《密查》大結局講述：蔣寶珍繼續以軍統身份為黨工作，在解放戰爭中與楊輝聯手獲取了重要軍事情報，而師應山也受到武仲明的熏染，成為了壹名中***特工，西安解放前夕，策反西安軍警大投誠。沈蘭同誌傷愈後繼續從事監聽工作。
在中***強有力的證據和問責下，蔣介石終以宣俠父是我的學生因為不聽話而殺之為理由進行搪塞，同時坐實了國民黨是破壞抗日民族戰線始作俑者的罵名。壹個月後武漢會戰失利，廣州和武漢三珍相繼失守，抗日戰爭進入相持階段。
兩年後黃橋事件、皖南事變相繼爆發，國民黨同室操戈，國***兩黨在抗戰中走向又壹次分裂。這是兩個政府的悲劇，更是中華民族的悲劇。人固有壹死，或輕於鴻毛，或重於泰山。
在中華民族面臨危難之際，有這樣壹群人為了民族大義，為了同胞的尊嚴和自由，他們挺身而出，放棄各種恩怨，甚至是生命。他們是為了人民利益而犧牲的，他們比泰山還重。
《密查》在保留諜戰劇針鋒相對的傳統格局的基礎上，融入了偵探推理元素，利用案件的懸疑感和推理的抽絲剝繭，增強故事的精彩程度。
在人物塑造上，該劇在固定範式的框定下，采用最貼近人性的設定與非全知的視角，增添人物的魅力。