千星壹行人為了奪回被羊叔擄走的同伴踏上旅途。在這過程中面對羊叔壹個又壹個手下，並逐步揭露出這個事件背後不為人知的壹面。原來眾人所生活的這個世界已經被毀滅了494次，第495次文明也已迎來暮年。這壹次戰爭過後，究竟會是萬物的終焉，還是無盡的輪回？ 第壹期：千星VS大佐
冥空生病住院了，去探望冥空的千星和大佐在醫院門口巧遇。能乘機俘獲冥空芳心的只能有壹人，打算相同算盤的2人便為此大打出手。這漫長篇章的序幕，也由此拉開。
千星：納尼？壹會兒功夫場上就湊齊了三只「青眼白龍」？可以玩鬥地主了……
大佐：哼哼，現在可不是玩鬥地主的時候…青眼白龍，攻擊「黑魔導」！！
第二期：月餅VS221
冥空竟然被羊叔擄走了。千星和大佐為了救出冥空踏上旅途。在壹個好人的引薦下，他們決定去尋找壹個叫月餅Shrimp的少年入夥。不成想，此時的月餅卻在另壹處陷入了苦戰……
月餅：誒誒？「雷王」不是只能無效不入連鎖的特殊召喚麽？
221：是妳記錯了。大家說是不是？
圍觀群眾：是啊是啊
第三期：主角受難記
千星、大佐和月餅來到了綠壩城尋找最後壹名同伴。沒想到這裏的居民已經被洗腦電波控制，千星在幼時玩伴藤原音紅的幫助下得以脫險。而此時羊叔派來的手下也出現在了他們面前。他們三個居然是……
武藤遊戲：多虧了妳們的努力，召喚出我最強的仆人的條件……已經集齊了！！！來吧，將場上的「流星龍」和「元素英雄 神·新宇俠」作為祭品…………召喚我的王牌，「黑魔導」！
第四期：冰冰與奈奈
羊叔手下的刺客新月冰冰接到截殺千星的命令。而千星壹行人此時正在冰冰的故居：歌姬島上逗留。而此時，不屬於任何壹方的壹個陰影開始跟隨在千星身後，等待著鷸蚌相爭的時刻到來。
冰冰：Lv7冰結界的虎將 神兵、Lv1冰結界的輸送部隊加上Lv1深海歌後調星；同調召喚，第三只「冰結界之龍 三叉龍」！！
第五期：老板與回憶
羊叔派出復制了壹部分冥空能力的W11號人造人面檔老板來到歌姬島。面對與冥空相似的W11，千星和大佐開始回憶起幼時與冥空的交情。回憶總是甚美，但現在的冥空卻已經被洗腦成為了壹心要把千星抹殺的羊叔爪牙。
大佐：「偉大魔獸 聚變神」現在的攻擊力是……8000！去吧，偉大魔獸，直接攻擊！！
冥空：發動「破壞輪」！平局，耶！
第六期：越獄
千星壹行人被打敗並關進了小黑屋監獄。典獄長吉魯為了從囚犯當中獲取情報，安排自己的手下斯凱假裝成囚犯混入其中。另壹方面，W15號人造人朧零也正朝著監獄趕來。但她似乎懷著不為人知的目的。
斯凱：因此，「守護者·艾托斯」的攻擊力上升到…………52300！！
第七期：各自的試煉
4人被海嘯沖散，在不同的地方登陸上岸。這時候，那些對他們的冒險行為不無擔心的親人，站在對立面攔住了他們的前進。前進，還是回家？果然這個世界的壹切都要用決鬥來說話啊。
月餅：誒誒，明明「邪心英雄 惡刃魔王」只能通過「暗黑融合」來特殊召喚，是不能用「超融合」出場的啊！
超氪金月餅：妳錯了月餅，有沒有看過動畫，動畫裏的邪心英雄都是可以用超融合來特殊召喚的，這才是正規的規則
月餅：誒誒，是這樣麽……
圍觀群眾：是啊是啊
第八期：東北四天王
30年前，他們是結束了獨裁者的統治，改變世界秩序，成為了眾口皆碑的英雄的四人，他們名為“東北四天王”。30年後，他們來到了這壹代年輕人面前。考驗？試煉？也許吧。但是昔日的四天王，如今卻已“遍插茱萸少壹人”。
另外，阿爾卑斯上的星星在本期帶著新的廢品卡組再度登場。其面對的對手，竟然是千星的另壹個人格：秋天的楓葉。
星星：在妳的主要階段發動陷阱卡：「同調素材」。選擇被妳搶走的「星塵龍」，這回合可以作為我同調召喚的同調素材使用。
楓葉：現在是我的回合，妳無法進行同調召喚。而且妳場上根本沒有調整者！
星星：所以發動永續陷阱：………………
第九期：城堡戰爭
歷盡周折的千星壹行人終於來到了羊叔的城堡前。但此時的羊叔卻帶以冥空為首的護衛們離開了城堡。不知情的四人向城堡發起攻勢。在裏面等著他們的，自然不會是紅茶和三明治。
