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遊戲開始後，進入破斧酒吧(Leaky Cauldron)，首先遇到魔法部長Cornelius Fudge，哈利向他詢問天狼星Black的事情，但他似乎對此並不感興趣，只是要帶哈利去他的房間。談話結束後可以自由活動，可趁機熟悉壹下操作，在右方的寶箱中還可以得到1張卡片。進入右下角的樓道內，在盡頭再壹次遇到Fudge部長，他又送給哈利3張卡片。進入自己的房間後，發現床上擺著Hagrid送來的生日禮物，哈利打開後發現是壹本怪獸之書，並且這本書變成怪獸向哈利發動襲擊。這是第壹場戰鬥，還是以熟悉操作為主。戰鬥勝利後，獲得壹件衣服，在主菜單的第壹個選項中可以裝備。之後返回主大廳，遇到Weasley夫婦及他們的兒子Ron，在交談中，哈利得知Ron的老鼠寵物Scabbers氣色不太好，需要鼠克補(Rat Tonic)來補充營養，於是自告奮勇去向旅館主人Tom要鼠克補。但Tom說它在地窖之中，哈利只得通過左方的樓梯進入地窖探險。
剛進入地窖就發現有壹道壕溝擋住去路，按照系統提示，靠近壕溝使用Lumos魔法，即可看到隱藏的通道。繼續前進，會發現兩個木桶擋路，施放Flipendo魔法可以將它們打碎。在路上有很多鬼火樣的敵人，如果已經在之前的戰鬥中探查過敵人，則他們會顯現出本來面目。通過是否為鬼火樣，就可以判斷該敵人是否被探查過，對於圖鑒的收集很是方便。來到樓梯處，發現無路可走，這時只要對著下方那塊突起的石柱使用Flipendo魔法，就可以將路連接起來。繼續前進，又來到壹片漆黑的通道，按照系統提示用Lumos魔法照亮吧。在盡頭處，終於發現了裝鼠克補的瓶子，可是已經被壹只老鼠吃了很多，並且那只老鼠還因此而巨大化。戰勝它後，推動前方的石柱，哈利就可以帶著剩余的鼠克補返回大廳。在大廳前恰好聽到Weasley夫婦在談論Black的事情，似乎他要殺掉哈利，Weasley告誡哈利不要去尋找Black，但哈利似乎另有打算。將鼠克補交給Ron後，Hermione來訪，並帶來壹只寵物貓Crookshanks。結果可想而知了，Ron的寵物鼠Scabbers拔腿就跑，Crookshanks也緊追不放，雙雙跑入地窖(- -)。Ron和Hermione都急於尋找自己的寵物，哈利面臨著選擇誰加入隊伍的問題。兩個人由於擁有不同的魔法技能，因此進入的區域並不相同。如果是選擇Hermione的話，可以用Reparo魔法修復毀壞的樓梯；如果是選擇Ron的話，則可以用Alohomora魔法開鎖。總之不管用誰，最後當然都是殊路同歸，Hermione和Ron也正式加入隊伍。之後壹行人離開破斧酒吧，搭乘上霍格華茲快車(Hogwarts Express)。
眾人為了找座位而到處閑逛，但發現只有最左面的壹個包廂裏有空位子，裏面有壹名正在打磕睡的男子，從Hermione的口中得知，原來他是教導黑魔法防禦術的新教授R.J.Lupin。這時列車突然停了下來，哈利剛想找人問個究竟，Neville來到包廂門口，拜托哈利他們找到他的寵物蟾蜍Trevor，並說有人看見它在行李車(baggage car)中出現過。眾人來到行李車，果然發現了蟾蜍，正要把它抓住還給Neville時，窗外突然有壹個神秘的黑影閃過，同時窗戶破裂，哈利也莫名其妙的倒在地上。當黑衣人破門而入時，Lupin教授及時趕到，黑衣人也隨即離去。從Lupin教授口中得知，原來那個黑衣人是阿茲卡班的獄卒(Dementor)，並且不知什麽原因導致哈利崩潰。他希望Ron能夠找到壹些巧克力(Chocolate)來醫治哈利，並希望Hermione能找到列車長使火車再次啟動(直到現在，我才從稱呼中發現，原來她是女的- -)。這時又壹次進入人物選擇頁。無論選擇誰，都要走壹個來回，哈利獲救後，列車也到達目的地活米村(Hogsmeade)。
