《東京暗鴉》大戰末期，處於敗勢的帝國陸軍要求夜光實行大規模咒術儀式以挽回局勢，但結果儀式失敗，不僅做為執行者的夜光身亡，還強烈地擾亂首都東京的靈氣，使東京百鬼夜行、妖魅縱橫。直到了戰後陰陽寮改名陰陽廳，負責處理日本各地－主要是東京－發生的靈力災害，而陰陽師也因而活躍在現代的舞臺之上。
土禦門春虎是個出生土禦門家的少年，雖身為陰陽師名門後代，卻毫無陰陽師才能，過著壹般人的生活。某年夏天，春虎遇見了他的童年玩伴，也是土禦門家的下任當家的少女夏目。過去曾允下承諾如今卻分道而行的兩人，在此刻相見之後，土禦門的歷史開始轉動了起來。
電視動畫《東京暗鴉》改編自日本輕小說家字野耕平原作的同名輕小說。2012年10月19日，在富士見書房首頁上公開了《東京暗鴉》動畫化企劃進行中的消息。電視動畫於2013年10月8日首播，全24集。