好吧想想還是按照因果關系透吧……
這個故事的主人公西條拓巳從小天賦異稟，不僅有著幹涉狄拉克之海進行妄想實體化的被稱為giga-lo-maniacs的能力，而且10歲的時候無意中解出了某個世界性的難題，得出了壹條公式。這條公式將物理學的4種基本力（萬有引力、電磁力、弱相互作用力、強相互作用力）聯系到同壹個根源上……簡而言之，使通過其中壹種力的作用幹涉另外的三種力成為可能。只不過這公式是主角小時候隨手寫在作文本上的，自己也沒意識到那條公式會帶來什麽。
於是有壹日，某個叫做NOZOMI（希）的公司偶然發現了這條公式。NOZOMI背後有著壹個叫天成神光會的極端組織，而天成神光會有意通過參政等手段來控制世界以達到他們“排除劣等人種，讓少數人領導多數人”的，被稱為“300人計劃”的目的。NOZOMI的總裁首先意識到這條公式對於世界有著重要的意義，於是說服了神光會支持他們進行研究。
NOZOMI以公式為理論基礎的研究結果表明，人的五感其實是按信號——電波——信號的順序進行的。如果對人的感官“盲區”進行電波幹涉，相應地就可以對人的五感造成虛偽的信號認知，或者逆向……通過將人的五感認知或者說妄想轉化為電波再轉化為其他力，就可以對現實世界造成實在的影響。NOZOMI以實現雙向幹涉為目的開發出了名為NOAH II的機械……也就是以這條公式為基本原理的“無形的兵器”……但是這臺機器本身只有理論，在實行數據方面還是不完全的，所以需要可以靠自身能力以妄想幹涉世界的giga-lo-maniacs的數據來改進。覺醒的giga-lo-maniacs能力者可以靠自身力量通過幹涉虛數之海將妄想具現，而他們手上的Di-sword既是覺醒的證明，也是幹涉虛數之海的工具。只不過這能力需要在相當大的情感波動條件下（或者直接說壞掉吧）才能覺醒。
於是NOZOMI從涉谷找出了幾個天生的giga-lo-maniacs，帶到特殊的病房裏天天進行大量實驗，其中壹個當然就是拓巳。拓巳雖然天賦異稟但是身體很差……從小身體就不好，而發動能力使妄想實體化時產生的反物質會在身體裏堆積……簡單來說就是越用這能力身體機能就會越差。就在他16歲那年，因為連續試驗而導致不得不終日臥床時……他在某天意識連接時見到了梨深……算是同病相憐吧，主角開解了那時處於自閉狀態的梨深讓她回復了人類的心。然後隨著時間經過，主角意識到NOZOMI的研究最終會讓世界走向毀滅……於是下決心破壞這個計劃。
他想到的方法是……妄想出另外壹個自己。本來是想妄想出更有行動力的存在的，但是因為舊病加上妄想的負荷過重，導致妄想到壹半時整個人就昏睡過去並睡了壹年多……於是現在大家見到的就是這麽壹個宅男不完成品。
後來兩人因為數據的采集已經完成所以獲準出院……只不過拓巳那時身體已經虛弱到只能臥床了。於是拓巳將自己真正的病房也用妄想與現實世界隔絕開來，只允許梨深出入。他希望梨深可以幫助自己的妄想體覺醒，將NOAH II破壞。但是梨深明白如果妄想體再覺醒的話，連接狄拉克之海的造成的負面影響會全部轉到本體TAKUMI身上……因此十分抗拒讓TAKU覺醒。（嗯這裏要說說……雖然兩個人名字都叫拓巳，但梨深從來都只叫妄想體叫TAKU而把本體叫TAKUMI……當然TAKU可能也有OTAKU的隱喻在裏面）
