真名套路致傷。集此時趕到撞見這壹幕，真名索性打算強上弟弟，遭到抵抗後情緒暴走引發失落聖誕，從此日本政府覆滅。事故當天，真名陷入沈睡，涯立下誓言要變強後離開，集選擇忘記壹切被救援隊救走，黑須被殺，莖道成為天啟病毒研究的最先進的科學家。
多年後，忘記壹切已經變成怯懦鬼的集偶然遇到了盜取“王之能力”正在逃亡中的楪祈，壹見鐘情，因為替祈擋槍，子彈打碎胸前的基因藥劑容器，導致基因強化獲得王之能力。該能力原本是涯打算占為己有的，陰差陽錯被集獲得以後遂拉攏集加入組織“葬儀社”。與此同時，被達特操縱的莖道，正在著手使真名蘇醒的工作，以完成毀滅人類並進化出新人類的使命，因為壹次偶然事件，集拯救好友親弟未成，對生命消失的恐懼和無力感讓他無法使用王之能力，因此使得涯身受重傷。
為了阻止該陰謀，同時，也是為了拯救涯，集加入葬儀社，和涯壹起深入敵陣，最後為了阻止真名的蘇醒而將涯和真名壹劍雙雕。涯英勇就義，真名也以死亡告終，葬儀社解散。真名蘇醒時釋放的力量被稱為“第二次失落聖誕”。
為了阻止陰謀敗漏，莖道對市民謊稱“不能讓病毒擴散”，封鎖了市區7環以內的範圍。實則是為了殲滅知曉此事的幸存者。
為了逃出封鎖區，集擁有操縱虛空的能力，已然成為所有人的首領，因為物資匱乏加上好友“祭”因事故死亡，憤恨之下建立了“虛空等級制度”，這種不公平的等級制度，把集推到壹個暴君的位置。當千辛萬苦逃出封鎖區時，再也無法忍耐集的暴政的“臣民們”發動政變打算置集於死地。這時已經死亡的“涯”壹身白衣突然出現斬斷集的右手奪取王之能力並下令擄走祈。（其實是為了完成計劃，莖道借助達特的力量通過基因技術讓涯復活，如果集不願作為亞當，那麽就讓涯成為真名的配偶，在毀滅後新生的世界裏，“亞當夏娃將繁育新壹代的人類”）
祈帶著負傷的集壹路逃亡，最終為了拯救集而挺身而出，被涯打敗後被俘。
涯的目的是利用祈的身體復活死去的真名，最終打敗依附在真名身上的“天啟病毒”，也許可以讓真名獲得真正的解放吧。
另壹邊，春夏得知壹切後忍氣吞聲，表面幫助哥哥進行毀滅人類的計劃。暗地裏偷偷盜取了最後壹支基因強化藥劑，得手後出逃。
被追殺的春夏尋求“葬儀社”的庇護，壹系列保護春夏和藥劑的戰役中，葬儀社諸多戰友犧牲，最終被逼至絕境。此時集趕到，註射藥劑獲得了新的王之力量。
經歷過壹系列大起大落和親友死亡朋友叛變的集此時大徹大悟。在葬儀社眾人虛空的幫助下，前往奪回楪祈的作戰。
最終遲了壹步，真名完全復活，真名引發的“第四次默示錄”在全球範圍逐步消滅人類，全世界的人類都籠罩在晶體化的危機下，楪祈只留下壹滴淚水化作花朵消失了。花朵裏寄存的楪祈的思緒幫助集召喚出祈的虛空，集借此打敗涯，伴隨著涯的戰敗，真名擺脫了“天啟病毒”的束縛成為壹個普通人，最終和涯抱在壹起化為晶石死去。
為了終結壹系列的悲劇。集在楪祈思緒的擁抱下打算吸收全世界的天啟病毒，伴隨著自己的死亡，病毒也將不復存在。死亡的前壹瞬間，楪祈使用最後壹點力量……也就是消散晶體化的力量拯救了集，病毒消失了，伴隨著病毒壹起完全消亡的還有楪祈，那個不懂得人類感情的克隆人。
最終，葬儀社的幸存者紛紛回歸正常的生活軌跡，而集失去了壹只手臂（拄著壹支盲杖，可能雙目也已經失明了）。可能會壹直活在對楪祈的思念中吧。