柯南主線劇情：
1 雲霄飛車殺人事齤件
新壹在與青梅竹馬的毛利蘭去遊樂場玩時無意間目睹了神秘的黑衣人地下交易，被伏特加、琴酒發現，強行灌藥變小。
2 董事長千金綁架事齤件
阿笠博士知道新壹的真實身份。工藤新壹決定隱藏身份，並化名江戶川柯南，轉入帝丹小學。
5 新幹線爆破事齤件
組織在列車上出現，柯南差壹點向蘭表明身份
52 霧天狗傳說殺人事齤件
漫畫中柯南得知了琴酒和伏特加的代號（動畫中為霧天狗殺人事齤件片頭）
43 江戶川柯南誘拐事齤件
工藤夫婦得知柯南身份
48-49 外交官殺人事齤件
服部平次登場，柯南喝下白幹暫時恢復
57-58 福爾摩斯迷殺人事齤件
服部平次知道柯南身份，並開始合作。
128 黑暗組織10億搶劫事齤件
灰原哀的姐姐宮野明美被琴酒殺害。
129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事齤件
宮野誌保也變小並逃離組織寄住阿笠博士家，化名灰原哀，說出藥名是APTX4869，轉入帝丹小學
130-131 競技場無差別脅迫事齤件
灰原哀透露組織半個世紀前已經策劃某個大計劃
176-178 與黑暗組織的再會
柯南和灰原在放學回家的路上，發現了琴酒的保時捷車，於是對其進行跟蹤，卻被琴酒發現了車上裝的跟蹤器。但是柯南依然打聽到了黑暗組織準備在杯戶飯店由組織代號為Pisco的成員進行暗殺活動。柯南和灰原趕到杯戶飯店，琴酒卻早已將雪莉在跟蹤自己的事通知了Pisco，並告訴他雪莉必然也會去杯戶飯店。匹斯可在暗殺得手後偶見到灰原，認出了她是雪莉，於是用麻藥迷昏後藏在飯店的酒窖裏。柯南在和灰原取得聯系後，讓她試著喝下白幹。於是灰原也變回了成人體形，並因此得以從煙囪逃至飯店頂樓。不料琴酒和伏特加早已在頂樓。在琴酒的拷問下灰原拒不說出離開組織後的行動，身中數槍。這時柯南趕到，用麻齤醉槍擊中了琴酒，同時灰原再次由煙囪逃回酒窖，此時白幹效力已過，灰原身體變回。既而匹斯可終於露出他的真實面目，在他準備處決灰原時，柯南再次趕到上演英雄救美，而匹斯可則因為暗殺過程中出現了不可挽回的失誤被琴酒滅口。（當時貝爾摩德也在現場，事後息影並在日本定居下來。由於哀感覺當時有其他組織的成員在場，事後柯南開始懷疑她也是組織的壹員）
170-171 黑暗中的死角
新出智明的父親被其繼母殺害，在柯南的協助下破案。（新出正式登場）
貝爾摩德制造車禍企圖害死新出智明壹家，並開始假冒新出智明的身份。另壹方面，長大的茱蒂加入了FBI，追查貝爾摩德來到了日本，在察覺了貝爾摩德的企圖後暗中救下新出智明，並且自己以帝丹高中英語老師的身份潛伏下來，以便於監視
188-193 危命的復活
柯南變回新壹並化妝成黑衣騎士與蘭見面，被化身成新出的貝爾摩德以及茱蒂老師發現
226-227 格鬥遊戲的陷阱
茱蒂與柯南相識，並看見他借助園子破案（這是茱蒂的首次正式登場，顯然她發現了柯南不簡單，並且可能已經知道了內幕）
230-231 神秘的乘客