TAKU在NEW GENE系列事件發生約1年前被創造出來，但因為這人太宅了（制定了最低出席表，平均每周只上3.5節課以保證自己不被開除，除此以外整天宅在家裏網遊……正常人哪找得到啊！）所以梨深直到NEW GENE第三事件發生時才第壹次見到這個妄想體。
說回NOZOMI那邊。NOZOMI在梨深之前就已經得知並發現了TAKU的存在，覺得這也是個不錯的研究素材，於是為了激發其覺醒同時也是試驗NOAH II的機能……而策劃了NEW GENE系列事件。人腦要接收NOAH II的電波必須要在生物頻率高漲時才最有效，而涉谷這地方因為地心引力異常所以特別容易使人達到亢奮狀態……（這個其實和滿月差不多原理）所以NOZOMI選擇了在涉谷策劃NEW GENE系列事件，既是為了試驗研究成果也是為了激發拓巳的覺醒。NOZOMI首先通過大量發售手機掛飾……也就是那個嘔吐青蛙來提高電波的接收效果；其次，讓壹大堆看著像宅男的所謂移動終端背著電波發射背包到處跑以進行毒電波散射……這些都是為了NEW GENE做的環境準備。另外可以明顯地看出，從第三事件以後的NEW GENE事件都在某些方面和TAKU聯系著……
這裏牽涉到將軍的問題……第壹次和TAKU交談的將軍其實是TAKUMI……他通過意識幹涉得知了NOZOMI要策劃新的NEW GENE事件，於是上網把自己的預知告訴了TAKU。本來是希望TAKU能夠覺醒去阻止事件的……結果沒想到這小子膽小，自己嚇得跑掉了……然而在這次以後NOZOMI也得知了TAKUMI原來還在活動，於是後面NOZOMI方面的人也開始假扮成將軍進行行動……
好吧繼續回歸主線。第三事件以後楠優愛開始盯上了TAKU，因為她剛好也在第三事件發生時見到TAKU跑過，而集團跳樓事件其中壹名死者就是她妹妹……因此對NEW GENE的關註促使她接近TAKU進行調查……結果敗露了。TAKU從此對優愛避而不見，然後這人戲份就開始少了（餵）……TAKU從優愛以後天天生活在孔明的陷阱裏……這時梨深以同班同學的身份出現在TAKU的身邊。與TAKU化解對自己誤解的同時，梨深也從這個時候開始覺得TAKU的存在很悲哀，更加不想讓他覺醒來背負什麽拯救世界的宿命了。
於是梨深壹直有意將事件的真相瞞著TAKU……直到NOZOMI開始用NOAH II進行在涉谷引發大地震的試驗。梨深因為地震的原因跑去和TAKUMI商量對策，結果NOZOMI的總裁趁機綁架了TAKU的（實際上是TAKUMI的，只不過TAKUMI為了大家好而將大家的記憶修改了）妹妹七海……然後把七海的右手砍了下來送到TAKU的住處，以她的人身安全要挾TAKU到涉谷中心的大樓頂層去，打算以強硬手段逼其覺醒。到了樓頂，出來交涉是NOZOMI方面以機械輪椅和面具組裝的假將軍……當然TAKUMI壹直在看著事態發展，這時候也靠意識和TAKU直接對話……（兩邊雖然是不同的目的，但都要求TAKU盡快覺醒）TAKU雖然有覺醒的跡象但是最後縮了……從大樓上逃了出去。之後TAKU回到住處卻發現，被他急急忙忙放到冰箱裏、想著以後再給妹妹接回來的右手變成了橘子……（事實上是梨深為了不讓他覺醒而趁他不在時掉包了），而他在學校還見到了右手完好只是手腕綁著繃帶的七海（其實這七海整個人都是拓巳希望妹妹沒事而自欺欺人的幻想罷了，七海的真身還被困在人家公司那兒），於是他開始懷疑身邊的壹切究竟孰真孰假。
