1、按變身類型可分為：“變身系魔法少女”和“非變身系魔法少女”。
變身系如：《美少女戰士》中月野兔、《歡歡仙子》中歡歡等。
非變身系如：《魔卡少女櫻》中木之本櫻、《七色星露》中結城諾奈等。
2、按照具有神權作用的不同，可分為“神權型魔法少女”和“非神權型魔法少女”。
神權型如：《魔法少女小圓》中的鹿目圓。
非神權型含義較為廣義，例子比較多，不需要過多舉例。
3、按戰鬥類型可分為：“戰鬥型魔法少女”和“非戰鬥型魔法少女”。
戰鬥型如：《小女神花鈴》中花園花鈴、《魔法少女奈葉》中高町奈葉等。
非戰鬥型如：《雙子星公主》中法音、蓮音等。
此外，戰鬥型魔法少女按照地形戰鬥優勢可分為“空戰類魔法少女”、“陸戰類魔法少女”、“海戰類魔法少女”，也就是軍事上的陸海空。
空戰類魔法少女如：《魔法少女奈葉》中高町奈葉、菲特·泰斯特羅莎·哈拉溫等。
陸戰類魔法少女如：《魔法少女奈葉StrikerS》中昴·中島、蒂安娜·蘭斯特等（其中昴·中島戰鬥時，可以掩護同伴對空進行戰鬥，也參與過海上救援任務，是陸海空戰鬥力綜合化較高的魔法少女）。
海戰類魔法少女如：《哆啦A夢》的2010年的劇場版《人魚大戰》中的蘇菲婭。
還有壹種類似戰鬥型魔法少女的類型，可分為“封印型魔法少女”和“非封印型魔法少女”，並衍生出壹種“校園類魔法少女”和“非校園類魔法少女”的分類。
比如封印型校園類的魔法少女作品《小紅帽恰恰》。
4、按照人類誕生誕生的不同，可分為“人類型魔法少女”和“人造魔法素材類型魔法少女”。
人類型含義較為廣義，例子比較多，不需要過多舉例。
人造魔法素材類型如：《魔法少女奈葉StrikerS》中昴·中島、薇薇歐等。
分類差異
通常認為魔法少女是日文中的“女巫”壹詞演變而來的，像宮崎駿的大作《魔女宅急便》，也可以譯為“女巫快遞”。
會變身的魔法少女的始祖是1973年鐵甲萬能俠之父——永井豪的《甜心戰士》，開創了魔法少女變身系的第壹人。
經過十多年的不斷發展，魔法少女已經成為日本動漫中的著名系列之壹。
美日動漫中，會變身的魔法少女代表作品有很多，比較知名的有1979年的《花仙子》、1983年的《我是小甜甜》、1985年的美國動畫片《非凡的公主希瑞》、1990年的《歡歡仙子》、1992年的《美少女戰士》、2004年的《光之美少女》和同年10月的《魔法少女奈葉》等等。
而《百變小櫻》的類型歸類比較困難，雖然木之本櫻是屬於非變身系的魔法少女，但是CLAMP巧妙利用知世這個另類的“變身器”，讓小櫻達到近似於變身系魔法少女的效果。
不過客觀的說，《百變小櫻》還是屬於非變身系魔法少女。
其實《哈利·波特》系列中的赫敏也可以這樣歸類。
非戰鬥型的魔法少女有兩種：
壹種是主角突然得到魔法力量，或主角由異世界來到人間界見習，故事是以圍繞日常生活為主，並使用魔法力量去幫助別人。
故事通常會有以下規範：
1、除了主角之外，其他人都不知道她們是魔女；
2、魔法需要修行，甚至要進行考核才能得到某壹種能力；
3、會有限定數量的道具才可以使用魔法；
4、不能利用魔法控制別人的思想；
5、使用禁斷魔法會得到相對的報應。
著名的動畫例子包括：
歡歡仙子（魔法のエンジェルスイートミント）：Mint