雜兵甲：解放「千眼邪教神」，上級召喚「獅子男巫」！
千星：臥槽竟然是獅子男巫大神！那可是比我的左手還要更高等級的存在啊！
大佐：對方召喚了王牌怪獸，M涼要挺住！
月餅：加油啊M涼，把我的專用BGM借妳！
第十期：配角們的戰鬥
千星壹行人踏上了駛向拔摩島的航線。在最後的戰役來臨前，配角們也積極的開始了輔助善後工作。與羊叔齊名，使用著「時械神」卡組的陶叔，也加入了這場戰爭。
曾哥：納尼，八嘎那！居然是五只攻擊力無窮大的怪獸？這……這就是……春哥真正的力量嗎……
春哥：全體總攻擊！曾哥，妳就永遠沈睡在這裏吧。純爺們只有壹個，那就是我！！！
第十壹期：天啟四騎士
四名護衛在拔摩島張開結界。在羊叔手下擁有最強實力的四人，被冠以“天啟四騎士”的名號。
除了使用「三幻魔」的冥空外，他們分別是：使用「於貝爾」的jiangbolin；使用「地縛神」的葉落秋霜；以及使用「三邪神」的謝爾。他們來自不同的地方，擁有各自的正義。即使身為死敵，人們也將為他們所堅持的信念落淚。歌頌著英雄的石碑背面，不會忘記刻下他們的名字，和這諸神的黃昏。
葉落秋霜：世上任何事物都可能有假，唯獨希望無假。只要妳相信希望，它就是真實的存在。
第十二期：命運輪回
終於只剩下羊叔1人。羊叔同時以壹敵二與千星和大佐展開最後的決鬥。這個故事的最終幕，隨著「奧西裏斯之天空龍」的降臨緩緩拉開。
千星：“這個世界如此美好，值得人們為之奮鬥。”我只同意這句話的後半句。
這個漫長的故事看起來結束了。實則比漫長更漫長。 第壹期：英雄隕落
四年後，月餅大學專業成了考古，音紅迷戀上WOW，空姐回歸了眾人，千星成為了第六印的持有者，隱居拔摩島。春哥在繼承華語歌壇的重任後隱退，召集四天王商議後和好友劉謙進入拔摩島，向第六印（sixth）/千星宣戰，同時，壹個不為人知的古老故事，壹個神秘莫測的僵屍娘，壹本未知語言寫成的書，緩緩地揭開了這個故事（大坑）的序幕。
春哥：妳是想當壹輩子懦夫，還是想當英雄。哪怕只有幾分鐘。
千星：春哥，我認可妳英雄的精神，而英雄，也有屬於英雄的死法，接下諸神的審判吧！！
奧西裏斯的天空龍，
太陽神的翼神龍，
奧貝裏斯克的巨神兵，
我把這三只怪獸解放！！特殊召喚——……
第二期：死神歸來
與千星分別，回到老家教書育人的大佐，突然接到了“成為族長”的邀請。與此同時，那個壹度死亡的前任族長，也稀裏糊塗地歸來了。然而，壹同出現的，還有仇恨，那源自於黑龍與白龍的爭鬥所留下的強烈仇恨...
本期更換了新op，請仔細品嘗。
涅墨西斯：妳了解自己的想法嗎？真的是為了守護而不得不殺了我嗎？
大佐：我...
涅墨西斯：與其掩飾，還不如承認自己的仇恨來得輕松！
第三期：天啟四騎士II
成為羊盟的領袖後，千星也召集了新的天（dou）啟（bi）四騎士，分別是話癆屬性，使用「寶玉獸」的浮雲；雙面間諜，使用「科技屬」的大白；第三屆公平公正杯冠軍，「龍抽艾克佐迪亞」的Deilf；以及唯壹會使用命運力·黑幕之力，使用「變形鬥士」的黑幕壹號。他們即將與第二季新的主角們進行壹番生死角逐。此外，第二季支線任務七大罪，也首次出現。
Deilf：3張超再生能力抽21張卡，那麽我的卡組剩余40-16-4-21=......-1！囊大托！
浮雲：作為壹個和寶玉獸有羈絆之魂的決鬥者，虹龍就是我的壹切，是唯壹值得信賴的上級怪獸。其他向都是不可取的邪道。真的決鬥者，就應該和約翰壹樣，卡組怪獸只有寶玉獸和寶玉神，並且每樣只放壹張。在和怪獸的羈絆下永遠不會斷怪......
煉金：啊哈哈哈愛與正義...餵，妳是怎麽做到面不改色說出這麽寒的臺詞的？佩服啊。
黑幕壹號：好，好像是有點...
第四期：破碎的鏡子
為了各自的復仇，煉金、五月、影歌結伴而行。最先接近目標的是要為hank報仇的霍華德·影歌。實際上，他的仇人早已不在這個世界上，然而仇還是要報的。歌姬島某位少女最終香消玉殞，本作也開始朝致郁的大道上壹去不復返...