終於有天他不顧梨深的阻止，執意打算回老家看看七海是否沒事……因為他在學校看到七海但是卻不敢上去問話。結果回到記憶中的應該存在的老家後，卻發現那並非自己的家，他才終於發現自己的記憶都是假的。這時同行的梨深告訴他“妳不過是個妄想”，並且告訴他不要再繼續用妄想的能力，對他或者其他人都沒有好處。而梨深自己則想著獨力將壹切結束而獨自前往了NOZOMI的總部。
好了這裏開始TAKU就壹直頹廢了……自己是個妄想的事實使他壹次次地想尋死，但卻不能如願（大概是TAKUMI在暗中阻止了）另外NOZOMI那邊則在不斷地制造NEW GENE想把主角逼到覺醒。終於有天，真正的將軍也就是TAKUMI再次通過意識和TAKU對話……說明了所有的起因和經過，並告訴他梨深為了結束這壹切獨自去了NOZOMI，結果雖然七海被釋放了（因為已經沒有利用價值了），但她自己反而被抓了（為了引TAKU過去）。按照將軍的指示而再次來到上次的樓頂上的TAKU，確認了自己對梨深的心情，終於成功地拔出了“劍”而覺醒了……
然後TAKU壹掃之前的頹廢和怨氣，根本就是換了個人壹樣將市中心的移動終端全部破壞，然後揪出了NEW GENE事件的兩個實行者（這個還是不透了，因為說實話其身份被揭穿時實在很讓人意想不到）並將其解決後，又經歷了連番苦鬥來到了NOZOMI存放著NOAH II的地下基地，結果被同為giga-lo-maniacs的BOSS給輕易剁掉了……（嘛來到基地時TAKU已經幾乎連劍都握不住了）這時TAKUMI將自己最後的力量托付給了TAKU……通過將意識身體化、身體意識化而復活的TAKU簡直就是新世界的神！神棍到即使腦袋被砍掉了都還能繼續妄想造出新的身體！根本就是史萊姆！這個再怎麽也說不過去了吧！……嘛總之BOSS被華麗地放翻了（giga-lo-maniacs能力雖然好用但是沒法回復自身的傷害，因為人的痛覺會讓妳無法無視傷口的存在從而擊潰妄想）。
最後TAKU用劍頂著BOSS沖向絕對防禦的NOAH II（除了BOSS外的任何物體接近這機器都會被其自動保護機能產生的具現化妄想擾亂從而無法破壞它），解放出Di-sword裏的反物質將機器連同整個基地壹起炸毀……於是我們又回到了整個故事最初那壹幕……TAKU力盡躺在地上，梨深為了要延長TAKUMI的壽命而將Di-sword實體化打算將TAKU消滅……
好這裏就是分支結局時間~！A結局是梨深因為自己的感情沒法下手殺掉TAKU，然後TAKUMI死掉了，妄想繼承了本體的壹切，同時真正成為了現實而繼續活下去……B結局則是梨深壹刀捅了TAKU，以換取TAKUMI多壹周的壽命（嗯這人本身就已經風中殘燭了）……哪個都不是最完美的結局哦。至於遊戲中途被踢下樓掛掉那個BAD END就忽略吧……
是不是覺得這劇透除了梨深和七海外其他人都很少提到？沒錯！即使在原作裏她們也不過是為了解說世界觀和發展劇情才偶爾登場推動故事發展的、存在感微弱得可以忽略的存在！所以這遊戲壓根就不是後宮啊！
嗯其實這劇透還有很多細節沒有說到，比如作為支線推動主線劇情進展的判警官方面的劇情，NOZOMI脫離天成神光會獨立活動的目的，NEW GENE具體實施的經過，還有那幾個花瓶（被毆）的過去之類的……設定太多太龐大了（只是這結局浪費了不少設定）難以全述，因此只好簡單說說主線劇情了……
希望能提起各位的興趣，通過動畫或遊戲（最好是遊戲）進壹步了解整個故事。m(_ _)m