甜甜仙子（魔法のプリンセスミンキーモモ）：桃子
魔女莎莉（魔法使いサリー）：夢野莎莉
小魔女Doremi（おジャ魔女どれみ）系列：春風Doremi、及其他五位朋友
音樂小彗星（Co *** ic Baton Girl コメットさん）：彗星公主
俏皮小花仙（花の魔法使いマリーベル）：瑪麗 貝爾
也有壹些是以異世界為舞臺的動畫，如
魔女宅急便（魔女の宅急便）：琪琪
魔法少女隊（魔法少女隊アルス）：愛麗斯、及其他兩位魔女界朋友
另壹種是主角得到壹種獨特的變身力量，令主角可以利用道具，並面對鏡子而變身成心中想變成的人，有些動畫更會變身成偶像歌手。
但通常唯壹規範是變身時間是有時間限制，過了時間就可能永遠不能變回自己。
著名的動畫例子包括：
黑暗治愈系
魔法少女小圓：鹿目圓
壹般變身系
緞帶魔法姬（姫ちゃんのリボン）：野野原姬子
花仙子（花の子ルンルン）：露露·芙勞爾（小蓓）
偶像系
我是小甜甜（魔法の天使クリィミーマミ ）：森澤優（小桃/小忌廉）
星河滿月（満月をさがして）：神山滿月
夢幻拉拉（魔法のステージファンシーララ）：筱原美穗
變身！偶像公主：雪森蘋果、高城蕾拉、笹原名月
小俏妞（アイドル天使ようこそようこ）：偶像天使陽子
#雖然《人魚的旋律》不屬於偶像系魔法少女，不過也是成功繼承了上述作品的特點。
另類系
守護甜心 變身系+戰鬥型的魔法少女是90年代開始，直至今日仍然使用最多的主題。
即主角或她的朋友(戰隊通常會有兩人或以上)突然得到變身力量，並利用變身後的力量被逼或半被逼與惡勢力對戰以保護地球(或者主角居住的地方或星球)的故事。
雖然相比起前面壹種類型來說，這種的歷史最短，但亦是最廣為人知的類型，甚至已經成為了魔法少女的實際定義。
在戰鬥型的魔法少女中，最具代表性的作品當屬武內直子的《美少女戰士》了。
該作品除開創了戰隊系魔法少女外，還包涵了那個時代最華麗的變身和最華麗的招式。
不過，通常認為美戰的賣點並不在於戰鬥， *** +高跟鞋/靴+超短裙，完全滿足了腿控的需要。
其後的《愛天使傳說》（婚紗小天使）也是借鑒了這點。
不過用眼光去看，那個時代的戰鬥型魔法少女大部分過於依賴道具或自身擁有的必殺技戰鬥，並不著重動作戰鬥場面。
隨著時代的變遷，上世紀的魔法少女元素已經不能滿足新壹代觀眾的需求。
在觀眾挑剔的眼光之下，新壹代的戰鬥型魔法少女不得不加入新元素去維持吸引力。
從2004年開始，戰鬥型魔法少女動漫開始進行改革，新壹代的戰鬥型魔法少女作品也陸續誕生，第壹批結合多元素的戰鬥型魔法少女動漫是2004年2月份推出的《光之美少女》系列。
由執導《龍珠》動畫系列的西尾大介擔任監督，西尾大介在劇中大量運用格鬥技的戰鬥描寫，戰鬥方式不同於以往魔法少女「施放魔法」的柔性戰法，而是與敵人硬碰硬，展開拳 *** 加的格鬥戰！《光之美少女》的另壹個特點是拋棄了傳統魔法少女動漫中常見的“廢柴假面”（廢柴男）的角色。
「王子」型的男性將不復存在！女主角們不再需要「等待男性救助」這種的陳腐傳統。
而戀愛部分的情節也只出現在日常生活的描寫中，成為了日常的壹部分。
大量使用當時女子中學生的流行詞語似乎也是在同類型動畫裏少見的。