剛進入Great Hall就遇到Malfoy等人的挑釁，但哈利並沒有理睬他們，只是要找葛來芬多休息室(Gryffindor common room)。真是不找不知道，壹找嚇壹跳，這裏可真是巨大啊，整個壹個大迷宮，第壹次來準保轉得暈頭轉向。比較值得壹提的是以下幾個地點：大廳右側的肖像屋(Portrait Room)，裏面的壁畫有捷徑，如果記住哪幅畫代表哪個樓層的話，可以直接到達目的地；第4層樓上方的醫院，在那裏可以回復HP和SP；第5層樓左側的巫師卡片收集俱樂部，在那裏可以用卡片來交換好的裝備。第7層樓右側的商店，在那裏可以購買各種道具和裝備。在壹位同學那裏打聽到葛來芬多休息室在第七層樓，於是從右上角的Grand Staircase處開始爬樓梯，壹直爬到7樓(當然，也可以從肖像屋右下角那幅紅色壁畫的隱藏通道中到達)。進入7樓後，來到左下角，會自動通過白色的壁畫而進入葛來芬多休息室。經過壹番冗長的說教，又到了上變形學(Transfiguration)的時間。變形學教室在1樓的左上角，教授的課程是化獸法(Animagi)，也就是魔法師可以通過魔法將自己變成動物，教授將自己變成了壹只貓，並要求哈利和Hermione找到藏身在迷宮中的自己。迷宮中的木門要靠柱子壓住機關才能開啟，而如果移動柱子錯誤，還可以用Flipendo魔法擊打墻上紅色的按鍵來使柱子復原。在迷宮盡頭遇到Crabbe和Goyle的阻撓，擊敗他們後，在機關陣中找到了教授，順利通過考驗後，3個人都習得了新魔法Petrificus Totalus。
又到了Hagrid教授的奇獸飼育學(Care of Magical Creatures)上課時間了(還挺忙的- -)。這壹次的教課場所在室外，出城過橋後，就會來到Hagrid教課的地方。Hagrid正準備上課，Malfoy突然說他們沒有書，而Hagrid的備用書也丟失了，哈利懷疑是Malfoy他們動的手腳，不過現在這些已經不重要了，重要的是要盡快尋找回5本丟失的怪獸之書。Hagrid拜托哈利他們去尋找，並贈送給他們3人每人壹種新魔法。哈利得到的是Diffindo，可以切割擋路的蜘蛛網；Ron得到的是Spongify，可以使地上的浮葉橡膠化，踩上去後能夠彈到其它道路上；而Hermione得到的是Glacius，可以將水流凍成可通行的冰路。3人進入花園迷宮，活用各種魔法，很快就齊集了5本書(註，拿第5本書之前的道路，需要先移動石柱把路連接上)。擊敗擋在出口處的毒觸手(Venomous Tentacula)後，順利的走出迷宮，將書交給Hagrid，終於可以開課了。向上走到開課地點，這壹次的課程是學習如何同壹只名叫Buckbeak的鷹馬(hippogriff)交朋友。結果由於Malfoy不友好的行為，導致鷹馬發怒，把Hagrid和其他學生都嚇跑了(汗- -)。只有哈利試圖使鷹馬平靜下來，於是騎乘了上去。這是第壹個小遊戲，遊戲內容是在限定的時間內，抓住盡可能多的金色蝙蝠，用方向鍵操縱鷹馬的移動，按住A鍵不放可以提升飛行高度。遊戲壹開始的時間是11秒，每抓住壹只金蝙蝠，增加時間6秒。雖然操作起來不是很順手，但即使壹只都抓不到，也不影響後面，不用擔心。又到了魔藥學(Potions)的上課時間，眾人返回大廳，通過左側的地下室(Dungeons)，進入魔藥學教室。今天的課程是學習制作縮小液，需要收集壹些配料，於是Hermione和她另外壹位朋友又很榮幸的被選中做誌願者……需要收集的素材壹***有5個，分別是daisy root、Shrivelfig、rat spleen、dead caterpillar和leech juice。選哪壹個組隊分別不是很大，只是如果選哈利(Harry)的，路上會遇到火堆擋路，需要用Glacius魔法將其澆滅。擊敗擋路的河流食人妖(River Troll)並齊集5樣素材後，原路返回將素材交給教授，成功的作出了縮小液，並獲得了新魔法Wingardium Leviosa。
