該片根據漫威漫畫改編,講述了美國政要遭到無名變種人的刺殺,隨著變種人與人類的矛盾越來越大,壹對老冤家不得不聯起手來對抗以國防部部長史崔克為首的人類軍隊的故事。故事中羅根為了找回自己過去的記憶離開了X教授的學校,隱姓埋名前往艾卡裏湖工業中心,另壹邊,人類議會正忙於重建在變種人大戰中受到重創的自由女神像,萬磁王則繼續在X教授精心打造的塑料監獄中服刑。
在壹次政治要人遭到暗殺後,所有的矛頭又壹次指向變異人,這壹次,X教授也感到壓力大增,以致於跟美國總統都要就此事進行磋商,壹個擁有很高聲譽的前將軍率領著反對變異人的壹聯盟連續對x教授施壓,萬磁王在這種情況下,不得不尋找與X教授聯手抵抗前將軍的方式,金剛狼的身世也將在本集中進壹步揭開。
《X戰警2》在金剛狼尋根這個情節上多轉了些磨磨,加上琴格蕾自我蛻變及最後自我犧牲這些人性化悲劇化的情節,使第二部比起第壹部多了些史詩感。