1、推出時間：NTFS相對FAT32推出的時間要晚，因此NTFS技術更先進。
2、支持分區大小：NTFS支持的磁盤分區大小最大可達2TB；而FAT32支持的分區大小最大為32GB。
3、支持單個文件大小：NTFS突破了單個文件4GB的容量限制；而FAT32不支持單個文件大於4GB。
4、安全屬性：NTFS提供了更高級的安全功能，可以對文件和文件夾進行加密和權限設置；而FAT32則不具備這樣的安全功能。
5、空間利用率：FAT32格式的磁盤當分區大小達到2至32GB時，簇的大小會達到4至16KB；而NTFS格式的磁盤在分區大小為2G至2TB時，簇的大小僅有4KB，因此NTFS的空間利用率更高。
6、系統兼容性：NTFS格式的磁盤在Mac上是無法寫入數據的；但Mac可以將數據寫入FAT32格式的磁盤中。