本集剛開始時琴酒和貝爾摩德的壹段戲就表明了本集和主線有關。少年偵探團和博士壹行在公車上遇到壹起去美術館的茱蒂和新出，這時哀感到車上有組織的成員變得非常害怕，後來公車被強盜劫持，雖然最後在眾人的努力下強盜被抓，但是哀留在快爆炸的車上想壹死了之，最後被柯南所救 （現在看來哀感覺到的組織成員就是貝爾摩德，而茱蒂與她在壹起應該是為了監視其行蹤，好在在柯南的掩護下無論是茱蒂或是貝爾摩德都沒有發現到哀。同時，本集也是赤井秀壹的第壹次正式登場，在最後他的報告表明他正在監視什麽人，應該是協助茱蒂監視貝爾摩德）
253-254 本廳刑事戀愛物語4
新出醫生可能發現了柯南分析案情並利用變聲器。
258-259 來自芝加哥的男子
柯南等人認識了來自芝加哥的老人“詹姆士·布萊克”，後來他被誤認為是某名人而遭綁架，後在柯南的協助下被救，並被赤井接走。同時詹姆士也發現柯南的不壹般，稱呼柯南為福爾摩斯、Cool Guy。
269-270 犯罪的紀念品事齤件
目暮提到與毛利小五郎相關的案卷被偷，後又被送回來，暗示有人在調查他們，弄得柯南相當緊張。偷案卷的是貝爾摩德，主要目的是了解與新出相關的那個案件（可惜仍然遺漏了細節），將相關案卷都偷走就是為了誤導FBI她的目標和毛利有關，在故事的最後有赤井監視毛利偵探所的畫面，表明了FBI果然將註意力轉向毛利。
271-272 匆忙之中的忽略
柯南又壹次在茱蒂面前破案（這壹集有幾點值得註意：壹是茱蒂在談話中暗示柯南其身份已經暴露，並且提到了FBI。二是在案件中蘭回想起自己曾經見到過”帶黑色針織帽的男子”（赤井秀壹）；最後就是在故事結尾貝爾摩德發郵件給琴酒，提到了雪莉酒，並且向打了叉的宮野誌保（哀）的照片發飛鏢，旁邊還有柯南和蘭的照片）
277-278 西部名偵探vs英語老師
案卷的丟失讓柯南很不安，他基本肯定了克裏絲是組織的成員，並進壹步懷疑茱蒂=克裏絲，剛巧趕來的服部對此很感興趣，於是鼓動柯南去茱蒂的公寓試探，在雙方接觸過程中發生命案，案子雖然解決，但是對茱蒂的試探未果。（這壹集的重點就是在最後茱蒂的浴室的鏡子後面出現的柯南和蘭的照片，並且照片上的字跡和貝爾摩德的壹模壹樣，按照後來的說法，這是茱蒂曾潛入新出（即貝爾摩德）的房間，發現相關的照片後復制的，同時茱蒂也借此知道了貝爾摩德的目標是哀。另外柯南最後說的除茱蒂外的另兩個可疑人物應該是赤井和新出）
286-288 工藤新壹紐約事齤件
毛利蘭回憶起她和新壹去紐約玩發生的事，兩人初見貝爾摩得並救下她，期間小蘭遇到FBI赤井秀壹追捕貝爾摩得
307-308 無聲的證據
小五郎受托尋找失蹤的電腦工程師板倉卓，從委托人的談話中柯南了解到他就是當年在電玩公司殺人事齤件中被炸死的組織成員龍舌蘭接觸的對象。最後通過追查案件，柯南獲得了組織的線索——板倉的日記（案子的最後柯南和蘭遇到了赤井秀壹，提到了宮野明美）另外借此，柯南也了解到了當年蘭和赤井相遇
309-311 與黑色組織的接觸
柯南通過板倉的日記了解到了黑暗組織的行蹤，並試圖冒充板倉與伏特加接頭，但是被琴酒識破而失敗，險些被Gin抓到（最後柯南和哀離開時，“恰巧”被赤井看到，好像哀也對此有所感覺；板倉的日記中提到黑暗組織的龐大計劃甚至影響到人類的前途，要使時光倒流）
329-330 金錢買不到的友情
