愛麗絲(其實都是那個女的演的，都是實驗品，只是型號不壹樣)在卡洛斯·奧利維拉和L·j的幫助下成功逃出了保護傘公司嚴謹的實驗室，然而經過幾次活體實驗，愛麗絲發現自己體內有壹種全新的力量覺醒了，這種力量強大到無法控制，讓她感到恐懼。
然後時間繼續推遲了三年。這期間，活死人幾乎毀滅了整個世界，地球仿佛剛剛經歷了“世界末日”，黃沙漫天飛舞，壹片荒涼淒慘的景象。那些僥幸活下來的人暫時結成了聯盟，幾乎組成了壹個30人左右的“生存小組”，開著各種交通工具，包括校車、救護車、新聞車、油罐車，艱難地行走在內華達州的沙漠中，從壹個被毀的城市到另壹個被毀的城市，只為尋找食物和水維持最起碼的生存保障，也為了躲避麻煩和活死人。
愛麗絲假裝平凡，隱藏在這群極度疲憊的人群中。她在暗中保護著這些人類最後的希望，卻不敢表現出自己的身份和過人的能力。因為愛麗絲的DNA可以抵抗t病毒，所以成為保護傘公司最令人垂涎的活體實驗品，但也幫助她獲得了前所未有的能量和獨立性。自從逃出浣熊市後，她唯壹能做的似乎就是繼續活下去，保護世界上最後的生命。
愛麗絲很清楚保護傘公司對她做了什麽。她知道保護傘公司可以通過她的眼睛看到發生在她面前的壹切，幾乎把她當成間諜。因此，愛麗絲不得不孤立自己，與所有人保持距離。她不知道為什麽自己總能獲得新的能量，但是她發現自己控制不了它們，害怕自己睡覺會做噩夢。
卡洛斯又回到了愛麗絲身邊，這讓愛麗絲真的松了壹口氣。因為她曾經是保護傘公司的員工，卡洛斯理解愛麗絲所承受的痛苦和孤獨，他們之間不可避免地產生了曖昧的感情...至於造成所有悲劇的罪魁禍首保護傘公司，他們也沒閑著。他們拼命想把它修補好，希望能做出壹種能讓活死人恢復人性的藥，結果適得其反，反而研發出來了。
最後保護傘公司想殺了醫生，找人代替他。但是沒想到博士在感染病毒的時候變成了怪物，殺死了所有的研究人員，成為了最後壹個BOSS！愛麗絲在這裏找到了無數的復制者，和博士進行了壹場決戰。在最後壹刻，她的復制體啟動了1代殺死隊長的激光防禦，解決了博士。
最後壹行，保護傘公司的領導壹起開會，準備下壹步的計劃。這是愛麗絲突然出現(當然是通過投影)並威脅要開始報復，和她的姐妹們(很多克隆人)壹起，然後保護傘公司的領導們都無語了。
復仇戰爭開始了。。結束！