下面的課程是黑魔法防禦術，雖然該課程的專用教室在3樓，不過從Hermione的口中得知教授讓大家去職員室集合。於是眾人來到大廳右側的職員室(Staff Room)，裏面的教師當然就是大家熟悉的Lupin教授了，授課內容是如何對付幻形怪(Boggart，壹種可以任意變成心中害怕目標的奇獸)。這是第二個小遊戲，遊戲內容為阻止幻形獸靠近試驗者，當幻形獸向某壹試驗者靠近時，按與該試驗者相反的方向鍵。比如幻形獸向上方的試驗者靠近時，就按方向鍵的“下”，讓幻形獸接近試驗者或所按方向錯誤，都算失敗，最多有3次機會。遊戲結束後，哈利向教授質問為什麽不讓他參加試驗，經過教授壹番解釋，並且答應下次教哈利如何抵禦獄卒後，哈利終於高興的和同伴們離開職員室。
按照Lupin教授的建議，眾人返回了7樓的休息室，正趕上兩只寵物又在上演貓鼠大戰。結果哈利不得不又壹次幫助Ron找回逃走的寵物鼠Scabbers。出了休息室後，壹直向右下方走，就會看到Scabbers，找到它後二人返回去時，發現很多同學都聚集在休息室門口。經過詢問才知道，原來畫面上的肥女人(Fat Lady)不見了，通往休息室的門也因此被關閉，取而代之的是壹名老騎士Sir Cadogan。眾人想向他詢問那個肥女人的去向，雖然他說他知道，但卻壹溜煙的跑掉了。於是眾人經過商議，由哈利留在原地等候肥女人回來，而Hermione和Ron則負責尋找Cadogan爵士。通過詢問其他的壁畫們，在2樓發現了Cadogan爵士，在他的指引下終於找到了肥女人。原來她是被天狼星Black打跑的，看來這裏也不安全了，2人急忙趕回休息室向哈利示警。雖然眾人很擔心Black是否仍在學院內，但課還是要去上的。這壹次依舊是黑魔法防禦術的教程，哈利很擔心Lupin教授的身體，Ron更猜測這種教學對教師本身會造成傷害。來到3樓的黑魔法防禦術教室，結果發現上課的竟然是Snape，他解釋說Lupin教授由於身體不適而改由他代課，並且要教授大家關於人狼的課程，盡管這些內容Hermione早就學過了眾人來到2樓右側的圖書館(Library)，向Pince女士詢問有關人狼的書籍，結果被告知唯壹壹本關於人狼的書籍也因為怪獸之書的破壞而變成碎片。Hermione於是提議將碎片收集起來，再用她的修復魔法Reparo將書復原。圖書館有上下兩層之分，而且那些帶符號的書籍是可以用Flipendo魔法移動的。擊敗怪獸之書，並齊集全部5張碎片後，返回Pince女士那裏，成功的將書復原。Hermione讓哈利和Ron先回課堂搪塞壹下Snape，她自己壹會兒就把調查報告寫好。二人回到3樓的教室，正不知如何對Snape解釋，沒想到Hermione已經趕來並提交了壹份優秀的調查報告。哈利和Ron對她能夠如此迅速的寫好文章感到驚訝，盡管Hermione解釋說她以前就看過這本書了，但2人還是感到難以置信，並跟著Hermione返回休息室。
在休息室中，哈利的信使貓頭鷹Hedwig送來的包裹掛在了信息板頂上無法取回，Hermione建議使用Wingardium Leviosa魔法使包裹飛下來。打開包裹後發現是壹只火閃電型號的飛天掃帚(Firebolt Racing Broom)，由於不知道是誰送來的，Ron不免猜測起來，Hermione也覺得很神奇，並建議去找McGonagall教授查壹查，但哈利此時只想盡快讓Hagrid看看自己的火閃電。來到Hagrid在城外的住處，卻得知鷹馬Buckbeak因為襲擊Malfoy而被關進了監獄，Hermione這時說她曾看過壹個關於鷹馬的案例，於是Ron建議去圖書館查找相關資料。在2樓的圖書館向Pince女士詢問，得知在圖書館的南面有相關資料，2人來到右下角，終於發現了那個案例。但結果卻非常不好，按照法律規定，鷹馬要被交給危險生物處分委員會(Committee for the Disposal of Dangerous Creatures)處理。哈利覺得暫時還是不要把這個結果告訴Hagrid為好，應該先跟Hermione商量壹下。在2樓的入口處碰到了Hermione，但除了感嘆外，眾人也拿不出什麽好主意。話題壹轉，大家又討論起今年的聖誕宴會，Ron已經等不及了，但Hermione卻推說還有重要的事要半，讓他們倆先去，真是奇怪！
