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特別劇場版大概是把漫畫裏幾個經典案件整合起來。開始是Q到團偵探學園（和漫畫不同，是座典型的日本建築物）考試，在開始的時候遇到三郎丸豐、美南惠和天草流。考試內容和動畫漫畫壹樣，根據兩幅圖判斷兇手。Q根據第二副圖裏消失的鞋子判斷出犯人是腿受傷的男人。（那男人用溜冰鞋到現場，又因為和被害者扭打傷了腳，無法穿冰鞋回去，所以才穿走了被害者的鞋。）
他們跟蹤瘸腿男人到了車站，遇到了數碼和金太。金太用4.0的視力看到了瘸腿人買的是到終點站的票，Q因此推斷男人並不是要坐剛到的那輛列車。金太和惠以為錯過了機會，但又發現男人如Q的判斷沒有坐剛才的列車。
幾人跟男人來到商場。男人上樓後突然消失。美南惠突然記起上樓梯時跟他們擦肩的男人的手表和瘸腿男人壹樣。幾人向樓下看發現那人只是把西裝反著穿了。從第壹場消失的天草比他們更早發現事實。
跟男人到考場的路上遇到了壹個躺在地上的老人（團老師的考驗），老人向壹行人求救，三郎丸不理睬的走開，金太剛想去救人就被Q攔住了。金太不解，Q和流同時說“他的鞋底太幹凈了”（這個原來是霧呋島的劇情。）。快到考場的時候Q聽到水壩報警又折回去。結果發現團已經被片桐老師救起來了，團鼓勵Q回去考試。
船上的筆試只有Q、金太、流、惠、數碼、三郎丸（靠天花板反光抄流的答案，被數碼發現了）通過了考試。幾人來到霧呋島進行最後的測試。
考試第壹天每人得到壹個探險物品，6張寫著人名的卡，要選出2個托後退的人的名字。當晚吃飯時數碼不滿三郎丸囂張的態度，揭穿了他作弊的事情。第二天學園旁的小屋著火了，三郎丸被‘燒死’在裏面，門口堆著壹個大水泥塊。團老師肯定的說這是自殺，並且要求所有人不能再調查。
Q和惠首先違反了規定去調查，在壹個倉庫裏發現畫著龍的門（漫畫裏九頭龍匠的機關），結果兩人被鎖在裏面。流、金太、數碼也去調查，洗臉的時候流發現水在發光，因此找到了Q（漫畫裏惠被蛇咬傷的劇情這裏是不小心被釘子刮到，害大家虛驚壹場）。
幾人到現場去，金太搬起水泥塊，Q發現了底下的塑料膜，揭開了密室之謎（就是往鋪了塑料膜的紙箱灌水泥，水泥幹了就堵住了門形成密室，模子又被大火燒了）。Q難過的說再也見不到三郎丸了，大家都開始難過，結果三郎丸突然出來了！把幾人嚇了壹大跳。聽了三郎丸的解釋大家才知道這是團對他們最後的考試。幾人出門發現片桐等在門口叫他們去見團。團說他們通過了，只剩交出認為托後退的人名字的卡片，Q說沒有人托後腿，這件事是大家合作才解開的，然後不顧團就和幾個朋友走了。團卻很欣慰的說找到繼承人了。
結局五人得到了DDS手冊，三郎丸也成了見習學員。
故事簡介：
街道上傳送著無數的都市傳說。這些傳說引發了各種奇妙的事件，把人們引誘進深深的迷宮之中。五個年輕的偵探界未來之星，壹起挑戰這些事件。他們具有強烈的好奇心，把自己的潛能發揮到極限，撥開重重迷霧逐漸接近謎團的中心。
然後這些事件的背後原來都隱藏著犯罪計劃，在與敵人的激烈戰鬥中，少年們遇到了各種各樣的人，並在受到傷害之後越來越成熟、堅強。
本劇講述的就是壹群擁有優秀才能的少年偵探，他們之間的友情和冒險。
第壹集