阿笠博士提到哀的父親宮野厚司是壹個很有名的瘋狂科學家，而母親艾蓮娜是壹個英國留學生，並且黑暗組織可能正在從事讓死人復活的計劃
335-336 東都現象所的秘密
少年偵探團遇到殺人事齤件，柯南協助解決。其中值得註意的是在故事的整個過程中柯南和哀都感覺到自己被人跟蹤，不過跟蹤者最後被迫放棄 （最後赤井秀壹的出場，表明跟蹤他們的人是FBI，由於哀與照片中的人物相似，因此FBI猜測她就是貝爾摩德的目標。另外最後赤井對著哀的照片說了壹句“真是太像了”暗示他和哀以前就曾相識，奇怪的是茱蒂和赤井好像不常聯系，也不是經常互通信息）。
338-339 四輛保時捷
哀得了感冒發燒，博士和柯南送他去醫院，但在停車場遇到命案而被阻，後來又遇到購物中的蘭、園子和茱蒂，發現他們行蹤的赤井秀壹也跟蹤而至，最後柯南解決了案件，但是博士卻借茱蒂的車將哀送回了家，並找來新出醫生給哀看病。故事的最後出現了貝爾摩德將哀的照片燒毀，並說“準備好了嗎？我發現了，我去找妳了”的畫面 （這下哀可算是徹底暴露了，貝爾摩德和FBI雙方都知道了她的住址，貝爾摩德還在博士家安了竊齤聽器）。
340-341 廁所裏隱藏的秘密
博士家被竊聽，博士帶柯南和哀去訪問哀的父親生前的好友，設計師出島壯平，試圖了解更多關於哀的父親的事。當然在設計所免不了又發生命案，柯南在破案的同時，也找到了由哀的姐姐設法藏在設計所的，哀的母親留給哀的錄音帶。（哀的母親在留給哀的19歲的錄音中應該提到了某件驚人的事情，不過出於青山愛賣關子的癖好，我們對此仍壹無所知。另外在故事的最後，貝爾摩德打電話找組織成員“卡爾多瓦斯”（即蘋果酒）來幫忙，正策劃著某項行動）
343-344 便利店的陷阱
茱蒂辭去了帝丹高中的老師的職務（顯然是也將有所行動），不過在蘭和園子到茱蒂家中開聚會時，蘭意外發現了鏡子背後的照片，覺得十分可疑，於是後來在滿月之夜雙重謎案的時候偷偷鉆進茱蒂老師車子的後備箱，並在最後關頭救了哀。另壹方面，貝爾摩德不向蘭開槍並叫她angel，顯然她不想傷害蘭，很多人認為是當時她變裝銀發殺人魔時新壹和蘭救了她的緣故
345 直面黑色組織的對決!滿月之夜的二元神秘事齤件
貝爾摩德利用幽靈船活動，邀請了小五郎、新壹和琴酒，試圖調開柯南而刺殺哀；茱蒂了解到了這個計劃，搶先壹步接走哀並試圖將貝爾摩德引入陷阱，但是貝爾摩德已經知道了這個陷阱，並將計就計作了安排；另壹方面，柯南邀請服部平次化妝成自己赴會，而自己在母親有希子的幫助下化妝成哀試圖和黑衣組織接觸；但是哀不放心柯南去，而偷了柯南的跟蹤眼鏡跟蹤前往；最後，蘭因為想了解茱蒂的真正身份，躲在了茱蒂的汽車的後備箱裏……真是錯綜復雜。最後貝爾摩德還是逃脫了赤井的追捕，也又壹次放過了柯南，並且向琴酒隱瞞了柯南和哀的事，而茱蒂設法瞞過了蘭，蘭仍然壹無所知。（柯南聽到了貝爾摩德給Boss/那位先生/組織頭目發郵件時的按鍵音）
385-387 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音
柯南等人去壹鋼琴世家，知道了那天聽到的按鍵聲就是七個孩子的曲子。
425 黑暗沖擊！組織魔爪伸來的瞬間
