足球小將初中篇完了後，是全日本少年隊參加去歐洲遠征,期間遇到岬，收了若林，到最後參加由法國舉辦的國際少年足球大賽的故事，故事最終以日本隊擊敗西德隊奪取冠軍而結束。
下邊是所有劇情流程
キャプテン翼
作品總***分為3個部分：南葛SC編，南葛中學編，全日本Jr.ユ-ス編
第壹部分講述翼搬到南葛市後和若林的對決開始壹直到奪取全國少年足球大賽冠軍為止。
第二部分講述翼就讀南葛中學後與日向爭奪全國初中足球大賽冠軍的故事,最後翼成功取得三連霸，東邦學院也首次獲得冠軍。
第三部分講述的是全日本少年隊參加去歐洲遠征,期間遇到岬，收了若林，到最後參加由法國舉辦的國際少年足球大賽的故事，故事最終以日本隊擊敗西德隊奪取冠軍而結束。
キャプテン翼 世青篇
先是講述葵新伍在意大利學藝的故事，然後講述翼率聖保羅FC取得巴西聯賽冠軍，緊接著是第壹次集訓和RJ7會戰，隨後翼回國後帶領缺兵少將的日本打世青杯外圍賽第壹輪，最後在雙手受傷的源三和回國的新伍的幫助下艱難的打敗泰國後闖入第二輪的比賽。
接著第二次RJ7會戰被除隊的幾人練成功夫回來最終日本隊以最佳陣容迎戰第二輪，獲得亞洲的冠軍後順利進入世青杯的決賽周，決賽周壹路過關斬將最後翼率全日本迎戰恩師羅伯特率的巴西青年軍，在加時賽擊敗巴西球王拿度尼，超越恩師最終獲得世青杯冠軍。
最後的勝利感言向世界呼籲，和平第壹，遠離戰爭。
キャプテン翼 ROAD TO 2002
黃金時代的戰士門加入現實中的足球界展開全新挑戰的故事，其中故事主要以翼為中心展開，其他黃金時代的球員也有上佳表現。
世青杯後翼加入西甲豪門巴塞羅那，在巴塞羅那遇上利華爾，隨後因各種原因被降落乙組，在奇跡般的完成3場比賽進12球，11次助攻後，在聯賽第五戰對皇家馬德裏比賽前升上甲組，代替受傷的利華爾成為進攻中場。
在對皇馬的比賽中個人進3球，助攻3次再次創造奇跡以6比5擊敗拿度尼所在的皇馬，個人在巴賽羅拿確立了自己進攻中場的地位，也創造了2個奇跡。
キャプテン翼GOLDEN-23
序章是翼，岬，日向,若林和國家隊參加隊德國隊的熱身賽，最後2:2平手。
第壹本幾個亮點，翼帶領巴塞羅那在聯賽第六戰客場對戰華拉度列的比賽中，翼從後場禁區帶球扭過對方所有11名球員射球入網，創造他在巴塞羅那的第3個奇跡。
日本方面各個黃金時代的求員以及原RJ7的球員，加上新人(日本足球的5人代表風見信之介和古川洸太郎、全能天才井川嶽人)展開了日本23人陣選席位的爭奪大戰···
在亞洲區預選賽中沒有海外組加盟的日本隊在種種不利的情況下最終以微弱的優勢淘汰了澳大利亞隊，順利進入馬德裏奧運會。
キャプテン翼 海外激鬥篇