經過氣象業務技術體制改革後機構進行調整重組。自治區氣象局內設機構——將原掛靠在自治區氣象局機關的內蒙古
氣象學會調整掛靠在內蒙古自治區氣象科學研究所。辦公室、監測網絡處、科技減災處（內蒙古自治區人工影響天氣指揮部辦公室）、計劃財務處、人事教育處、政策法規處、監察審計處（與黨組紀檢組合署辦公）、機關黨委辦公室（精神文明建設辦公室）、離退休幹部辦公室。
直屬事業單位——內蒙古自治區氣象臺（內蒙古自治區氣象環境影響評價中心）、內蒙古自治區氣候中心（內蒙古自治區生態與農業氣象中心、內蒙古自治區氣象衛星遙感中心）、內蒙古自治區氣象科技服務中心（內蒙古自治區專業氣象臺、內蒙古自治區氣象影視中心）、內蒙古自治區大氣探測技術保障中心（內蒙古自治區雷電預警防護中心）、內蒙古自治區氣象培訓中心、內蒙古自治區氣象科學研究所（內蒙古自治區人工影響天氣中心）、內蒙古自治區氣象信息中心（內蒙古自治區氣象檔案館、內蒙古農牧業經濟信息中心）、內蒙古自治區氣象局機關服務中心（內蒙古自治區氣象局國有資產管理中心、內蒙古自治區氣象局財務結算中心）。
盟（市）氣象局——呼和浩特市氣象局、包頭市氣象局、呼倫貝爾市氣象局、興安盟氣象局、通遼市氣象局、赤峰市氣象局、錫林郭勒盟氣象局、烏蘭察布市氣象局、鄂爾多斯市氣象局、巴彥淖爾市氣象局、烏海市氣象局、阿拉善盟氣象局、滿洲裏市氣象局、二連浩特市氣象局。在通遼、巴彥淖爾市氣象局設自治區級大氣探測技術保障分中心，實行市氣象局與自治區大氣探測技術保障中心雙重領導，以市氣象局為主的管理體制。
旗（縣、市）氣象局（臺、站）——在圖裏和、滿洲裏、博克圖、索倫、東烏珠穆沁旗、霍林郭勒市、巴彥諾爾公、額濟納旗、阿拉善右旗、朱日和、二連浩特市、海拉爾、滿都拉、烏拉特中旗、呼和浩特、東勝、臨河、鄂托克旗、通遼、紮魯特旗、巴林左旗、錫林浩特、多倫縣、赤峰等24個氣象局（站）的基礎上，組建國家氣候觀象臺。國家氣候觀象臺臺長享受副處級幹部待遇，其余機構不變。