小五郎在與播音員水無憐奈的對話中得知她被惡作劇的門鈴所困擾壹事，便與柯南及蘭壹同前往憐奈的家。 小五郎等人雖然抓到了犯人,但此時，柯南卻從安裝的竊齤聽器中覺察到憐奈實際是黑色組織同黨壹事。 隨後，黑色組織制定了於下午1點在艾迪P暗殺壹個代號為DJ的人的計劃。遭到FBI與柯南的阻止，水無憐奈受傷，昏迷不醒。（在這壹集中，出現了兩個新黑衣組織成員：狙擊手基安蒂、科恩）
462-465 黑暗組織的影子
貝爾摩德去水無憐奈出事目擊者家，得到柯南註意。小蘭的新同班同學本堂瑛祐在到毛利偵探事務所做客時有意無意的把話題引向水無憐奈，並希望柯南等人前去調查，引起了柯南的警覺。目擊水無憐奈出事的小孩被疑似貝爾摩德不明女人詢問，並出現了貝爾摩德的口頭禪。
491-504 紅與黑的碰撞
本堂瑛祐總給柯南不好的感覺。他四處尋找自己的姐姐本堂瑛海。本堂瑛海與水無憐奈長相壹摸壹樣，但是血型不對。與此同時，黑暗組織四處尋找水無憐奈，得到FBI幫助的水無憐奈假裝昏迷不醒，被本堂瑛祐襲擊後不得不說出真實身份，原來水無憐奈為CIA的臥底，水無憐奈答應赤井秀壹重新返回組織，但是接到的第壹個任務就是殺死赤井秀壹。赤井秀壹疑似犧牲
507-508 卡拉OK包房的死角
本堂瑛祐知道柯南身份，打算離開日本，柯南對赤井秀壹已死的舉動奇怪
509 紅白黃色與偵探團
水無憐奈向茱蒂透漏情報，組織派出了壹個厲害的偵探波本（Bourbon)。工藤新壹的房子裏搬來新房客，名為沖矢昴。據灰原哀反應來看此人來頭不小。他到底是組織的臥底波本還是重生的赤井秀壹？
511 推理對決！新壹VS沖矢昴
柯南發現沖矢昴的推理能力很強，而且是左撇子，愛喝波本酒。
542-543 魚兒消失的壹角巖
灰原哀再次感到沖矢昴的壓迫感。
563-564 偵探團VS強盜團
臉上帶著燒傷的傷疤、疑似赤井秀壹的人出現。右眼有著明顯的被火燒傷的傷疤。在最後此人撿起了搶劫犯的手齤槍，在柯南被搶劫犯劫持的緊張時刻，開槍救了柯南。（根據漫畫，此人為右撇子） 赤井秀壹很喜歡喝波本酒。
578-581 召喚危機的紅色前兆、黑與13的暗示、逼近的黑色時刻、紅色的搖擺目標
疑似赤井秀壹的人再度出現，同時，在商場的茱蒂老師收到了“這裏很危險，快逃”的字條（究竟是誰留下的並沒明確指出，但茱蒂認為是赤井秀壹留下，且傷疤男即是赤井秀壹）。此時沖矢昴也在商場，首次見到了傷疤男，但傷疤男未發現他。傷疤男將在商場發生的案件的推理用別人的手機發給了毛利小五郎。琴酒以及基安蒂等人欲檢驗赤井秀壹是否生還，並以此來證實基爾是否是臥底，卻被柯南巧妙地引開。與此同時昴也在尋找傷疤男，而傷疤男卻在被瞄準時對著瞄準鏡露出詭異的笑容。
616-621 福爾摩斯的默示錄系列
工藤新壹來到倫敦，並第四次恢復身體，並且也是他第壹次向毛利蘭正面表白；並且表明工藤夫婦知道灰原哀是APTX4869的研發者
622-623 緊急事態252
阿笠博士被綁架，片尾灰原哀再次對沖矢昴表示強烈懷疑
⑥46 幽靈旅館的推理對決（前篇）偽651集
⑥47 幽靈旅館的推理對決（後篇）偽652集
新人物登場：截拳道實力超群，外表與秀壹相似的豪放偵探；貌似識破柯南的真實身份，轉入小蘭班中，竟是女生！