團偵探學院Q班的學生們第壹次接到了實戰的命令。所謂Q班，就是集結了壹群有資格成為團守彥繼承人的少年所在的“Qualified class”的簡稱。其中Q擁有敏銳的觀察力和犀利的洞察力以及非凡的第六感，不僅總能輕易發現理論和證據，還能幹知道他人的感情和心情。Q班唯壹的女生小惠則是個擁有驚人過目不忘瞬間記憶力的人。
班上神秘的少年流擁有天才的頭腦而且運動萬能，但卻壹直表現得難以接近。電腦天才同時也是大財團繼承人的數馬，還有武道達到10段運動超強班上最年長的金太。這五個人就組成了所謂的Q班。
偵探學院的講師七海光太郎也是團的左右手，這天他在秋葉原的漫畫茶餐廳給五人下達指示。
在餐廳的深處有壹間隱蔽的小屋，這裏放置了電腦、大型器械等許多東西，這裏就是設備完善的團偵探事務所的基地了。
當五個少年少女回到這裏之後，數碼打開了桌上的電腦顯示，團守彥的影像出現在了大屏幕上，這是他向這群加入學園的少年發出的第壹道指令。
壹個星期前就讀高中三年級的女生岡田律子，在密室中被殺害了。
束手無策的警方於是尋求團的幫助，希望他們事務所能幫忙進行偵破此案，於是團把任務下放給了Q班的學生。
第壹次接到的實戰指令，竟然就是要破解以校園為舞臺的連續殺人案。
犯人居然還是根據壹本“詛咒的筆記本”行事，這是完完全全表面上沒有壹絲破綻的密室殺人案，案件的背後更有藏在暗處的犯罪組織冥王星的操縱。
第二集
上次的案件最終犯人居然在自己眼前自殺，這給五個少年人造成了很大的沖擊，他們還沒有平復情緒，但新的任務已經下達。
此次的案件是中學生失蹤迷案，最開始有兩個補習班的學生失蹤，幾天後被找到卻已喪失了所有記憶。
為了追查此事，Q班五個成員再次分開調查，Q跟著小惠來到失蹤學生就讀的補習班，在這裏找到了和兩名失蹤者同班的學生，更希望從其中壹個叫做牧野大介的男孩口中套到些情報，可惜他們卻不得不徒勞而返，因為只註重學生成績絲毫不關心其他的校長的催促，打斷了Q和小惠的問詢。
小惠和Q無可奈何地走後，大介不得不面對校長的殷切期望甚至莫大的學習壓力，然而盡管如此，實際上他並不像表面上那樣熱衷於學習。
與此同時，和小惠以及Q展開不同行動的其他三人也在進行各自的調查，金太找到了喪失記憶的女孩，發現她正無憂無慮地和朋友壹起在街邊跳舞，金太想要詢問事發經過卻遭到了其朋友的阻止，之後離開見到Q和小惠，更受到兩個男孩阻擊，擁有武道上段能力的金太當然輕松制服了他們，並從其口中得知原來壹切的幕後黑手是壹個叫做“神”的家夥，通過手機短信在操縱。
不久連大介也遭到了毒手喪失壹切記憶，Q班的學生又壹次行動起來。
金太去找喪失記憶的女孩，流跑去找喪失記憶的男孩，他們不約而同地向對方攤牌，卻原來都是假裝失憶，目的是為了躲避家人和補習班施加的沈重的學習壓力。
案子依然壹籌莫展，校長卻已在自己的辦公室被人殺了，警方通過監視器認定兇手是某個跟校長不和的老師，但Q班的學生卻發現了諸多疑點，更抽絲剝繭找到了幕後黑手。
第三集
團校長對Q班的五個學生下達了新的指令，此次的案件定名為“垃圾馬達連續殺人案”。
垃圾馬達是壹個年輕人，專門襲擊壹些沒有抵抗能力的流浪漢，且總是喜歡用強迫的手法，自認為是社會清道夫。殘殺的對象全部都是其擅自認定的社會垃圾，還會把死者屍體丟到垃圾站。
此次的指令相當危險，大家都顯得有些緊張，隨後壹如既往地展開了各自的調查。
但數馬這次卻壹直無法集中精神去處理案件。
不僅接手的新遊戲制作計劃毫無進展，而且也跟其他四個人壹樣，對這次的指令壹籌莫展。