來到1樓大廳右面的Great Hall，還沒等坐下，就被McGonagall教授叫住，並且借口要檢查飛天掃帚是否有附加魔法為由將火閃電沒收了- -，而這壹切竟然都是Hermione告的密。Ron馬上質問Hermione為何要這麽做，Hermione卻解釋說，她這麽做是因為懷疑火閃電是天狼星Black送給哈利的。正在這時，壹個白胡子老頭(Dumbledore教授)蹦了出來，並且說發明了壹種新遊戲供大家娛樂。這是第三個小遊戲，內容比較老套，點擊畫面相鄰的2個以上的相同物品就會將其消掉，等級越高，不同種類的物品也越多。
結束遊戲後，哈利正要返回休息室，Lupin教授竟然主動提出要教習哈利如何抵禦獄卒，哈利當然樂得答應。來到3樓左側Lupin教授的辦公室(Lupin's Office)，Lupin教授準備教給哈利壹種特別的魔法來抵禦獄卒，並進入第四個小遊戲。這個遊戲跟第二個比較類似，所不同的是，這壹次是由四個獄卒圍住哈利，當有獄卒向哈利移動時，要按動該方向的按鍵來施展魔法進行抵禦，如果累計按錯次數達3次，就會被扣壹次試錯機會，壹***有3次機會。遊戲結束後，哈利借機向Lupin教授打聽他父親和天狼星的事情，但Lupin教授沒有正面回答哈利，只是推說太晚了，讓他回休息室去。
回到休息室，McGonagall教授將火閃電還給了哈利，並預祝他勝利……畫面壹轉，哈利他們已經獲得了勝利，大家正在慶祝，McGonagall教授又不合時宜的進來將大家都趕回宿舍。哈利進入上方的葛來芬多男生宿舍(Gryffindor Boy's Dormitory)，正準備休息，卻突然聽見Ron的尖叫。哈利趕忙跑過去查看究竟，原來是Ron被砍擊窗簾的聲音驚醒，卻發現天狼星Black正拿著壹把刀子。哈利建議去找McGonagall教授，出了宿舍，發現大家都到了。經過調查，才知道Black是用壹張寫有密碼的紙才騙過守衛Cadogan爵士的，而那個把密碼寫到紙上的家夥就是……Cadogan爵士因為此次事件被解雇，肥女人又重新回來。哈利回到宿舍就卻難以入睡，並且偶然發現Hermione的寵物貓Crookshanks正和壹只黑狗在散步……第二日壹早，哈利正要出門，發現Hagrid留下的字條，上面寫著“親愛的哈利，我們輸掉了官司，Buckbeak執行死刑的日子已經確定下來了，Hagrid”。哈利看到後大吃壹驚，決定找Ron和Hermione商量如何搭救Buckbeak。眾人來到Hagrid城外的住處，但依然壹籌莫展，甚至連安慰的話也無從講起。這時Ron的寵物鼠Scabbers突然出現，與此同時，劊子手Macnair也來了，哈利3人因此被請出了屋子，不多久就聽到Buckbeak被處決的聲音。眾人尚未來得及悲傷，Ron的寵物鼠Scabbers突然躁動起來，咬了Ron壹口後跳出口袋，但馬上就被Crookshanks叼走。在眾人把註意力都集中在貓鼠那裏時，那只哈利看到的、曾與Crookshanks壹起散步的黑狗突然出現，並且把Ron叼進了Whomping Willow。哈利與Hermione戰勝守衛的大樹後，也跟著進入Shrieking Shack Path。