⑥48 偵探事務所籠城事件（勃發）偽653集
⑥49 偵探事務所籠城事件（狙擊）偽654集
650 偵探事務所籠城事件（解放） 偽655集
世良與柯南聯手化解危機；小哀進入世良的視線；
651 柯南VS平次 東西偵探推理對決 偽656集
久違的特別篇，平次與柯南的推理對決，FBI諸人與世良見面覺得似曾相識，唯獨詹姆斯看出世良女生身份，關系微妙~
656博士的視頻網站（前篇）偽661集
657博士的視頻網站（後篇）偽662集
世良發現了沖矢昴，刪掉了小哀在博士的網站上的照片，意義不明
667 婚禮前夕（前篇）偽674集
668 婚禮前夕（後篇）偽675集
新人物安室透出場~ 在餐廳兼曱職實力不俗的神秘偵探要拜毛利小五郎為師
671 偵探們的夜想曲（事件） 偽679集
672 偵探們的夜想曲（誘拐） 偽680集
673 偵探們的夜想曲（推理） 偽681集
674 偵探們的夜想曲（波本） 偽682集
柯南被綁架，世良真純，沖矢昴和安室透同時上演精彩追蹤；灰原哀在對三人的組織反應，回想起秀壹的諾言；結尾組織出現，貝姐亮相，波本的真實身份就隱藏在三人之中！
675 壹丁點都不原諒（前篇）偽684集
676 壹丁點都不原諒（後篇）偽685集
傷疤男又壹次亮相~讓世良失神的“從來不笑的人”；小哀的回憶，沖矢昴和赤井秀壹間又有什麽聯系？
681 命懸壹線的戀愛轉播（轉播開始）偽692集
682 命懸壹線的戀愛轉播（走投無路）偽693集
683 命懸壹線的戀愛轉播（現場突入）偽694集
警視廳遭遇挑戰，高木命懸壹線，佐藤能否將他救出？警界前輩口中的“第壹名”；安室透和警察之間又有著怎樣千絲萬縷的聯系？
684 泡沫、蒸汽和煙（前篇）偽695集
685 泡沫、蒸汽和煙（後篇）偽696集
沖矢昴與灰原哀的重場戲；小哀對沖矢昴強烈的好奇心；沖矢昴的“私人領地”是否是解開他身份之謎的關鍵？
690 工藤優作的未解決事件（前篇） 偽701集
691 工藤優作的未解決事件（後篇） 偽702集
推理小說家工藤優作十年前放棄調查的案件······命案現場壹個用鮮血印下的“死”字為何讓新壹父子十年前得出相反的結論？十年後“死”印再現，為了查案在工藤宅“撞破”沖矢昴的世良真純，卻意外發現了“別樣”的真相······十年前的真像竟是······壹查起案件就不顧壹切的柯南，到底還是讓沖矢昴用計知曉了真實身份······
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新蘭平和感情戲劇集：/question/512092012.html
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我的回答在采納回答的下面第壹個就是
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提醒樓主，在每個劇集前面的數字代表官方的集數；
如果我在後面標註了用起來的數字代表在百度影音上的集數；（在627集以後會出現）
我看過全部柯南動畫和漫畫，劇情提要幾乎是我自己歸納的；
樓主還有問題請追問！滿意請采納~