奈奈：但現在不是！海戰即將以搬運⑨課的戰敗告終，但若妳拿著鏡子請求海盜的幫助，戰爭還將持續下去！...人民需要的不是帶來勝利的王，而是帶來和平的王！
奈奈：吶，影歌，我問妳。妳已經，不再恨著任何人了吧？
第五期：上古神教
本作的世界觀下，有三大宗教。分別是與傳統宗教最為接近的二刻教，崇尚復仇的A.F.教，以及，為妳打開新世界♂大門的新日暮裏教。月餅受人之托，與綠壩娘壹同來到三教並存的葉露莎城。在命運的安排下，他們即將體驗壹番哲♂學的洗禮。而傳說中的第二體千星之心，也逐漸浮出水面。
綠壩娘：竟然是斷肛劍王♂！
曹爺爺：是斷肛劍王♂！
金閣&銀閣&VAN：斷肛劍王♂！
煉金：妳居然是A.F.教的...那妳為什麽沒有兜帽？！
第六期：魔術泡影
短暫的歡笑時光過去後，迎接月餅的是痛苦的現實。想要給老師221復仇的五月與月餅在巴別塔內對決。然而無論勝敗，綠壩娘的結局已無法更改。這是壹場，“悲傷的決鬥”。最終，中毒已深的月餅到了窮途末路...
五月：要決鬥麽。在巴別塔進行的決鬥，敗者可是會遭到天雷所降的，名副其實的死亡決鬥。
月餅：沒錯。不是死亡決鬥，怎麽能平息我對妳的憤怒。妳殺了小綠，我要讓妳血債血償！！！
第七期：夢魘
視線來到千星這邊。在尋找能將第六印移封的第二體千星之心的旅途中，千星與大佐不期而遇。違反混沌帝龍契約的的代價，於此刻變成現實。黑龍族與白龍族，也是殊途同歸。白與黑，光與暗，龍與魔法師，開辟與終焉，守護與殺戮...曾經的戰友終究到了生死對決的時候。
千星：大佐，上次見面還是4年以前。記得那時候，妳對我說過什麽話嗎？
大佐：不要再說了...不要讓我再想到從前...
千星：妳對我說，為了守護這妳所深愛的世界，妳願意付出壹切代價。我相信，那時候的妳，才是真實的妳。
千星：為了守護那個曾經的妳的夢想，我不惜壹切代價——即使是要讓現在的妳葬身於此。
第八期：問鼎（本期分上、下兩部分）
胸懷壹城冤魂以及兄長仇恨的煉金，他的復仇目標正是千星。為了確保殺死千星，葉露莎城陷入了多方陰謀匯聚的漩渦之中。復仇的齒輪壹旦轉動，就不會輕易停下。在暗之支配者的力量面前，五月的生命也油盡燈枯。她掙紮著來到煉金的面前...
煉金：（吻）
五月：...煉...我還有好多好多話想對妳說...
煉金：五月，原諒我。
第九期：無限地獄
師父，女友，兄弟...親手完成這些人的死亡後，煉金與中了劇毒的千星直接對決。大西洋的幻之金屬開啟黑暗決鬥，這場決鬥的雙方既十分相似，也有著決定性的不同。至此，第二季新的主角們，統統踏上了往生。
煉金：壹棵樹，只有壹側能沐浴陽光，總要有壹側活在黑暗裏。
煉金：千星，妳讓我相信，這世界的另壹半，只要有妳撐起，就不會枯萎。
千星：上帝是公平的，它讓人們降生在這痛苦的世界，但同時也賦予了人們“愛”的能力。
第十期：五維視界
千星boss rush模式的下壹個對手，就是第二體千星之心，“全知”的阿克夏。在這位知曉壹切、引導壹切的“神”面前，似乎整個宇宙都沒有人可稱其敵手，即便是毀滅世界無數次的sixth。在這壓倒性的絕望中，千星與sixth聯手，使勁渾身解數，尋找著那逆轉的可能性...
阿克夏：通過將儀式·融合·同調·XYZ怪獸各壹只從場上除外，讓創星神 索菲婭降臨！！
阿克夏：千星，這就是宇宙最根基的因果律...命運絕對，不容逆改！壹切終將進入相同的歸途！
千星：在我們的可能性面前沒有什麽是絕對的！...阿克夏，這就是我對這世界的回應。我的回合，抽卡！！
第十壹期：通往境界的電車
打倒無敵的阿克夏後，千星終於與sixth對決。在神之不死鳥的光輝中，sixth向千星訴說著自己的真實。其余的封印被sixth喚醒，第壹印，“創世之書”找上了M涼。而另壹個被仇恨纏身的靈魂，則執意與音紅決鬥。通往精靈界的列車，能否順利駛向大佐的身邊？
千星：...兩個太陽！
M涼：我TM是來幹掉妳的！
音紅：愛是壹樣沈重的東西，神讓人們天生擁有它，但承受愛的力量卻需要他們自己去努力獲得。這究竟是件好事，還是壞事呢。
妹紅：是壹件好事。因為盡了努力去獲得，人們才會珍惜。