在迷宮的第二層，二人決定分開來尋找。如果選擇哈利的話，要用Diffindo切斷繩子來開啟機關；如果選擇Hermione的話，則需要先將下面的木桶擊破，使隱藏的機關顯現，然後將其中壹只木桶移動到上面開啟機關。二人會合後，繼續前進，下面的水流需要按動墻壁上的把手才能關閉。進入第二扇門後，首先在中間的通道內拾得Valve Handle，將其安在上面通道內空缺的水管上，就會有水流出來，再配合Glacius魔法就即可通過。第三扇門中是用冰作的小機關，也沒什麽新意，只要仔細觀察壹下落腳點就可以了。最後返回原處，使用Glacius魔法將噴泉凍住，輕松通過。
在樓頂終於找到了Ron和他的寵物鼠Scabbers，但卻得知這不過是壹個陷阱，剛才那只黑狗其實是天狼星Black變成的，他是壹名化獸師(Animagus)。Black這時出現，但他並非要殺掉哈利，而只是想告訴他事情的真相。Lupin教授此時也來到樓頂，並與Black合力向Scabbers施展魔法。令人驚訝的事情發生了，Scabbers竟然變成了壹個人！Black解釋說，其實Scabbers只是這名化獸師變成的而已，他的真名叫Peter Pettigrew，是Lord Voldemort的間諜，也就是他背叛了哈利的父母並嫁禍給Black。Lupin教授想殺掉Pettigrew，但被哈利所阻止，因為他不希望他父親的朋友成為殺人兇手，於是眾人決定將Pettigrew送進阿茲卡班監獄。
2人原路返回(為什麽Ron不跟著壹起走?太傷心了?)，擊敗擋路的森林食人妖後，離開了迷宮。在大樹外，眾人遇到了前來抓捕Black和Lupin的Snape，並且完全不理會哈利和Hermione的解釋。Black見說服不了他，索性壹棍將其擊昏。眾人正在行走間，Lupin突然因為看到滿月而狂性大發，並變身成壹只狼，Black見狀只好又變成黑狗與其抗衡。就在眾人把註意力集中在他們倆身上時，Pettigrew突然將看守他的Ron擊倒，並變成老鼠逃走了。哈利他們正要追趕Pettigrew，忽然從樹林裏冒出4個獄卒圍攻哈利，哈利按照Lupin曾教授的魔法進行防禦。這時又進入第四個小遊戲，不過即使壹分沒得，也照樣過關，令人不禁感覺這個小遊戲做得有些擺設了。
當哈利醒來時，發現Ron、Hermione和自己都躺在醫院裏，而Black正在等待獄卒的判決。在醫院裏，Dumbledore教授來訪，並且暗示允許他們使用時空轉換器(Time Turner)來拯救鷹馬Buckbeak和天狼星Black。Hermione於是啟動時空轉換器，二人回到了過去。沖破怪物的阻擋後，首先趁Hagrid不註意，將Buckbeak拐帶走(- -)，來到右下方的Lake，發現變成狼人的Lupin正要攻擊過去的自己，於是哈利他們與Lupin展開戰鬥，連鷹馬Buckbeak也加入戰場，可惜它是電腦自動控制的，不然可以看看它有什麽好技能……真不愧是黑魔法防禦術的教授，對魔法的抵禦力量就是強，最強魔法也只能傷他1點，沒辦法，只有用特技了。沒想到堂堂的魔法高手，在這種場合竟然還沒有鷹馬的物理攻擊傷害多，看來魔法也不是萬能的啊。好不容易擊敗了Lupin，這時獄卒也圍了上來，哈利見狀高喊“Expecto Patronum！”召喚壹只白鹿保護過去的自己。之後，哈利與Hermione約定二人分兩路向西方之塔進發拯救天狼星Black。這時進入第壹個小遊戲，遊戲結束後，二人來到屋頂(Rooftop)之上。剛走沒多遠，二人就因為地形的原因要分開行動。其中如果選擇Hermione的話，要使用Glacius魔法打開右面的冰門；而如果使用哈利的話，則要躲避噴射的火焰。這時獄卒們也開始行動了，必須搶先壹步找到Black！二人會合後正要趕往營救Black，卻遇到Malfoy的阻攔。這個壞家夥以前沒機會揍他，這次總算逮到了^^這家夥雖然魔法攻擊力十分強橫，但畢竟對於魔法沒有免疫力，輕松拿下。之後Black乘坐Buckbeak逃走了，哈利的冒險也就此告壹段落。