但其實數馬壹直很羨慕Q，因為他和自己不同，很單純很直率，遇到案件總是能壹門心思地投入。
實際上讓數馬心神不屬的，是壹個叫做瑤子的女孩。
在Q班的基地附近有壹家花店，瑤子就是那裏的打工小妹，數馬已經逐漸喜歡上了她。
另壹方面，案件依然沒什麽進展，但Q班的人慢慢開始發現壹些跟案件有關聯的線索了。
然而正當他們開心不已的時候，新的死者卻出現了。
來到兇案現場，Q等人發現死者死前巧妙地利用手機留下了犯人的線索。
死者遇襲前都在和人通電話，並從中獲知垃圾馬達的壹部分罪行。
同時，Q等人得知了壹些犯人的情報，並轉告給了數馬。數馬於是下定決心為了拯救自己最重要的人，即使是拋棄壹切也在所不惜。
而此時可怕的垃圾馬達又壹次把魔手伸向了新的受害者，當Q等人飛奔到案發現場時，數馬竟然搶先沖了出去獨自面對這個殘忍的殺人狂魔。
第四集
Q班的五個學生接到了團校長的新指令，這次的案件名為“殺人收藏家”。這是對被傳潛入全住宿制高中的殺人魔鬼的稱呼。這個傳聞是從網絡上開始散布開來的，傳說有個殺人犯把自己殘忍殺害年輕女性的錄像發布在了網絡上提供下載，文件名叫做“殺人收藏家”。
但這個傳聞究竟是否屬實則沒人知道，因為傳聞中的殘忍錄像並沒有多少人看到過，所以可信度相當低。
但最近真的發生了類似“殺人收藏家”的案件，大約壹個月前壹個女學生失蹤了，還有壹些其他的女學生，都在幾天前在學校裏遇襲了。
該所高中於是拜托團偵探事務所破解此案，Q班展開了對“殺人收藏家”傳聞，以及此次案件的調查。
根據七海的指示，Q、小惠和流偽裝成轉校生，轉到了謠傳“殺人收藏家”的高中。
在這所高中裏“殺人收藏家”的傳聞傳播得很廣，而且氣氛也讓人感覺怪怪的。學生們誰都不相信，整天疑神疑鬼。
第壹個失蹤者在哪裏？接下來誰又會是受害者？
Q班五個人分成了兩批調查此事，除了Q、小惠和流偽裝成學生以外，金太單獨潛入高中，數馬則在背後利用各種電腦技術對他進行後方支援。
與此同時，最糟糕的意外發生了，小惠竟然成了犯人的下壹個綁架目標，那麽四人能否救出被綁架的小惠呢。
第五集
本集繼續追查網絡上流傳的殺人錄像事件。
根劇團校長下達的指令，Q班的人為了追查真相傾巢而出。並潛入了傳出殺人傳聞的全住宿制高中開始進行調查。他們逐漸抽絲剝繭，慢慢從因為毛骨悚然的傳聞個個膽戰心驚的同學中間，獲取需要的信息逐漸接近真相。
可是，正當壹群人為此開心的時候，卻有壹個學生失蹤了，不久就遭到了殺害。而且壹如網上傳聞的那樣，轉播了現場殺人錄像，不僅如此，居然連小惠也出現在了畫面裏。
原來壹直和同伴們分別進行調查的小惠遭到了綁架，被殺人犯監禁了起來。雖然因為發現那個監禁場所平安無事地救出了小惠，但小惠是這起殺人案的唯壹現場目擊者，必須防範她被兇手滅口。
而未能預防兇案的發生，更讓Q感到異常的憤怒。
為了不要再出現新的犧牲者，Q班的五名成員壹起分析殺人錄像，利用手上的壹些證據開始漸漸分析尋找兇手。
但事情進展並不大的同時，居然出現了第二個受害者，並且殘酷的兇殺場面再壹次被傳播到了網上，。難以忍受兇手如此殘暴，小惠發出了憤怒的吼叫聲。
第六集
團校長親自出現在了Q班的休息室裏，這壹次他親口向Q班的五名學生委派任務，並讓他們知道了犯罪組織“冥王星”的存在。這個組織總是構思出完美的殺人計劃，然後居心險惡地把這些計劃委托無辜的人來實行。