該作品開創了以前所欠缺的新類型戰鬥型魔法少女，為今後新類型魔法少女作品打響了首炮。
首批改革的戰鬥型魔法少女除了《光之美少女》以外，還有同年10月推出的《魔法少女奈葉》。
如果說《光之美少女》系列是繼承了《龍珠》和《美戰》系的戰鬥風格，《魔法少女奈葉》就是繼承了《機戰》系的戰鬥風格了。
奈葉在戰鬥場面上不再以必殺技為尊，而是把魔法少女和機戰式戰鬥風格結合起來，大量使用魔力炮及格鬥武器，以炮擊戰和連射牽制等作為攻擊手段，以及空中高速規避運動，所以被很多觀眾戲稱為MS少女。
除了魔炮轟擊和白刃戰的戰鬥方式外，奈葉還加入封印系的元素，這種脫離普通魔法少女戰鬥表現手法的領域，多元素結合的新形式令觀眾耳目壹新。
“神權型魔法少女”：“神權”按定義上來講指的是宗教迷信認為鬼神是宇宙的主宰，掌握著人間命運，神權即是所謂鬼神的權力。
僧侶往往自稱能通神明，具有神所賦予的舉行祭祀，超度亡靈，為人贖罪等宗教上的權力，這種權力也叫神權。
所以《魔法少女小圓》中的鹿目圓就是“神權型魔法少女”的代表。
而反義的“非神權型魔法少女”指的是沒有神權的魔法少女，也就是反復穿越時空的曉美焰她不具有神權能力，也逃避不了命運，所以就被稱為“非神權型魔法少女”。
（在劇場版《叛逆的物語》中，曉美焰因為吞噬了壹部分圓環之理成為惡魔形態，因此也可算作“神權型魔法少女”） 原屬於封印系動畫的《小紅帽恰恰》在1994年成為壹部著名的作品，當年制作公司因此決定由原本制作壹年增加半年，也就是1995年上半年，而在這半年內就改以環繞Cha Cha就讀的魔法學園--毛拉拉學園所發生的日常生活的故事，從此就開始確定魔法校園類動畫。
也有壹些例子是壹間普通的學校組織了壹個魔法學會，並在會內研究魔法。
其它著名的動畫例子包括：
小紅帽恰恰毛拉拉學園篇
魔法使Tai!
魔法老師
零之使魔 這個新分類是來自於《魔法少女奈葉StrikerS》中的迪艾琦對高町奈葉的評價說“這家夥真的是人類嗎？”，迪艾琦的這個誇張性的評價超出了任何人的想象，因此就確立了這個新概念。
“人類魔法少女”指的是身世是由人類誕生的魔法少女，被稱為“人類型魔法少女”。
而身世不是由人類誕生的魔法少女，被稱為“非人類型魔法少女”。
“非人類型魔法少女”在《魔法少女奈葉》系列出現的最多，比如菲特·泰斯特羅沙（第壹例F計劃克隆人）、艾爾芙（使魔）、維塔（守護騎士虛擬人格）、琳芙斯和琳芙斯II（虛擬人格）、昴·中島和銀河·中島（戰鬥機人方式誕生）、薇薇歐（人造魔導師方式誕生），還有《魔法戰記奈葉Force》中的莉莉·修特羅傑克。
（人形插件）《薔薇少女》（人偶）等全部都是“非人類型魔法少女”。
其它動漫作品中的“非人類型魔法少女”還包括《數碼寶貝》中的花仙獸、天女獸、《數碼獸拯救者》中的丁香獸等都因為有變身情節和戰鬥能力的關系，所以也被歸類為非人類型魔法少女。
危險能力系和非危險能力系
壹般魔法少女都是不用冒生命危險戰鬥的，例如“守護甜心”，“光之美少女”等（至今沒見到壹個人死）歸為非危險能力系，而有些魔法少女則是冒著生命危險戰鬥，壹般來說，代表性的有“薔薇少女”“魔法少女小圓”等。