壹、性質不同
1、數字證書：是指CA機構發行的壹種電子文檔，是壹串能夠表明網絡用戶身份信息的數字，提供了壹種在計算機網絡上驗證網絡用戶身份的方式，因此數字證書又稱為數字標識。
2、電子印章：是電子形式的數據，是與數據電文（電子文件、電子信息）相聯系的用於識別簽名人的身份和表明簽名人認可該數據電文內容的數據。
二、使用特點不同
1、數字證書：用戶申請證書時會有兩份不同證書，分別用於工作電腦以及用於驗證用戶的信息交互，若所使用電腦不同，用戶就需重新獲取用於驗證用戶所使用電腦的證書，而無法進行備份，這樣即使他人竊取了證書，也無法獲取用戶的賬戶信息，保障了賬戶信息。
2、電子印章：電子印章克服了傳統印章的許多缺陷，安全性有了更好的保障。電子印章符合傳統習慣，在傳統辦公行文模式向信息化辦公行文模式過渡階段，使得電子簽名可視化，對電子簽名的推廣應用起到了促進作用。
擴展資料：
電子印章的具體做法：
將電子文書內容的數字簽名通過數字水印、加密等技術，使其和電子印章圖像進行有效的綁定（如利用隱藏技術將數據隱藏在電子印章的圖像中等）。
驗證電子印章真偽的過程其實就是驗證數字簽名的過程。只有通過電子簽名/驗證技術證明與電子印章相關聯的電子文書是真實的，電子印章圖像才被承認是有效的，否則電子印章不可顯示或只能是壹個沒有法律效力的圖片而已。
百度百科-電子印章
百度百科-數字證書