實際上此前Q班學生解決的案件中，就有不少是冥王星在背後搞鬼，這些被冥王星操縱的殺人犯雖說並不是完全無辜，但卻多數因為冥王星的存在才會發生殺人悲劇。
得知此事的Q班五名成員，各自懷著膽怯、迷惘等等各種不同的心情，開始面對此次的任務。
此時有委托人拜訪了Q班眾人，這個委托人給出的壹封信，居然是來自“冥王星”的殺人預告，這是冥王星組織發給委托人的，亦即是說委托人的生命正受到威脅，他希望能獲得團偵探事務所的幫助保住性命。
經過壹番商量，留下電腦能手數馬和年紀最大的金太在休息室裏，Q、小惠和流三人則前往委托人居住的豪宅。
究竟他們能否憑借自己的機智破壞冥王星此次的殺人行動呢？
第七集
原來壹向神秘莫測的流就是犯罪組織冥王星的繼承人，得知這個事實的Q絲毫無法掩飾自己的震驚。不久流就從大家眼前消失了。
此時，跟自己吵架分開的弟弟被牽涉進了壹起殺人案，金太於是被請到了警察局。和弟弟美作的見面讓金太明白他是被冤枉的。實際上美作之所以要見哥哥，就是希望身為偵探候補的他能夠幫忙找出自己無罪的證據。雖然兩人之前曾經因為大吵壹架分開，但金太當然沒可能放棄對弟弟的關愛。而這又是自己壹個人的私事，當讓沒可能拜托Q班其他人，金太於是決定獨自查案。通過自己的方法從警方處得知此事的小惠很擔心金太，強烈表示要幫忙。
這天金太和小惠壹起前往秋葉原為美作尋找案發時的不在場證據，卻壹直沒能找到有力的東西。更糟糕的是，第二天晚上就是妹妹的結婚典禮了，如果屆時依然找不到美作的無罪證明，他將不能出席結婚典禮，壹旦被判定有罪更有可能和妹妹的關系就此決裂。
時間萬分緊迫，金太和小惠都因此頭疼不已。
此時兩人突然被壹群黑衣人團團圍住並強行帶走，兩人被帶到了遠山金三郎面前，他就是金太的父親。
金三郎是壹名警視監，他指出這次的案件並不單純，並威脅希望金太能就此中止。但金太完全不顧父親的反對決心繼續查案。
第八集
這天偵探學園收到了壹封未署名寄信人的信函，信中是九個服務生的幾張照片。
最近在秋葉原頻頻爆發“狩獵服務生”的襲擊事件，照片中的九個人就是受害者們，究竟這個寄信的人是希望傳達給偵探學園什麽信息呢？這起事件的契機又是什麽？
盡管還有不少未曾解開的謎題，但為了找出壹連串案件的真相，團校長還是下令Q班的學生們出動了。
不過剛開始調查，流就告訴了其他四名同學壹件萬分重要的事情。而過於驚人的話不僅讓Q陷入了迷惘，小惠、數馬和金太三人壹時之間也難以整理出思緒來。緊接著流就聲言自己要獨立進行調查就翩然而去。
於是剩下的四個人決定也展開各自的調查。這些因為“狩獵服務生”事件遭到襲擊的人們，全部都是曾參加過秋葉原舉辦的服務生選美大賽的人，是相當受禦宅族們喜愛的人氣服務生。
幾人更通過壹番調查發現，參加這項選美大賽的服務生中間，只有獲得優勝的小鶇沒有遭受過任何襲擊。理所當然地Q等人以為他就是嫌犯而找上了對方，面對幾人的質疑，小鶇只是大叫“我不是犯人”就跑掉了。
無法從原以為唯壹會有線索的人身上套取任何有用情報，Q班四人都難免有些沮喪，緊接著出現的就是四人依照各自性格擬定的調查方案，卻也因此出現了對其他三人完全無法相容的窘況，壹時之間Q班休息室裏的氣氛凝重了起來。
最終四人還是決定再去找壹次小鶇，迎接他們的卻是在自己房間裏留下遺書，自殺的小鶇的屍體，以及正蹲在現場檢視屍體的流。
還有幾集沒找到,不知道能不能幫上妳